Polinukleotid-fosforilaza
Polinukleotid-fosforilaza (PNPaza) je dvofunkcijski enzim sa fosforolitskom 3' ka 5' egzoribonukleaznom i 3'-terminalnom oligonukleotidnom polimeraznom aktivnošću.[2] Ona rastavlja RNK lanac, počevši od 3 'kraja prema 5' kraju. Stoga sintetizira duge, visoko heteropolimerne repove in vivo. Ovaj enzim čini u svim posmatranim preostalim poliadenilacijskim sojima Escherichia coli kojima nedostaje normalan poliadenilacijski enzim.[3] Severo Ochoa, otkro je 1951., RNK-polimerizacijsku aktivnost PNPaze i u početku vjerovao da je odgovorna za sintezu iRNK, ovisne o DNK; ovaj pojam je opovrgnut u kasnim 1950-im.[3][4]
| Polinukleotid-fosforilaza | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||
| EC broj | 2.7.7.8 | ||||||||
| CAS broj | 9014-12-4 | ||||||||
| Baze podataka | |||||||||
| IntEnz | IntEnz pregled | ||||||||
| BRENDA | BRENDA unos | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme pregled | ||||||||
| KEGG | KEGG unos | ||||||||
| MetaCyc | metabolički put | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB strukture | RCSB PDB PDBj PDBe PDBsum | ||||||||
| Ontologija gena | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
Polinukleotid-fosforilaza je uključena preradu RNK i degradaciju kod bakterija, biljaka,[3][5] i ljudi.[6]
Kod ljudi, ovaj enzim je kodiran genom PNPT1. U svojom aktivnom obliku, kodirani protein je prstenaste strukture koja sadrtži tri molekule PNPaze. Svaka od njih sastoji se od dva RNaza PH domena, jedan vezan za S1 RNK i K-homologni domen. Protein se nalazi u bakterijama, hloroplastima[2] i mitohondrijama[7] nekih eukariotskih ćelija. Kod eukariota i archaea, postoje structurno i evolucijski srodni kompleksi, zvani egzosomi.[7] Ista skraćenica (PNPaza) također se upotrebljava i za drugi, inače nepovezani enzim, purin-nukleozid fosforilaza.
Modelni organizmi
uredi| Karakteristika | Fenotip |
|---|---|
| Homozigotna viabilnost | Abnormalan |
| Letalne studije recesivnosti | Abnormalan |
| Fertilnost | Normalan |
| Tjelesna težina | Normalan |
| Anksioznost | Normalan |
| Neurološka procjena | Normalan |
| Snaga prihvatanja | Normalan |
| Test vrela ploča | Normalan |
| Dismorfologija | Normalan |
| Indirektna kalorimetrija | Normalan |
| Test tolerancije glukoze | Normalan |
| Slušni odgovor moždanog stabla | Normalan |
| Dvojnoenergetska slika rendgenske apsorptiometrije | Normalan |
| Radiografija | Normalan |
| Tjelesna temperatura | Normalan |
| Morfologija oka | Normalan |
| Klinička hemija | Normalan |
| Imunoglobulini krvne plazme | Normalan |
| Hematologija | Normalan |
| Limfociti periferne krvi | Normalan |
| Mikronukleus test | Normalan |
| Težina srca | Normalan |
| Histopatologija kože | Normalan |
| Histopatologija mozga | Normalan |
| Infekcija bakterijom Salmonella | Normalan[8] |
| Infekcija bakterijom Citrobacter | Normalan[9] |
| Sva ispitivanja i analize iz citiranog izvora:[10][11] |
Modelni organizmi su upotrebljeni u studiji funkcije PNPT1. Uvjetna nokout miš linija, pod nazivom Pnpt1tm1a(KOMP) Wtsi[12][13] was generated as part of the International Knockout Mouse Consortium program — a high-throughput mutagenesis project to generate and distribute animal models of disease to interested scientists.[14][15][16] Muška i ženske životinje prošle su standardizirani fenotipski snimak kako bi se utvrdili efekti delecije brisanja.[10][17]
Obavljeno je 26 testova na mutantima miševa, a uočene su dvije značajne abnormalnosti.[10] Niti jedan homozigotni mutantni embrion nije identificiran tokom trudnoće, a samim tim i nijedan preživjeli do odbijanje. Preostali testovi su izvedeni na heterozigotnim mutantima odraslih miševa; dodatne značajnije abnormalnosti nisu uočene u ovih životinja.[3][10]
| Ljudska PNPaza I | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||
| Simbol | PNPaza | ||||||
| Alt. simboli | PNPaza, OLD35, old-35 | ||||||
| NCBI gen | 87178 | ||||||
| HGNC | 23166 | ||||||
| OMIM | 610316 | ||||||
| PDB | 1E3P | ||||||
| RefSeq | NM_033109 | ||||||
| UniProt | Q8TCS8 | ||||||
| Ostali podaci | |||||||
| EC broj | 2.7.7.8 | ||||||
| Lokus | Hrom. 2 p15 | ||||||
| |||||||
Također pogledajte
urediReference
uredi- ^ Symmons MF, Jones GH, Luisi BF (novembar 2000). "A duplicated fold is the structural basis for polynucleotide phosphorylase catalytic activity, processivity, and regulation". Structure. 8 (11): 1215–26. doi:10.1016/S0969-2126(00)00521-9. PMID 11080643.
- ^ a b Yehudai-Resheff S, Hirsh M, Schuster G (august 2001). "Polynucleotide phosphorylase functions as both an exonuclease and a poly(A) polymerase in spinach chloroplasts". Mol. Cell. Biol. 21 (16): 5408–16. doi:10.1128/MCB.21.16.5408-5416.2001. PMC 87263. PMID 11463823.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
- ^ a b c d Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Eds. (2005). Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB) Sarajevo. ISBN 9958-9344-1-8.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
- ^ http://www.jbc.org/content/281/15/e12.full.pdf
- ^ Yehudai-Resheff S, Zimmer SL, Komine Y, Stern DB (mart 2007). "Integration of chloroplast nucleic acid metabolism into the phosphate deprivation response in Chlamydomonas reinhardtii". Plant Cell. 19 (3): 1023–38. doi:10.1105/tpc.106.045427. PMC 1867357. PMID 17351118.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
- ^ Sarkar D, Fisher PB (maj 2006). "Human polynucleotide phosphorylase (hPNPase old-35): an RNA degradation enzyme with pleiotrophic biological effects" (PDF). Cell Cycle. 5 (10): 1080–4. doi:10.4161/cc.5.10.2741. PMID 16687933.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
- ^ a b Schilders G, van Dijk E, Raijmakers R, Pruijn GJ (2006). "Cell and molecular biology of the exosome: how to make or break an RNA". Int. Rev. Cytol. 251: 159–208. doi:10.1016/S0074-7696(06)51005-8. PMID 16939780.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
- ^ "Salmonella infection data for Pnpt1". Wellcome Trust Sanger Institute.
- ^ "Citrobacter infection data for Pnpt1". Wellcome Trust Sanger Institute.
- ^ a b c d Gerdin AK (2010). "The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x.
- ^ Mouse Resources Portal, Wellcome Trust Sanger Institute.
- ^ "International Knockout Mouse Consortium". Arhivirano s originala, 29. 5. 2012. Pristupljeno 25. 9. 2016.
- ^ "Mouse Genome Informatics".
- ^ Skarnes WC, Rosen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell W, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A (juni 2011). "A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function". Nature. 474 (7351): 337–42. doi:10.1038/nature10163. PMC 3572410. PMID 21677750.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
- ^ Dolgin E (2011). "Mouse library set to be knockout". Nature. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038/474262a. PMID 21677718.
- ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (2007). "A Mouse for All Reasons". Cell. 128 (1): 9–13. doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. PMID 17218247.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
- ^ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (2011). "The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism". Genome Biol. 12 (6): 224. doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. PMC 3218837. PMID 21722353.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
Vanjski linkovi
uredi- Polynucleotide Phosphorylase na US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
