YLP-motivni protein 1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom YLPM1. Genski lokus YLP, nalazi se na dugom (q) kraku hromosoma 14, sekvenca 14q24.3.[5][6]

YLPM1
Identifikatori
AliasiYLPM1
Vanjski ID-jeviMGI: 1926195 HomoloGene: 87707 GeneCards: YLPM1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 14 (čovjek)
Hrom.Hromosom 14 (čovjek)[1]
Hromosom 14 (čovjek)
Genomska lokacija za YLPM1
Genomska lokacija za YLPM1
Bend14q24.3Početak74,763,316 bp[1]
Kraj74,859,435 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 12 (miš)
Hrom.Hromosom 12 (miš)[2]
Hromosom 12 (miš)
Genomska lokacija za YLPM1
Genomska lokacija za YLPM1
Bend12|12 D1Početak85,043,095 bp[2]
Kraj85,117,289 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
vezivanje sa RNK
GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific
Ćelijska komponenta jedro
nukleoplazma
citosol
nuclear speck
Biološki proces GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
transcription, DNA-templated
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
GO:0022610 biološki proces
regulation of telomere maintenance
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_019589

NM_178363
NM_001347421

RefSeq (bjelančevina)

NP_062535

NP_001334350
NP_848140

Lokacija (UCSC)Chr 14: 74.76 – 74.86 MbChr 12: 85.04 – 85.12 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Projekt Zbirka gena sisara (MGC) Nacionalnog instituta za zdravlje osmišljen je za generiranje i sekvenciranje javno dostupnog izvora cDNK koji sadrži potpuni otvoreni okvir čitanja (ORF) za svaki gen čovjeka i miša. Projekt je u početku koristio slučajnu strategiju za selekciju klonova iz velikog broja biblioteka cDNK iz različitih tkiva. Klonovi kandidati su izabrani na osnovu 5'-EST sekvenci, a zatim su potpuno sekvencirani do velike tačnosti i analizirani algoritmima razvijenim za ovaj projekt. Postoji više od 11.000 ljudskih i 10.000 mišjih gena, predstavljeno u MGC-u od najmanje jednog klona s punim ORF-om. Pristup nasumičnom selekcijom sada dostiže tačku zasićenja, a prijelaz na protokole usmjerene na nedostajuće transkripte, sada je potreban za kompletiranje zbirki miševa i ljudi. Usporedba sekvence MGC klonova sa referentnim sekvencama genoma otkriva da je većina klonova cDNK vrlo visokog kvaliteta sekvence, iako je vjerovatno da neke cDNK mogu nositi pogrešne varijante kao posljedicu eksperimentalnog artefakta, poput PCR-a, kloniranja ili greške obrnute transkripcije. Nedavno je projektu dodana komponenta pacovske cDNK, a tekući projekti cDNK žabe (ksenopusa) i ribe zebrica (rod Danio) prošireni su, kako bi se iskoristili prednosti visokopropusnog MGC kanala.[7]

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 1.951 aminokiselina, a molekulska težina 219 985 Da.[8].

1020304050
MYPNWGRYGGSSHYPPPPVPPPPPVALPEASPGPGYSSSTTPAAPSSSGF
MSFREQHLAQLQQLQQMHQKQMQCVLQPHHLPPPPLPPPPVMPGGGYGDW
QPPPPPMPPPPGPALSYQKQQQYKHQMLHHQRDGPPGLVPMELESPPESP
PVPPGSYMPPSQSYMPPPQPPPSYYPPTSSQPYLPPAQPSPSQSPPSQSY
LAPTPSYSSSSSSSQSYLSHSQSYLPSSQASPSRPSQGHSKSQLLAPPPP
SAPPGNKTTVQQEPLESGAKNKSTEQQQAAPEPDPSTMTPQEQQQYWYRQ
HLLSLQQRTKVHLPGHKKGPVVAKDTPEPVKEEVTVPATSQVPESPSSEE
PPLPPPNEEVPPPLPPEEPQSEDPEEDARLKQLQAAAAHWQQHQQHRVGF
QYQGIMQKHTQLQQILQQYQQIIQPPPHIQATTPPPGIPPPGVPQGIPPQ
LTAAPVPPASSSQSSQVPEKPRPALLPTPVSFGSAPPTTYHPPLQSAGPS
EQVNSKAPLSKSALPYSSFSSDQGLGESSAAPSQPITAVKDMPVRSGGLL
PDPPRSSYLESPRGPRFDGPRRFEDLGSRCEGPRPKGPRFEGNRPDGPRP
RYEGHPAEGTKSKWGMIPRGPASQFYITPSTSLSPRQSGPQWKGPKPAFG
QQHQQQPKSQAEPLSGNKEPLADTSSNQQKNFKMQSAAFSIAADVKDVKA
AQSNENLSDSQQEPPKSEVSEGPVEPSNWDQNVQSMETQIDKAQAVTQPV
PLANKPVPAQSTFPSKTGGMEGGTAVATSSLTADNDFKPVGIGLPHSENN
QDKGLPRPDNRDNRLEGNRGNSSSYRGPGQSRMEDTRDKGLVNRGRGQAI
SRGPGLVKQEDFRDKMMGRREDSREKMNRGEGSRDRGLVRPGSSREKVPG
GLQGSQDRGAAGSRERGPPRRAGSQERGPLRRAGSRERIPPRRAGSRERG
PPRGPGSRERGLGRSDFGRDRGPFRPEPGDGGEKMYPYHRDEPPRAPWNH
GEERGHEEFPLDGRNAPMERERLDDWDRERYWRECERDYQDDTLELYNRE
DRFSAPPSRSHDGDRRGPWWDDWERDQDMDEDYNREMERDMDRDVDRISR
PMDMYDRSLDNEWDRDYGRPLDEQESQFRERDIPSLPPLPPLPPLPPLDR
YRDDRWREERNREHGYDRDFRDRGELRIREYPERGDTWREKRDYVPDRMD
WERERLSDRWYPSDVDRHSPMAEHMPSSHHSSEMMGSDASLDSDQGLGGV
MVLSQRQHEIILKAAQELKMLREQKEQLQKMKDFGSEPQMADHLPPQESR
LQNTSSRPGMYPPPGSYRPPPPMGKPPGSIVRPSAPPARSSVPVTRPPVP
IPPPPPPPPLPPPPPVIKPQTSAVEQERWDEDSFYGLWDTNDEQGLNSEF
KSETAAIPSAPVLPPPPVHSSIPPPGPVPMGMPPMSKPPPVQQTVDYGHG
RDISTNKVEQIPYGERITLRPDPLPERSTFETEHAGQRDRYDRERDREPY
FDRQSNVIADHRDFKRDRETHRDRDRDRGVIDYDRDRFDRERRPRDDRAQ
SYRDKKDHSSSRRGGFDRPSYDRKSDRPVYEGPSMFGGERRTYPEERMPL
PAPSLSHQPPPAPRVEKKPESKNVDDILKPPGRESRPERIVVIMRGLPGS
GKTHVAKLIRDKEVEFGGPAPRVLSLDDYFITEVEKEEKDPDSGKKVKKK
VMEYEYEAEMEETYRTSMFKTFKKTLDDGFFPFIILDAINDRVRHFDQFW
SAAKTKGFEVYLAEMSADNQTCGKRNIHGRKLKEINKMADHWETAPRHMM
RLDIRSLLQDAAIEEVEMEDFDANIEEQKEEKKDAEEEESELGYIPKSKW
EMDTSEAKLDKLDGLRTGTKRKRDWEAIASRMEDYLQLPDDYDTRASEPG
KKRVRWADLEEKKDADRKRAIGFVVGQTDWEKITDESGHLAEKALNRTKY
I
Simboli

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000119596 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021244 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Sherrington R, Rogaev EI, Liang Y, Rogaeva EA, Levesque G, Ikeda M, Chi H, Lin C, Li G, Holman K, et al. (Aug 1995). "Cloning of a gene bearing missense mutations in early-onset familial Alzheimer's disease". Nature. 375 (6534): 754–60. doi:10.1038/375754a0. PMID 7596406.
  6. ^ "Entrez Gene: YLPM1 YLP motif containing 1".
  7. ^ Daniela S Gerhard et al. (2004): The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res, 14(10B):2121-7, doi: 10.1101/gr.2596504, pmid: 15489334, pmcid: pmc528928, doi: 10.1101/gr.2596504
  8. ^ "UniProt, P49750". Pristupljeno 11. 9. 2017.

Dopunska literatura

uredi