Wikipedia

PRP36

PRP36 (prolinom bogati protein 36) je vanćelijski protein Homo sapiens, kodiran genom PRR36, koji sadrži domen nepoznate funkcije, DUF4596, prema C kraju proteina.[1] Funkcija PRP36 je nepoznata, ali visoka ekspresija gena zabilježena je u različitim regijama mozga, kao što su prečeoni korteks, mali mozak i amigdala.[2][3] PRP36 ima jednog dvojnika: putativnog neokarakteriziranog proteina FLJ22184.[4]

PRP36
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jeviGeneCards: [1]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

n/a

n/a

Ensembl

n/a

n/a

UniProt

n
a

n/a

RefSeq (mRNK)

n/a

n/a

RefSeq (bjelančevina)

n/a

n/a

Lokacija (UCSC)n/an/a
PubMed pretragan/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Gen

uredi

Ljudski gen PRR36 sastoji se od sedam egzona i dugačak je 5.723 bazna para.[5]

Lokus

uredi

Kod čovjeka, PRR36 nalazi se na kratkom kraku hromosoma 19, pozicija 19p13.2 (regija 1, opseg 3 i podopseg 2).[5] Gen se proteže između baznih brojeva 7,868.719 i 7,874.441 na hromozomu 19 i nalazi se između dva druga gena – pseudogena LYPLA2P2, i EVI5L, gen koji proizvodi protein koji regulira aktivnost Rab GTPaza.[6][7]

 
Relativna lokacija PRR36 na kratkom kraku hromosoma 19

iRNK i prerađene varijante

uredi

Alternativna prerada transkripta gena PRR36 rezultira s dvije varijante transkripta. PRR36 (FLJ22184) varijanta transkripta 1, viđena na donjoj slici, duga je 4.518 baznih parova i sastoji se od šest egzona, od kojih se posljednjih pet koristi u kodiranju proteina. Proizvedeni protein, PRP36, sastoji se od 1.346 aminokiselina.[8] PRR36 Transkriptna varijanta 2 duga je 780 parova baza i sastoji se od pet egzona. Transkript PRR36 varijanta 2 teorijski kodira protein dužine 260 aminokiselina. Međutim, sumnja se da ova varijanta transkripta ikada ostvari translaciju.[5]

 
Prerada genskog transkripta FLJ22184/PRR36 za varijantu 1

Utvrđeno je da PRR36 varijanta 1 transkripta ima samo jedno poliadenilacijsko mjesto.[9]

Protein

uredi

Domen i motivi

uredi

DUF4596 na ljudskom PRP36 dugačak je 47 aminokiselina, ima izoelektričnu tačku 3,77 i u sisara, gotovo je u potpunosti selekcijski konzerviran.[10] Uprkos tome što mu nedostaje signalni peptid, predviđa se da će se PRP36 izlučiti iz ćelije nakon što prođe kroz preradu.[11][12]

PRP36 ima nekoliko različitih tandemskih ponavljanja, odvojenih ponavljanja i ponovljenih sekvenci. Ova ponavljanja uočljiva su u primatskim PRP36 ortolozima, ali ih nema u ortolozima PRP36 daljnjih srodnih vrsta, poput oposuma, što sugerira da se neki oblik evolucije javlja u čitavoj sekvenci PRP36 u relativno novijoj historiji.[10]

 
Višestruko poravnanje regije DUF4596 u 20 PRP36 ortologa. Zelena označava potpunu konzervaciju, plavi su identični ostaci i magenta označava hemijsku sličnost.

Sastav

uredi

PRP36 je dugačak 1.346 aminokiselina i bogat je prolinom, što znači da veći udio ostataka prolina postoji u cijelom proteinu, uključujući domen DUF4596, u poređenju sa drugim ljudskim proteinima. Često se opaža da su proteini bogati prolinom suštinski nestrukturirani i povezani su s interakcijama protein-protein u signalnim putevima.[13] Međutim, nije sigurno zadržavaju li se ove osobine u PRP36. U PRP36 aminokiseline izoleucin, tirozin i asparagin prisutne su u smanjenom udjelu, u odnosu na tipski ljudski protein. Postoje dvije visoko pozitivne sekvence prema N-kraju PRP36, dok visoko negativna sekvenca postoji unutar DUF4596 domena prema C-kraju. U cjelini, međutim, čini se da je PRP36 blago bazni i ukupno pozitivno nabijeni protein, jer ima odgovarajuću izoelektričnu tačku od 10,98.[10] PRP36 je polarni i rastvorljivi protein.[14]

Posttranslacijske modifikacije

uredi

Predviđa se da kod ljudi PRP36 sadrži 24 fosforilacijska mjesta , uključujući 14 serinskih, devet treoninskih i jedno tirozinsko.[15][16][17] Pored toga, ima osam predviđenih mjesta vezanja N-acetilglukozamin i dva visoko konzervirana mjesta predviđanja sumoilacije.[18][19]

Sekundarna struktura

uredi

Sekundarna struktura PRP36 nije eksplicitno utvrđena, ali predviđanja zasnovana na PRR36 iRNK daju neke mogućnosti. Alfa-heliksi, beta-listovi i druge karakteristike strukture ne uspijevaju se konzervitatii u ortolozima PRP36, s izuzetkom motiva alfa-heliksa alfa i beta-lanca koji je kod sisara bio visoko konzerviran.[10] Ovaj motiv započinje nešto prije i prenosi se u regiju DUF4596, što ukazuje na veliku važnost ovog domena u funkciji PRP36.

Interaktivni proteini

uredi

PRP36 ima srednje rezultate za predviđenu interakciju s dva druga proteina nepoznate funkcije, OVCH1 i FAM179A.[20] Ova predviđanja, međutim, nisu eksperimentalno potvrđena, pa pouzdanost interakcije sa PRP36 nije baš velika.[20]

Ćelijski položaj

uredi

Nije predviđeno da postoji signalni peptid ili neki drugi marker sa PRP36 sekvencom.[21] Međutim, prema Phobiusu, predviđa se da je PRP36 necitoplazmatski protein koji postoji u vanćelijskom prostoru.[21] Pod pretpostavkom da je ovo predviđanje tačno, to može ukazivati na to da PRP36 prolazi nekonvencionalno lučenje proteina.

Ekspresija

uredi

Promotor

uredi

Po Genomatixu, redviđa se da postoji jedan promotor za protein PRP36. Ovaj promotor postoji na negativnom lancu. od položaja 7,939.226 do 7,939.826 i dugačak je 601 bazni par.[22] Promotivna regija PRP36 sadrži brojne predviđene faktore transkripcije različitih tipova, uključujući razne cinkove prste, te faktore E2F i CDF. Naročito je važno prisustvo XGene promotivnog elementa na minus lancu koji je posrednik RNK-polimeraze II za promotore kojima nedostaje TATA boks, kao što je slučaj sa promotorom PRP36.[23] Sljedeća tabela prikazuje 12 faktora transkripcije koji komuniciraju s PRP36, kako je predviđao alat ElDorado iz Genomatixa - svi prikazani faktori dobili su minimalnu ocjenu Matrix Sim-a od 0,877.[23]

Porodica matriksa Detalji matriksne informacije Detalji porodične informacije Start Pozicija Pozicija kraja Sidrište Lanac Sekvenca
O$XCPE Element promotora jezgra X gena 1 Aktivator-, medjiator- i TBP- ovisni jezgreni promotorski element za transkripciju RNK polimeraze II s promotora bez TATA 513 523 518 + ggGCGGgaccg
V$ZF5F ZF5 POZ domen cinkovog prsta , protein cinkovog prsta 161 ZF5 POZ domen cinkovog prsta 477 491 484 + gagcgCGCGcccccg
V$GLIF Porodica GLIS cinkovog prsta 2 Porodica GLI cinkovog prsta 16 32 24 + tcgaCCCCccaaccaga
V$ZF02 Cinkov prst i BTB domen-sadržavajući protein 7A, pokemon C2H2 transkripcijski fsktori cinkovog prsta 2 550 572 561 + gcagcCCCCtcccctcgcctcct
V$E2FF E2F transkripcijski faktor 6 E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa 490 506 498 - cgcggGCGGgagagccg
V$E2FF E2F transkripcijski faktor 2 E2F-myc aktivator/ regulator ćelijskog ciklusa 476 492 484 + cgagcGCGCgcccccgg
V$SP1F Sp2, član transkripcijskih fktora Sp/XKLF sa tri C2H2 cinkova prsta u konzerviranom domenu carboksil-kraja GC-Boks factori SP1/GC 189 205 197 - ccaggaggcgGGACcac
V$MAZF Myc asocirani protein cinkovog prsta (MAZ) Myc asocirani cinkovi prsti 557 569 563 - aggcGAGGggagg
V$E2FF E2F transcripcijski faktor 2 E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa 411 427 419 + ccaaaGCGCgcttctcc
O$XCPE Jezgreni promotorski element 1 X gena Aktivator-, medijator- i TBP-ovisni osnovni promotorski element za transkripciju RNK polimeraze II promotora bez TATA 493 503 498 - ggGCGGgagag
V$E2FF E2F transkripcijski faktor 3 E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa 475 491 483 - cggggGCGCgcgctcga
O$XCPE Element promotora jezgre X gena 1 Aktivator-, medijator- i TBP-ovisni element promotora jezgre za transkripciju RNK polimeraze II s promotora bez TATA 190 200 195 - agGCGGgacca

Ekspresija

uredi

Unigeneova EST ekspresije cDNK obilja tkiva i Proteinski atlas pokazuju da PRP36 ima značajan nivo ekspresije u mozgu, embrionskm tkivu, očima, crijevima, bubrezima, živcima i jajnicima.[24] Dodatni dokazi potkrepljuju neke od ovih nalaza, jer je analiza normalnih tkiva otkrila da je preko 50% ćelija eksprimiralo PRP36 u malom mozgu, mozgu fetusa, prečeonom korteksu i gornjoj cerviksnoj gangliji.[25][26] Čini se da je PRP36 prekomjerno izražen u uzorcima ćelija uzetih od pacijenata sa duktusnim karcinomima mliječne žlijezde, što sugerira da bi stanje bolesti i ekspresija PRP36 mogli biti povezani.[27]

 
Unigen EST podaci o ekspresiji tkiva za ljudski protein PRP36

Homologija

uredi

Ortolozi

uredi

PRP36 nema poznate paraloge kod ljudi, ali utvrđeno je da postoji niz ortologa u vrstama širom koljena sisara.[28] PRP36 je visoko konzerviran kod primata, ali postoji nekoliko kratkih sekvenci jedinstvenih za ljudsku verziju gena.[10] Na osnovu nedostatka konzervacije kod svih sisara može se predložiti brza evolucija PRP36. Međutim, regija DUF4596 kod sisara visoko je konzervirana, što sugerira da je domen presudn za funkciju PRP36, dok je ostatkom proteina lakše manipulirati, a da to ne nanese štetu. Lista ortologa za PRP36 nalazi se u nastavku.[28]

# Rod i vrsta Uobičajeno ime Divergencija sa čovjekom (milioni godina)[29] Pristupni broj E-vrijednost Dužina (aa) Identitet (%) Sličnost (%)
1 Homo sapiens Čovjek 0 NP_001177396 0 1.346 100 100
2 Pan troglodytes Čimpanze 6,3 XP_009432808 0 1280 87 88
3 Callithrix jacchus Marmozet 42,6 XP_008985368 0 1.243 78 79
4 Saimiri boliviensis boliviensis Crnokapasti vjeveričasti majmun 42,6 XP_010347967.1 0 1161 75 77
5 Otolemur garnetti Sjeverni veliki galago 74,0 XP_003793753 5x10-158 1084 59 64
6 Mesocricetus auratus Zlatni hrčak 92,3 XP_005085339 2x10-106 1034 82 86
7 Mus musculus Kućni miš 92,3 XP_006508977 6x10-104 1046 67 71
8 Nannospalax galili Gornjegalilejski planinski slijepi krtičasti pacov 92,3 XP_008822351.1 1x10-117 1167 62 65
9 Jaculus jaculus Mali egipatski skočimiš 92,3 XP_004672230 1x10-123 1007 55 59
10 Ictidomys tridecemlineatus Trinaestoredna prizemna vjeverica 92,3 XP_005332306.1 1x10-111 826 58 65
11 Bubalus bubalis Vodeni bik 94,2 XP_006046812 5x10-119 1068 75 77
12 Felis catus Domaća mačka 94,2 XP_011287775 2x10-89 668 73 77
13 Camelus dromedarius Deva 94,2 XP_010976676.1 4x10-119 868 65 70
14 Myotis lucifugus Mali smeđi šišmiš 94,2 XP_006101945.1 4x10-111 935 58 63
15 Balaenoptera acutorostrata scammoni Obični minke kit 94,2 XP_007169287.1 7x10-132 684 62 67
16 Bison bison bison Američki bizon 94,2 XP_010826582 8x10-101 1054 51 58
17 Vicugna pacos Alpaka 94,2 XP_006206574 8x10-64 680 51 56
18 Echinops telfairi Mali jež tenrek 98,7 XP_004717416 2x10-96 850 61 65
19 Trichechus manatus latirostris Floridska morska krava 98,7 XP_004378653.1 4x10-114 879 59 63
20 Monodelphis domestica Sivi kratkorepi oposum 162,6 XP_007489701.1 4x10-85 653 48 54

Evolucija

uredi

Višestruko poravnanje sekvenci sugerira da je PRP36 evoluirao rano u lozi sisara.[10] Sisari koji su vrlo udaljeni s ljudima, poput oposuma, imaju verziju PRP36, što sugerira da je protein je nastao prije te evolucijske divergencije. Međutim, osim domena DUF4596, konzervirano je vrlo malo područja unutar sekvence PRP36.[10]

Klinički značaj

uredi

Funkcija proteina PRP36 još uvijek nije poznata. Međutim, mogu se nagađati neke funkcije. U 2009. otkriveno je da je izvor fenotipa pacijenta genetičko stanje koje uključuje 19p13,2 mikrodelecija – vrlo mali komad hromosoma nedostaje kod pacijenta (nije nedostajalo cijelo područje 19p13.2).[30][31] Otada su postavljene dodatne dijagnoze, a kod nekoliko pacijenata utvrđeno je da imaju mikrodelcije koje uključuju regiju u kojoj se nalazi gen PRR36, što znači da protein PRP36 neće biti pronađen kod ovih osoba. Međutim, ovo područje uključivalo je i druge gene čija je funkcija dobro poznata; naprimjer, gojaznost uočena kod pacijenata može se pratiti do delecije gena insulinskog receptora. Ostali simptomi, kao što su poteškoće u učenju i govorne smetnje mogu se povezati sa sličnim delecijama gena.[30] Međutim, moguće je da odsustvo PRP36 uzrokuje manju invalidnost koja je maskirana ovi drugi simptomi. Pored toga, moguće je da PRP36 ima sekundarnu ulogu s jednim ili više ovih deletiranih gena. Ova druga opcija može se malo podržati, napominjući da drugi prolinom bogati proteini, koji imaju poznatu funkciju, kako na ljudskom hromosomu 19, tako i na drugim hromosomima, teže da češće proizvode proteine koji su uključeni u interakcije protein-protein od mnogih drugih općih tipova gena.[32]

Reference

uredi
  1. ^ "proline-rich protein 36 [Homo sapiens]". NCBI Protein. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  2. ^ "FLJ22184 - Normal tissues of various types". GEO Profiles. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  3. ^ "FLJ22184 - Large-scale analysis of the human transcriptome (HG-U133A)". GEO Profiles. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  4. ^ "Submitted name: Protein FLJ22184". UniProt. UniProt Consortium. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  5. ^ a b c "PRR36 proline rich 36 [ Homo sapiens (human) ]". Gene. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  6. ^ Itoh T, Satoh M, Kanno E, Fukuda M (Sep 2006). "Screening for target Rabs of TBC (Tre-2/Bub2/Cdc16) domain-containing proteins based on their Rab-binding activity". Genes to Cells. 11 (9): 1023–37. doi:10.1111/j.1365-2443.2006.00997.x. PMID 16923123.
  7. ^ "LYPLA2P2 (lysophospholipase II pseudogene 2)". Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology. Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  8. ^ "Homo sapiens proline rich 36 (PRR36), transcript variant 1, mRNA". Nucleotide. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  9. ^ "Gene Finding in Eukaryota". Softberry. Softberry. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  10. ^ a b c d e f g "SDSC Biology Workbench". Department of Bioengineering. University of California Sand Diego. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  11. ^ "Transmembrane Topology". Phobius. Stockholm Bioinformatics Centre. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  12. ^ Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H (29. 9. 2011). "SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions". Nature Methods. 8 (10): 785–6. doi:10.1038/nmeth.1701. PMID 21959131. S2CID 16509924.
  13. ^ Kay BK, Williamson MP, Sudol M (Feb 2000). "The importance of being proline: the interaction of proline-rich motifs in signaling proteins with their cognate domains". FASEB Journal. 14 (2): 231–41. doi:10.1096/fasebj.14.2.231. PMID 10657980.
  14. ^ "SOSUI". Classification and Secondary Structure Prediction of Membrane Proteins. Mitaku Group. Arhivirano s originala, 27. 5. 2021. Pristupljeno 27. 5. 2021.
  15. ^ Xue Y, Ren J, Gao X, Jin C, Wen L, Yao X (Sep 2008). "GPS 2.0, a tool to predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy". Molecular & Cellular Proteomics. 7 (9): 1598–608. doi:10.1074/mcp.M700574-MCP200. PMC 2528073. PMID 18463090.
  16. ^ Blom N, Sicheritz-Pontén T, Gupta R, Gammeltoft S, Brunak S (Jun 2004). "Prediction of post-translational glycosylation and phosphorylation of proteins from the amino acid sequence". Proteomics. 4 (6): 1633–49. doi:10.1002/pmic.200300771. PMID 15174133.
  17. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (Dec 1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
  18. ^ "SUMOplot™ Analysis Program". ABGENT. WuXi AppTec. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  19. ^ Gupta R, Brunak S (2002). "Prediction of glycosylation across the human proteome and the correlation to protein function". Pacific Symposium on Biocomputing: 310–22. doi:10.1142/9789812799623_0029. ISBN 978-981-02-4777-5. PMID 11928486.
  20. ^ a b "STRING10 FLJ22184". STRING. Pristupljeno 9. 5. 2015.
  21. ^ a b "Phobius PRP36". Phobius. Stockholm Bioinformatics Centre. Pristupljeno 9. 5. 2015.
  22. ^ "Gene2Promoter". Genomatix Software Suite. Genomatix. Pristupljeno 3. 5. 2015.[mrtav link]
  23. ^ a b "ElDorado". Genomatix Software Suite. Genomatix. Pristupljeno 3. 5. 2015.[mrtav link]
  24. ^ "EST Profile FLJ22184". UniGene. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 9. 5. 2015.
  25. ^ "FLJ22184 - Large-scale analysis of the human transcriptome (HG-U133A)". GEO Profiles. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 3. 5. 2015.
  26. ^ "FLJ22184-Normal tissue of various types". GEO Profiles. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 3. 5. 2015.
  27. ^ "Ductal carcinoma in situ: mammary gland". GEO Profiles. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 9. 5. 2015.
  28. ^ a b "BLAST". Basic Local Alignment Search Tool. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 3. 5. 2015.
  29. ^ Kumar S, Hedges S. "TimeTree: a public knowledge-base of divergence times among organisms". TimeTree :: The Timescale of Life.
  30. ^ a b Wangensteen T, Retterstøl L, Rødningen OK, Hjelmesaeth J, Aukrust P, Halvorsen B (Jun 2013). "De novo 19p13.2 microdeletion encompassing the insulin receptor and resistin genes in a patient with obesity and learning disability". American Journal of Medical Genetics Part A. 161A (6): 1480–6. doi:10.1002/ajmg.a.35927. PMID 23637016. S2CID 43594020.
  31. ^ Lysy PA, Ravoet M, Wustefeld S, Bernard P, Nassogne MC, Wyns E, Sibille C (Nov 2009). "A new case of syndromic craniosynostosis with cryptic 19p13.2-p13.13 deletion". American Journal of Medical Genetics Part A. 149A (11): 2564–8. doi:10.1002/ajmg.a.33056. PMID 19842200. S2CID 34800233.
  32. ^ Johns A, Wooster MJ (Apr 1975). "The inhibitory effects of prostaglandin E1 on guinea-pig ureter". Canadian Journal of Physiology and Pharmacology. 53 (2): 239–47. doi:10.1139/y75-035. PMID 1137821.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=PRP36&oldid=3535558"