Wikipedia

CXorf66

CXorf66, znan i kao protein otvorenog čitanja 66 hromosoma X, je 361aa protein koji je kod ljudi kodiran genom CXorf66. Predviđa se da je kodirani protein tip 1 transmembranski protein; međutim, njegova tačna funkcija još uvijek nije poznata.[5] CXorf66 has one alias: RP11-35F15.2.[5]

CXorf66
Identifikatori
AliasiCXorf66
Vanjski ID-jeviMGI: 3779666 HomoloGene: 82551 GeneCards: CXorf66
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom X
Hrom.Hromosom X[1]
Hromosom X
Genomska lokacija za CXorf66
Genomska lokacija za CXorf66
BendXq27.1Početak139,955,728 bp[1]
Kraj139,965,521 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom X (miš)
Hrom.Hromosom X (miš)[2]
Hromosom X (miš)
Genomska lokacija za CXorf66
Genomska lokacija za CXorf66
BendX A6|XPočetak59,481,241 bp[2]
Kraj59,582,855 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

347487

631784

Ensembl

ENSG00000203933

ENSMUSG00000079583

UniProt

Q5JRM2

n/a

RefSeq (mRNK)

NM_001013403

NM_001039240
NM_001382307

RefSeq (bjelančevina)

NP_001013421

n/a

Lokacija (UCSC)Chr X: 139.96 – 139.97 MbChr X: 59.48 – 59.58 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Postoji patent za CXorf66 pod fajlom US 8586006, koji izdaje Institut za biologiju sistema (Institute for Systems Biology) i kompanija Integrated Diagnostics, Inc.[6]

Protein CXorf66 potencijalni je novi biomarker raka.[7]

Gen uredi

CXorf66 se nalazi na hromosomu X, pozicija Xq27.1, na komplementnom lancu.[8] The CXorf66 gene is located between ATP11C ATPase, MIR505, and HNRNPA3P3.[8] Pored toga, prema OMIM-u, CXorf66 se nalazi između SOX3, SPANXB1 i CDR1.[9]

iRNK uredi

Varijante prerade uredi

CXorf66 se sastoji samo od jedne poznate preradne varijante s tri egzona (1-117, 118-271 i 272-1288bp) i dva introna.[10] Lokacije veza javljaju se na položajima 30aa [G] i 81aa [M].[10]

 
Prerada proizvoda gena CXorf66

Utvrđeno je da CXorf66ima samo jedno poliadenilacijsko mjesto.[11]

Protein uredi

Sasatav uredi

Sa 57 serina i 42 lizina, protein CXorf66 bogat je i prvim i drugim.[12] CXorf66 ima molekulsku težinu od 39,9kdal, a izoelektrična tačka mu je 9,89.[12]

Domeni uredi

Protein CXorf66 ima predviđeni signalni peptid od 1. do 19. aminokiseline (aa), topološki domen od 20-47aa, transmembranski domen od 48-68aa i drugi topološki domen od 69-361aa.[13] A signal peptide cleavage site is predicted to occur between the 17-18aa.[14] Analizirajući sastav proteina (bogat serinom i lizinom) i posttranslacijske modifikacije (visoki nivoi fosforilacije), predviđa se da je prvi topološki domen [20-47aa] vanćelijski, dok je topološk domen [69- 361aa] citoplazmatski. Vizuelni prikaz može se vidjeti na slici II.[15]

 
Slika I: Kandidatsko mjesto fosforilacije ljudskog proteina CXorf66
 
Slika II: SOSUI predviđanje transmembranske topologije proteina CXorf66

Tri ponovljena motiva DKPV [31-34 i 204-207aa], SEAK [97-100 i 287-290aa] i PKRS [161-164 i 245-248aa] pronađena su u ljudskom proteinu CXorf66. Ova ponavljanja su konzervirana kod drugih primata, kao što su Gorilla gorilla gorilla i Macaca mulatta, ali ih nema kod drugih sisara.[16]

Jednonukleotidni polimorfizmi uredi

Postoji jedna prirodna varijanta populacije (frekvencija 0,436) kod 233aa, od prolina do leucina u proteinu CXorf66, s prolinom koji je predački kodirana aminokiselina. Efekti ove misens mutacije nisu primijećeni.[13][17]

Interaktivni proteini uredi

  •  
    Slika III: STRING-predviđene interakcije proteina ljudskog proteina CXorf66

Na osnovu predviđene interakcije proteina u programu STRING, CXorf66 ima bodovanje srednjeg nivoa za povezanost s proteinima navedenim na slici III.[18] Važno je napomenuti da svi navedeni proteini nisu eksperimentalno određeni.

Regulacija uredi

Transkripcija uredi

Promotor uredi

Poznat je samo je jedan promotor kojeg je Genomatix predvidio za protein CXorf66 na negativnom lancu iz 139047554-139048298, čija je dužina 745 bp.[19] Kada se za generirani promotor CXorf66 koristi BLAT-poravnavanje, pronađeni su brojni pogoci s visokim identitetom za različite gene na različitim hromodsomima. Slijedi nekoliko generiranih rezultata pretraživanja s najboljim bodovanjem koji dijele visok postotak poklapanja identiteta:[20]

Ime Genski ID Rezultat Raspon (bp) van 745 Identitet Hromosom Lanac Start Kraj
ZBTB8A 653121 282 656 88,2% 1 - 32994892 32995547
TESK2 10420 263 624 90,3% 1 - 45843093 45843716
TBCK 93627 244 639 91,5% 4 + 107146630 107147268
USP48 84196 241 631 89,0% 1 + 22014725 22015355
PTPN22 26191 227 281 90,0% 1 - 114365307 114365587
PSPH 5723 220 605 90,6% 7 - 56098319 56098923

Jedinstveno, TESK2 je testis-specifična protein-kinaza, koja korelira s predviđenom ekspresijom tkivnog CXorf66.

Faktori transkripcije uredi

Korištenjem Genomatixa, stvorena je tabela sa 20 glavnih transkripcijskih faktora i njihovih mjesta vezanja u promotoru CXorf66 (vidi sliku IV)

 
Slika IV: Generirana lista of mjesta vezanja transcripcijskih faktora u promotoru CXorf66-a

Translacija uredi

CXorf66 ima dvije miRNK, hsa-mir-1290 Arhivirano 5. 3. 2021. na Wayback Machine i hsa-miR-4446-5p Arhivirano 4. 3. 2016. na Wayback Machine predviđene za vezanje sa 3' UTR regijom iRNK.[21]

Posttranslacijske modifikacije uredi

Expasyjevim programom predviđeno je jedno N-glikozilacijsko mjesto NetNGlyc na NGSS [24aa] sa sekundarnim mestom također moguće na NGTN [21aa].[22] Primjenom NetPhos, predviđeno je ukupno 48 fosforijacijskih mjesta (41 serin, 2 treonina i 5 tirozina), koja se sva događaju nakon predviđenog transmembranskog domena, sugerirajući citoplazmatsku topologiju.[23] Upotrebom YinOYang, many O-GlcNAc predviđena su mjesta. Sve što uključuje visoki potencijal javlja se nakon transmembranske regije 48-68aa.[24] SUMO plot analiza provedena za protein CXorf66 vrste Homo sapiens, otkrila je veliku vjerovatnoću motiva sumolizacije na položaju K241, zajedno s motivima male vjerovatnoće na K316 i K186. Budući da sumoilacija ima ulogu u različitim ćelijskim procesima, kao što su jedarno-citosolni transport i regulacija transkripcije, očekuje se da je CXorf66 posttranslacijom modificirani SUMO protein.[25]

Subćelijska lokalizacija uredi

 
Slika V: Jedarna lokalizacija siglala homologa CXorf66

Koristeći PSORT II, nađeno je da postoji signal jedarne lokalizacije od PYKKKHL na 268aa.[26] Može se vidjeti da se ovaj signal kozervira kod primata; međutim, nije prisutan kod drugih sisara. Pored toga, slijedeći SASC kNN-Prediction SDSC-ovog Biology Workbencha, ljudski protein CXorf66 i homolog miša imaju 47,8% vjerovatnoće da završe u jedarnom dijeli ćelije. Za udaljenije homologe, poput onoh kod Bos taurus, koji nemaju jedarne lokalizacijske signale, međutim, CXorf66 ima vjerovatnoću 34,8% da završi u vanćelijskom prostoru, uključujući regiju ćelijskog zida ili plazmatske membrane. Za prikaz nekoliko homologa i njihovih signala nuklearne lokalizacije, pogledati sliku V.

Homologija uredi

CXorf66 nema poznate paraloge kod ljudi; međutim konzervirao je homologe širom carstva Mammalia. Izuzetno konzerviran je kod primata, po čemu je uočljiva brza evolucija za CXorf66, vidi sliku VI, objašnjavajući veći broj ortologa kod sisara, a ne kod beskičmenjaka, ptica i gmizavaca.[27]

 
Slika VI: Divergencija proteinskih homologa CXorf66
CXorf66-ov protein Vrsta Datiranje divergencije (milioni godina) [28] ncbi accession Number query cover Vrijednost Identitet
CXorf66 homolog Čimpanze (Pan troglodytes) 6,3 XP_001139133.1 100% 0 98%
CXorf66 homolog Gorila (Gorilla gorilla gorilla) 8,8 XP_004065002.1 100% 0 98%
LOC631784 isoform X1 Miš (Mus musculus) 92,3 XP_006528296.1 98% 2E-41 34%
CXorf66-like isoform X1 Pacov (Rattus norvegicus) 92,3 XP_001068529.2 84% 6E-32 32%
CXorf66 homolog Govedo (Bos taurus) 94,2 XP_005200949.1 96% 2.00E-46 35%
CXorf66 homolog Bijeli nosorog (Ceratotherium simum simum) 94,2 XP_004441715.1 100% 8.00E-86 48%
CXorf66 homolog Konj (Equus caallus) 94,2 XP_005614614.1 96% 8.00E-58 44%
Polipeptid srednjeg neurofilamenta Zebrica (Taeniopygia guttata) 296 XP_002197538.1 44% 2.00E-08 30%
Triadinoliki, djelimični Aligator (Alligator mississippiensis) 296 XP_006271227.1 53% 2.00E-12 23%
LOC590028 Morski jež (Strongylocentrotus purpuratus) 742.9 XP_794743.3 45% 2.00E-05 35.40%
Alfa-L-fukozidaza Bakterija Streptococcus mitis 2535.8 WP_001083113.1 47% 7.00E-38 22%

Ekspresija uredi

Iz Unigeneovog EST cDNK iz obilja tkiva i Atlasa proteina, CXorf66 ima umjereno visoke nivoe ekspresije u testisima, uz viši nivo ekspresije u fetusnom tkivu, u odnosu na druge razvojne faze.[29][30] Protein CXorf66 također ima primjetno slabo prisustvo ukupne RNK u kontrolnom endometriju i endometriozi.[31] CXorf66 has been portrayed to have notable presence in the plasma and platelet.[5] Na osnovu podataka PaxDb-a, utvrđeno je da se CXorf66 svrstava u prvih 5% za jedno istraživanje ljudske plazme i među 25% za drugo istraživanje provedeno na ljudskim trombocitima.[32] Pored toga, primjetno je prisustvo 60–100% proteina CXorf66 i u tkivu oštećenog septuma i u dilatacijskoj kardiomiopatiji.[33] Nadalje, CXorf66 ima ~75% proteinskog prisustva u jednojedarnim ćelijama periferne krvi.[34]

 
Unigene EST-ovi tkivni podaci za ljudski protein CXorf66
 
GeneCards-ova predviđena tkivna ekspresija ljudskog proteina CXorf66
  •  
    Prisustvo protrina CXorf66 u septumskom tkivu dilatacijske kardiomiopatije
  •  
    Prisustvo proteina CXorf66 u mononukleusnim ćelijama periferne krvi
  •  
    Prisustvo proteina CXorf66 u ukupnoj RNK endometrioze

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000203933 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000079583 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c GeneCard za CXorf66
  6. ^ Leroy Hood; Patricia M. Beckmann; Richard Johnson; Marcello Marelli; Xiaojun Li. "Organ-specific proteins and methods of their use". US8586006 Patent. Institute For Systems Biology, Integrated Diagnostics, Inc. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  7. ^ Delgado AP, Hamid S, Brandao P, Narayanan R (2014). "A novel transmembrane glycoprotein cancer biomarker present in the X chromosome". Cancer Genomics & Proteomics. 11 (2): 81–92. PMID 24709545.
  8. ^ a b "NCBI CXorf66 protein". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  9. ^ "OMIM CXorf66 protein". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  10. ^ a b "NCBI AceView CXorf66 protein". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  11. ^ "Softberry". Softberry.com. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  12. ^ a b Department of Bioengineering. "SDSC Biology Workbench". University of California, San Diego. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  13. ^ a b "UniProtKB/Swiss-Prot Q5JRM2". UniProt consortium. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  14. ^ Thomas Nordahl Petersen; Søren Brunak; Gunnar von Heijne; Henrik Nielsen. "SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions". Nature Methods. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  15. ^ Hirokawa T.; Boon-Chieng S.; Mitaku S. "SOSUI: classification and secondary structure prediction system for membrane proteins". Journal of Bioinformatics. Arhivirano s originala, 27. 5. 2021. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  16. ^ Brendel, V., Bucher, P., Nourbakhsh, I.R., Blaisdell, B.E. & Karlin, S. "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". SAPS (Statistical Analysis of PS). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Pristupljeno 11. 3. 2015.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
  17. ^ "dbSNP". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  18. ^ "CXorf66 Protein Interactions". STRING - Known and Predicted Protein-Protein Interactions. String-db.org. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  19. ^ Genomatix Software. "Genomatix ElDorado". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  20. ^ Jim Kent. "BLAT". UCSC Genome Bioinformatics. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  21. ^ "miRBase: the microRNA database". University of Manchester. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  22. ^ Blom, N.; Gammeltoft, S.; Brunak, S. "Sequence- and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  23. ^ R Gupta. "Prediction of glycosylation sites in proteomes: from post-translational modifications to protein function". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  24. ^ Qi Zhao; Yubin Xie; Yueyuan Zheng; Shuai Jiang; Wenzhong Liu; Weiping Mu; Yong Zhao; Yu Xue; Jian Ren. "GPS-SUMO: a tool for the prediction of sumoylation sites and SUMO-interaction motifs". Nucleic Acids Research. Arhivirano s originala, 10. 5. 2013. Pristupljeno 3. 4. 2021.
  25. ^ Paul Horton. "PSORT II". Psort.hgc.jp. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  26. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  27. ^ "The Timescale of Life". TimeTree. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  28. ^ "Unigene". Conserved Domain Database. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  29. ^ Uhlen M, Oksvold P, Fagerberg L, Lundberg E, Jonasson K, Forsberg M, Zwahlen M, Kampf C, Wester K, Hober S, Wernerus H, Björling L, Ponten F. "Towards a knowledge-based Human Protein Atlas". The Human Protein Atlas. Nat Biotechnology. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  30. ^ "CXorf66 -Endometriosis". NCBI GEO Profile. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  31. ^ Wang, M.; et al. "PaxDb CXorf66". PaxDb: Protein Abundance Across Organisms. Mol Cell Proteomics. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  32. ^ "CXorf66 - Dilated cardiomyopathy: septum". NCBI GEO Profile. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
  33. ^ "Occupational benzene exposure: peripheral blood mononuclear cells (HumanRef-8)". NCBI GEO Profile. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 11. 3. 2015.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=CXorf66&oldid=3580307"