Wikipedia

CXorf49

CXorf49 je protein koji je kod ljudi kodiran genom otvorenog okvira čitanja 49 (CXorf49), na hromosomu X.

CXorf49
Identifikatori
AliasiCXorf49
Vanjski ID-jeviHomoloGene: 129667 GeneCards: CXorf49
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom X
Hrom.Hromosom X[1]
Hromosom X
Genomska lokacija za CXorf49
Genomska lokacija za CXorf49
BendXq13.1Početak71,714,371 bp[1]
Kraj71,718,285 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom X (miš)
Hrom.Hromosom X (miš)[2]
Hromosom X (miš)
Genomska lokacija za CXorf49
Genomska lokacija za CXorf49
BendX DPočetak101,790,053 bp[2]
Kraj101,794,423 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

100130361

102634296

Ensembl

ENSG00000215115

ENSMUSG00000045010

UniProt

A8MYA2

n/a

RefSeq (mRNK)

NM_001145140

XM_006528369

RefSeq (bjelančevina)

NP_001138611
NP_001138612

n/a

Lokacija (UCSC)Chr X: 71.71 – 71.72 MbChr X: 101.79 – 101.79 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Gen

uredi

Gen CXorf49 ima dvojnika CXorf49B lokusa.[5] Preimenovanje A8MYA2 se također odnosi na protein kodiran sa CXorf49 ili CXorf49B.[6]

CXorf49 dug je 3.912 baznih parova, sa šest egzona.[7] CXorf49 ima jedan transkript za kodiranje proteina.[8]

Protein

uredi

Protein ima 514 aminokiselina i molekulsku masu od 54,4 kDa.[9] Izoelektrična tačka je 9,3. U poređenju sa drugim ljudskim proteinima, CXorf49 je glicin– i prolin-bogat, ali ima niže nivoe asparagina, izoleucina, tirozina i treonina (Statistička analiza proteinskih sekvenci, SAPS [10]).

Domeni

uredi
 
Protein sa domenom nepoznate funkcije.

Domen nepoznate funkcije, DUF4641, gotovo je u cjelosti protein. Dug je 433 aminokiseline, od aminokiseline 80 do aminokiseline broj 512.[11] DUF4641 is a part of pfam15483.[12] Domen je bogat prolinom i argininom, ali DUF4641 ima niže razine izoleucina, tirozina i treonina u odnosu na druge ljudske proteine (Analiza proteinskih sekvenci, SAPS. DUF4641 ima neobičan razmak između lizinskih ostataka i pozitivno nabijenih aminokiselina (Analiza proteinskih sekvenci, SAPS).

Post-translacijske modifikacije

uredi

Predviđa se da će CXorf49 imati nekoliko post-translacijskih mjesta. To uključuje lokacije za N-acetiltransferazu (NetAcet 1-[13]), glikacija ε amino grupa lizina (NetGlycate 1.0[14]), mucinski tip GalNAc O-glikozilacije (NetOglyc 4.0[15]), phosphorylation (NetPhos 2.0[16]), sumoilacija (SUMOplot program za analizu[17]) i O-ß-GlcNAc dodatak (YinOYang WWW[18]).

Subćelijska lokalizacija

uredi

Predviđa se da se protein CXorf49 nalazi u ćelijskom jedru (PSORT II [19]).

Ekspresija

uredi

Promotorska regija

uredi

Regija promotora CXorf49 nalazi se između baznog para 71718051 i 71718785 na minus lancu X hromosoma i duga je 735 bp (Genomatixov ElDorado program [20]). Jedan od najčešćih transkripcijskih faktora mjesta vezanja u promotorskoj regiji su mjesta za faktor vezanja za Y-boks.[21]).

Interakcije

uredi

Još uvijek nije dokazano da li protein CXorf49 stupa u interakciju s drugim proteinima (PSICQUIC[22]).

Utvrđeno je da je CXorf49 jedna od komponenata male grupe HL-60 ćelijskih proteoma koja je bila najsklonija stvaranju adukata 4-hidroksi-2-nonenala (HNE), nakon izlaganja netoksičnim (10 μM) koncentracijama HNE, zajedno sa toplotnim šokom 60 kDa proteina 1.[23]

Homologija

uredi

Upotrebom BLAST-a[24] nađeno je da nema ortologa za CXorf49 u jednoćelijskim organizmima, gljivama ili biljkama čiji su genomi sekvencirani. Za višećelijske organizme ortolozi se nalaze kod sisara. Tabela ispod prikazuje izbor ortologa sisara. Navedeni su nakon vremena evolucijskog razdvajanja od ljudi.

Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristupni broj Dužina sekvence Poklapanje sa ljudskim proteinom
Pan troglodytes Čimpanza XP_001137982 514 aa 98 %
Callithrix jacchus Obični marmozet XP_008987719 487 aa 65 %
Galeopterus variegatus Malajski leteći lemur XP_008574823 525 aa 54 %
Tupaia chinensis Kineska verirovka XP_006168003 527 aa 35 %
Chinchilla lanigera Dugorepa činčila XP_013358263 307 aa 49 %
Mus musculus Kućni miš NP_081944 513 aa 36 %
Canis lupus familiaris Pas XP_850392 526 aa 54 %
Odobenus rosmarus divergens Pacifički morž XP_012422579 530 aa 51 %
Mustela putorius furo Feret XP_004777306 544 aa 50 %
Lipotes vexillifer Kineski riječni delfin XP_007452050 529 aa 45 %
Ovis areis Ovca XP_004022229 536 aa 45 %
Capra hircus Koza XP_005700711 538 aa 44 %
Myotis lucifugus Mali smeđi šišmiš XP_006083036 500 aa 42 %
Myotis davidii Davidov miotis XP_006759573 495 aa 42 %
Bos taurus Govedo NP_001092664 534 aa 42 %
Equus asinus Magarac XP_014707878 723 aa 42 %
Trichechus manatus latirostris Floridska morska krava XP_012415455 505 aa 44 %
Dasypus novemcinctus Devetoprugasti armadilo XP_004475873 497 aa 44 %
Orycteropus afer afer Južnoafrički mravojed XP_007957133 477 aa 38 %

Filogenija

uredi

CXorf49 se razvio od mravojedskog, do ljudskog proteina tokom 105,0 miliona godina.

 
Filogenetsko stablo po programu CRUSTALW na SDSC Biology Workbench, sa CXorf49 čovjeka (Hsa), čimpanze (Ptro), malajslog letećeg lemura (Gava), ovce (Ovari), pacifičkog morža (Ord), mravojeda (Oafaf), kineske verirovke (Tuchi) i kućnog miša (Mmus)

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000215115 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000045010 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Homo sapiens chromosome X open reading frame 49 (CXorf49), mRNA - Nucleotide - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 28. 9. 2015. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  6. ^ "RecName: Full=Uncharacterized protein CXorf49 - Protein - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 28. 9. 2015. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  7. ^ "CXorf49 chromosome X open reading frame 49 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  8. ^ "Gene & protein Summary: cxorf49". Ebi.ac.uk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  9. ^ "CXorf49 Gene(Protein Coding) Chromosome X Open Reading Frame 49". GeneCards. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  10. ^ "SDSC Biology Workbench". seqtool.sdsc.edu. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 6. 5. 2016.
  11. ^ "uncharacterized protein CXorf49 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 28. 9. 2015. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  12. ^ "NCBI CDD Conserved Protein Domain DUF4641". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2016.
  13. ^ "NetAcet 1.0 Server". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  14. ^ "NetGlycate 1.0 Server". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  15. ^ "NetOGlyc 4.0 Server". Cbs.dtu.dk. 15. 5. 2013. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  16. ^ "NetPhos 2.0 Server". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  17. ^ "SUMOplot Analysis Program". Abgent. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  18. ^ "YinOYang 1.2 Server". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  19. ^ http://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl%7Cdate=July[mrtav link] 2017 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}
  20. ^ "Genomatix's ElDorado". Arhivirano s originala, 3. 4. 2021. Pristupljeno 3. 4. 2021.
  21. ^ "EST Profile - Hs.632817". Ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 28. 4. 2016.
  22. ^ "PSIQUIC". Arhivirano s originala, 17. 12. 2014.
  23. ^ Arcaro, Alessia; Daga, Martina; Cetrangolo, Giovanni Paolo; Ciamporcero, Eric Stefano; Lepore, Alessio; Pizzimenti, Stefania; Petrella, Claudia; Graf, Maria; Uchida, Koji; Mamone, Gianfranco; Ferranti, Pasquale; Ames, Paul R. J.; Palumbo, Giuseppe; Barrera, Giuseppina; Gentile, Fabrizio (2015). "Generation of Adducts of 4-Hydroxy-2-nonenal with Heat Shock 60 kDa Protein 1 in Human Promyelocytic HL-60 and Monocytic THP-1 Cell Lines". Oxidative Medicine and Cellular Longevity. 2015: 296146. doi:10.1155/2015/296146. PMC 4452872. PMID 26078803.
  24. ^ Protein BLAST
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=CXorf49&oldid=3491543"