Metabolom
Metabolom se odnosi na kompletn i skup malih hemijskih molekula u biološkom uzorku.[1] Biološki uzorak može biti ćelija, ćelijska organela, organ, tkivo, tkivni ekstrakt, biofluid ili cijeli organizam. Mala molekula hemijske supstance nalazi se u datom metabolomu ali može uključivati unutrašnje metabolite koji se prirodno proizvode u organizmu (kao aminokiseline, organske kiseline, nukleinske kiseline, masne kiseline, amini, šećeri, vitamini, kofaktori, pigmeni, antibiotici, itd), kao i spoljašnje hemikalije (kao što su lijekovi, okolinski kontaminanti, dodaci hrani, otrovi i drugi kserobiotici) koje organizmi prirodno ne proizvode.[2][3]
Drugim riječima, postoje i endogeni i egzogeni metabolom. Endogeni metabolom se može dalje dijeliti na "primarni" i "srednje" metabolome (posebno kada se govori o metabolomima biljaka ili mikroba). Primarni metabolit je direktno uključen u normalan rast, razvoj i razmnožavanje. A sekundarni metabolit nije direktno uključeni u te procese, ali obično ima važne ekološke funkcije. Sekundarni metaboliti mogu uključivati pigmente, antibiotike ili otpadni proizvodi dobijeni od djelomično metabolizirsnih ksenobiotika. Da bi se nešto kvalifikovalo kao metabolit ili da se smatra dijelom metaboloma, male molekle obično imaju molekulske težine <1500 Da. To znači da molekule kao što su glikolipidi, polisaharidi, kratki peptidi (<14 aminokiselina) i mali oligonukleotidi (<5 baza) mogu se smatrati metabolitima ili sastojci metaboloma. S druge strane, velike makromolekule, kao što su proteini, RNK, ribosomna RNK, mikroRNK i DNK definitivno nisu metaboliti i ne smatraju se dijelom metaboloma. Nauka o metabolomu naziva se metabolomika. Na priloženoj slici prikazani su pdnosi između različitih "-oma".
Reference
uredi- ^ Oliver, SG; Winson MK; Kell DB; Baganz F (septembar 1998). "Systematic functional analysis of the yeast genome". Trends Biotechnol. 16 (9): 373–8. doi:10.1016/S0167-7799(98)01214-1. PMID 9744112.
- ^ Wishart, DS (septembar 2007). "Current progress in computational metabolomics". Brief Bioinform. 8 (5): 279–93. doi:10.1093/bib/bbm030. PMID 17626065.
- ^ Nordström, A; O'Maille G.; Qin C.; Siuzdak G. (2006). "Nonlinear data alignment for UPLC-MS and HPLC-MS based metabolomics: quantitative analysis of endogenous and exogenous metabolites in human serum". Anal. Chem. 78 (10): 3289–95. doi:10.1021/ac060245f. PMID 16689529.