Protein C2 sa domenom hladnog šoka jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CSDC2 sa hromosoma 22.[5][6] Razvijen je sistemski pristup generiranju klonova cDNK koji sadrže otvorene okvire čitanja pune dužine (ORF-ovi), koristeći znanje o strukturi gena iz genomske sekvence. Svaki ORF je amplificiran PCR-om iz skupa primarnih cDNK, kloniran i potvrđen sekvenciranjem. Dobijeni su klonovi koji predstavljaju 70% gena na ljudskom hromosomu 22, dok je pretraživanjem dostupnih kolekcija klonova cDNK pronađeno u najboljem slučaju 48% iz jedne kolekcije i 60% za sve kolekcije zajedno.[7]

CSDC2
Identifikatori
AliasiCSDC2
Vanjski ID-jeviOMIM: 617689 MGI: 2146027 HomoloGene: 8701 GeneCards: CSDC2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 22 (čovjek)
Hrom.Hromosom 22 (čovjek)[1]
Hromosom 22 (čovjek)
Genomska lokacija za CSDC2
Genomska lokacija za CSDC2
Bend22q13.2Početak41,561,010 bp[1]
Kraj41,577,741 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 15 (miš)
Hrom.Hromosom 15 (miš)[2]
Hromosom 15 (miš)
Genomska lokacija za CSDC2
Genomska lokacija za CSDC2
Bend15|15 E1Početak81,820,960 bp[2]
Kraj81,835,142 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija vezivanje sa DNK
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
vezivanje sa RNK
nucleic acid binding
mRNA 3'-UTR binding
transcription factor binding
Ćelijska komponenta jedro
citoplazma
Biološki proces mRNA processing
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
regulation of mRNA stability
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_014460

NM_145473

RefSeq (bjelančevina)

NP_055275

NP_663448

Lokacija (UCSC)Chr 22: 41.56 – 41.58 MbChr 15: 81.82 – 81.84 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 153 aminokiseline, a molekulska težina 16.786 Da.[8]

1020304050
MTSESTSPPVVPPLHSPKSPVWPTFPFHREGSRVWERGGVPPRDLPSPLP
TKRTRTYSATARASAGPVFKGVCKQFSRSQGHGFITPENGSEDIFVHVSD
IEGEYVPVEGDEVTYKMCPIPPKNQKFQAVEVVLTQLAPHTPHETWSGQV
VGS

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000172346 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000042109 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Castiglia D, Scaturro M, Nastasi T, Cestelli A, Di Liegro I (Mar 1996). "PIPPin, a putative RNA-binding protein specifically expressed in the rat brain". Biochem Biophys Res Commun. 218 (1): 390–4. doi:10.1006/bbrc.1996.0068. PMID 8573167.
  6. ^ Raimondi L, D'Asaro M, Proia P, Nastasi T, Di Liegro I (maj 2003). "RNA-binding ability of PIPPin requires the entire protein". J Cell Mol Med. 7 (1): 35–42. doi:10.1111/j.1582-4934.2003.tb00200.x. PMC 6740078. PMID 12767259.
  7. ^ "Entrez Gene: CSDC2 cold shock domain containing C2, RNA binding".
  8. ^ "UniProt, Q9Y534" (jezik: engleski). Pristupljeno 05-02-2022. Provjerite vrijednost datuma u parametru: |access-date= (pomoć)

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi