FAM114A1
Protein FAM114A1, znan i kao nadeksprimirani protein 20 nervnog sistema (NOXP20) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM114A1 sa hromosoma 4.[4] Ortolozi FAM114A1 mogu se naći u organizmima koji su taksonomski udaljeni od Homo sapiens kao rodu Drosophila. Međutim, očekivano, ljudski FAM114A! više liči na primatske nego bilo koji drugi ortolog. FAM114A1 ima jedan paralog, FAM114A2, koji također kodira protein nepoznate funkcije.
| FAM114A1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | FAM114A1 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1915553 HomoloGene: 12259 GeneCards: FAM114A1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | n/a | Chr 5: 65.13 – 65.2 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Aminokiselinska sekvenca
urediDužina polipeptidnog lanca je 563 aminokiselina, а molekulska težina 60.742 Da.[5]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MSDDAGDTLA | TGDKAEVTEM | PNSDSLPEDA | EVHCDSAAVS | HEPTPADPRG | ||||
| EGHENAAVQG | AGAAAIGPPV | QPQDANALEP | PLNGDVTEDT | LAECIDSVSL | ||||
| EAEPRSEIPL | QEQNYLAVDS | PPSGGGWAGW | GSWGKSLLSS | ASATVGHGLT | ||||
| AVKEKAGATL | RIHGVNSGSS | EGAQPNTENG | VPEITDAATD | QGPAESPPTS | ||||
| PSSASRGMLS | AITNVVQNTG | KSVLTGGLDA | LEFIGKKTMN | VLAESDPGFK | ||||
| RTKTLMERTV | SLSQMLREAK | EKEKQRLAQQ | LTMERTAHYG | MLFDEYQGLS | ||||
| HLEALEILSN | ESESKVQSFL | ASLDGEKLEL | LKNDLISIKD | IFAAKELENE | ||||
| ENQEEQGLEE | KGEEFARMLT | ELLFELHVAA | TPDKLNKAMK | RAHDWVEEDQ | ||||
| TVVSVDVAKV | SEEETKKEEK | EEKSQDPQED | KKEEKKTKTI | EEVYMSSIES | ||||
| LAEVTARCIE | QLHKVAELIL | HGQEEEKPAQ | DQAKVLIKLT | TAMCNEVASL | ||||
| SKKFTNSLTT | VGSNKKAEVL | NPMISSVLLE | GCNSTTYIQD | AFQLLLPVLQ | ||||
| VSHIQTSCLK | AQP |
Gen
urediFAM114A1 nalazi se na kratkom kraku hromosoma 4 (pozicija 4.p14), kod ljudi na prednjem smislenom lancu, gdje počinje na baznom paru 38,869.354 i završava se na 38,947.365.[4] Njegova iRNK ima 4138 bp. Gen ima sljedeće susjede na istom hromosomu:
- TLR1: Toll-likj receptor (TLR) 1 ima ulogu u prepoznavanju patogena i aktivaciji urođene imunosti.
- TLR6: Toll-liki receptor (TLR) 6 ima ulogu u prepoznavanju patogenq i aktivaciji urođene imunosti.
- TMEM156: Gen kodira transmembranski protein.
- KLHL5: Kelch-liki 5, smatra se da njegov protein ima ulogu u aktivaciji limfocita.[6]
Proteini
urediNOXP20 se sastoji od 563 aminokiseline i teži 60742 Da sa izoelektričnom tačkom od 4,415999. Malo se zna o detaljima ovog proteina, međutim, postoji mnogo naučnih predviđanja za njegovu strukturu i funkciju. Kao i svaki drugi protein, podvrgnut posttranslacijskim modifikacijama. Modifikacija za koju se pokazalo da je prava je fosforilacija na dvije proteinske aminokiseline: 196. i 199.
Struktura
urediPostoji nekoliko dostupnih alata za predviđanje sekundarne strukture proteina. Jedan alat koji kombinuje rezultate nekoliko njih je PELE na SDSC Biology WorkBench.[7] Prema ovom alatu, sekundarna struktura proteina je uglavnom alfa-heliksi i zavojnice s nekim beta lanaca oko strukture.
Funkcija
urediTačna funkcija NOXP20 još uvijek nije dobro shvaćena. Međutim, postoje dokazi da protein nosi kaspazni domen za regrutovanje na sebi.[8] Znajući da je kaspaza uključena u apoptozu, ove informacije navode na vjerovanje da NOXP20 može imati ulogu u apoptozi i regulaciji ćelijske proliferacije.
Ekspresija
urediNOXP20 je nadeksprimiran u mozgu,[8], prema podacima mikročipa [9] upotrebom Allen Brain Atlas-a za dobijanje dokaza o ekspresiji. Podaci iz baze NCBI GEO Profile [10] pokazuju da iako je FAM114A1 eksprimiran u mozgu, njegova ekspresija nadilazi nervno tkivo i uključuje većinu tipova tkiva u ljudskom tijelu. GEO profili takođe pokazuju da je FAM114A1 više izražen u mezenhimskim matičnim ćelijama nego u nediferenciranim matičnim ćelijama. Dalji eksperimenti[10] pokazali su da postoje određeni faktori koji utiču na ekspresiju FAM114A1. Jedan primjer je direktna veza između prekomjernih ekspresija CLDN-1 i FAM114A1.
Homologija
uredi| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Pristupni broj | Dužina sekvence (AA) | Identitet saekvence | Sličnost sekvence |
| Pan troglodytes | Čimpanza | XP_517149.2 | 563 a | 99% | 99% |
| Macaca mulatta | Rezus-makak | EHH25809.1 | 563 a | 97% | 98% |
| Nomascus leucogenys | Sjeverni bjeloobrazni gibon | XP_003258632.1 | 562 a | 97% | 98% |
| Macaca fascicularis | Rakojedni makak | EHH53615.1 | 563 a | 96% | 98% |
| Pongo abelii | Sumatranski orangutan | XP_002814719.1 | 563 a | 98% | 96% |
| Equus caballus | Konj | XP_001498667.1 | 562 a | 88% | 93% |
| Loxodonta africana | Afrički savanski slon | XP_003411349.1 | 558 a | 85% | 91% |
| Heterocephalus glaber | Goli krtičasti pacov | EHB16215.1 | 561 a | 86% | 90% |
| Cavia porcellus | Zamorac | XP_003471670.1 | 569 a | 86% | 90% |
| Bos taurus | Govedo | XP_588946.3 | 563 a | 84% | 90% |
| Sus scrofa | Divlja svinja | XP_003128969.1 | 562 a | 84% | 90% |
| Ailuropoda melanoleuca | Gigantski panda | XP_002928170.1 | 570 a | 83% | 89% |
| Canis lupus familiaris | Pas | XP_536261.3 | 560 a | 83% | 88% |
| Rattus norvegicus | Pacov | XP_573600.2 | 567 a | 78% | 83% |
| Mus musculus | Miš | BAB30694.1 | 569 a | 77% | 83% |
| Monodelphis domestica | Sivi krfatkorepi oposum | XP_001374188.1 | 562 a | 72% | 81% |
| Meleagris gallopavo | Divlja ćurka | XP_003205919.1 | 563 a | 64% | 76% |
| Gallus gallus | Kokoš | XP_423859.3 | 561 a | 64% | 75% |
| Taeniopygia guttata | Zebrasta zeba | XP_002189709.1 | 565 a | 61% | 75% |
| Anolis carolinensis | Karolinska anola | XP_003226293.1 | 539 a | 61% | 75% |
| Danio rerio | Zebrica | NP_001082947.1 | 546 a | 57% | 72% |
| Xenopus (silurana) tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | XP_002938704.1 | 424 a | 66% | 79% |
Interakcije
urediNema dokaza o interakcijama koje protein FAM114A1 ima sa drugim proteinima u ljudskom tijelu. Međutim, kod miševa je otkrivena interakcija između FAM114A1 i CDGSH gvožđe-sumpornog domena 2.[11] Postoji 77% identiteta i 83% sličnosti između aminokiselina NOXP20 u dvije vrste (Homo sapiens i Mus musculus). Zbog bliskog odnosa između ove dvije vrste možemo pretpostaviti da NOXP20 ima istu interakciju kod ljudi.
Reference
uredi- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029185 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "FAM114A1 family with sequence similarity 114, member A1 [Homo sapiens]". NCBI. Pristupljeno 22. 4. 2012.
- ^ "UniProt, Q8IWE2" (jezik: engleski). Pristupljeno 16. 10. 2021.
- ^ "GeneCards". Genecards. Pristupljeno 28. 4. 2012.
- ^ "Biology Workbench". SDSC Biology WorkBench. Pristupljeno 28. 4. 2012.
- ^ a b Boucquey M, De Plaen E, Locker M, Poliard A, Mouillet-Richard S, Boon T, Kellermann O (Oct 2006). "Noxp20 and Noxp70, two new markers of early neuronal differentiation, detected in teratocarcinoma-derived neuroectodermic precursor cells". Journal of Neurochemistry. 99 (2): 657–69. doi:10.1111/j.1471-4159.2006.04093.x. PMID 17029606.
- ^ "Micro-Array Data". Allen Institute for Brain Science. Pristupljeno 28. 4. 2012.
- ^ a b "Geo Profiles". NCBI. Pristupljeno 28. 4. 2012.
- ^ "String". STRING9.0. Pristupljeno 28. 4. 2012.
Dopunska literatura
uredi- Boucquey M, De Plaen E, Locker M, Poliard A, Mouillet-Richard S, Boon T, Kellermann O (Oct 2006). "Noxp20 and Noxp70, two new markers of early neuronal differentiation, detected in teratocarcinoma-derived neuroectodermic precursor cells". Journal of Neurochemistry. 99 (2): 657–69. doi:10.1111/j.1471-4159.2006.04093.x. PMID 17029606.