Proser1
PROSER1 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom PROSER1 sa hromosoma 13.[2]
| Proser1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | |||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | HomoloGene: 13463 GeneCards: [1] | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez |
| ||||||||||||||||||||||||
| Ensembl |
| ||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 3: 53.37 – 53.39 Mb | n/a | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [1] | n/a | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Nomenklatura uredi
PROSER1 ima nekoliko alijasa: C13orf23, KIAA2032 i protein bogat prolinom i serinom 1.[3] [4]
Gen uredi
Lokacija uredi
PROSER1 nalazi se na negativnom (obrnutom) lancu hromosoma 13 na poziciji 13q13.3. Proteže se od 39,009.865 baznih parova od ptera do 39,038.095 bp od ptera, sa veličinom od 28.231 baze [5] U neprerfađenom primarnom traskriptu PROSER1 ima ukupno 13 egzona iRNK od 5,185 bp. Ima dvije izoforme, obje u rfasponu od 5.000 bp.[6]
Gensko susjedstvo uredi
Geni STOML3 i NHLRC3 susedni su sa PROSER1 na hromosomu 13.[7]
Tkivna distribucija uredi
Mapiranje ekspresije ekspresije PROSER1 pokazuje da ima posebno visoku ekspresiju u limfnom, embrionskom tkivu, timusu i maternici. Ima umjerenu ekspresiju u sjemenicima, larinksu, nervima, krvi i mjestima masnog tkiva.[8] Prema Atlasu ljudskih proteina, PROSER1 ima opću citoplazmatsku ekspresiju i eksprimiran je u svim kategorijama tkivne RNK.[9]
Homologija uredi
Paralozi uredi
PROSER1 nema paraloge.[10]
Ortolozi uredi
PROSER1 je visoko konzerviran među sisarima. Manje je konzerviran, iako je pronađen kod riba, ptica i nekih beskičmenjaka. Ne eksprimira se u bakterijama, biljkama ili gljivama.[11] Prikaz ortologa u donjoj tabeli je prema NCBI-u.
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Datiranje of divergencije (od H. sapiens) u milionima godina | Prostupni broj | Dužina proteinske sekvence (broj aminokiselina) | Identitet sekvence | Sličnost sekvence |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Čovjek | – | NP_079414.3 | 944 | – | – |
| Gorilla gorilla | Gorila | 8,9 | XP_004054459 | 994 | 99% | 99% |
| Colobus angolensis palliatus | Angolski kolobus | 29,1 | XP_011798372 | 947 | 97% | 97% |
| Nannospalax galili | Spalaks | 90.9 MYA | XP_008847583 | 916 aa | 80% | 85% |
| Cricetulus griseus | Kineski hrčak | 90.9 MYA | XP_007626898 | 912 aa | 79% | 84% |
| Panthera tigris altaica | Sibirski tigar | 975 | XP_007097793 | 665 | 85% | 89% |
| Acinonyx jubatus | Gepard | 97,5 | XP_014926409 | 770 | 79% | 83% |
| Tursiops truncatus | Obični boconosi delfin | 975 | XP_004332367 | 1064 | 77% | 83% |
| Ornithorhynchus anatinus | Kljunar | 179,2 | XP_007666895 | 888 | 69% | 74% |
| Chelonia mydas | Zelena morska kornjača | 320,5 | XP_007070970 | 936 | 75% | 83% |
| Pygoscelis adeliae | Adeli pingvin | 320,5 | XP_009318201 | 938 | 75% | 83% |
| Calidris (philomachus) pugnax | Grgeč | 320,5 | XP_014821534 | 899 | 74% | 83% |
| Chrysemys picta bellii | Obojena kornjača | 320,5 | XP_008175998 | 825 | 73% | 82% |
| Aquila chrysaetos canadensis | Zlatni orao | 320,5 | XP_011579121 | 916 | 73% | 81% |
| Alligator sinensis | Kineski aligator | 320,5 | XP_014376376 | 940 | 72% | 81% |
| Gekko japonicus | Japanski gekon | 320,5 | XP_015281837 | 1053 | 65% | 75% |
| Python bivittatus | Mjanmarski piton | 320,5 | XP_007438154 | 924 | 65% | 75% |
| Anolis carolinensis | Karolinska anola | 320,5 | XP_008124125 | 920 | 64% | 75% |
| Xenopus tropicalis | Zapadna kanžasta žaba | 355,7 | XP_012813331 | 944 | 51% | 63% |
| Lepisosteus oculatus | Pjegava riba gar | 429,6 | XP_015197497 | 885 | 47% | 58% |
| Callorhinchus milii | Australijska duh-ajkula | 482,9 | XP_007889503 | 965 | 64% | 75% |
Protein uredi
Opća svojstva uredi
Prevedeni PROSER1 protein ima 944 aminokiseline. Njegova predviđena molekulska težina je 95,7 kdal.[12] PROSER1 ima izoelektričnu tački od 9[13], a nalazi se u jedru.[14]
Kompozicija uredi
Sekvenca je bogata prolinom i serinom i nije posebno niska u bilo kojoj drugoj aminokiselini.
Domeni uredi
PROSER1 sadrži jedan domen nepoznate funkcije, DUF 4476, dio pfam14771. DUF se proteže od 26 do 26 121 aminokiseline.[2] Molekulska težina DUF 4476 je 11,1 kdal.
Sekundarna struktura uredi
aPROSER1 se sastoji prvenstveno od alfa-heliks, beta-listova i zavojnica. Protein je u velikoj mjeri umotan. DUF se sastoji uglavnom od alfa-heliksa i zavojnica. Ima nešto manje beta-listova u odnosu na protein u cjelini.[15]
Reference uredi
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "GeneCards". Human Gene Database.
- ^ "BioCompare". BioCompare.
- ^ "Ensembl". Ensembl.
- ^ "GeneCards". Human Gene Database.
- ^ "NCBI Gene". NCBI.
- ^ "NCBI Gene". NCBI.
- ^ "Uniprot". Uniprot.
- ^ "Tissue Atlas". The Human Protein Atlas.
- ^ "Ensembl". Ensembl.
- ^ "Ensembl". Ensembl.
- ^ "Uniprot". Uniprot.
- ^ "Expasy". Expasy.
- ^ "PSORT II Prediction". PSORT II.
- ^ "SDSC Biology Workbench". SDSC.