Rtf1, kompleksna komponenta Paf1/RNK-polimeraze II, homolog (S. cerevisiae) je protein lkoji je kod ljudi kodiran genom RTF1.[1]

RTF1
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jeviGeneCards: [1]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

n/a

n/a

RefSeq (bjelančevina)

n/a

n/a

Lokacija (UCSC)n/an/a
PubMed pretragan/an/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Sekvenciranjem klonova dobivenih iz biblioteke cDNK nezrelih mijeloidnih ćelija frakcionirane veličine, Nagase et al. (1996) klonirali RTF1, koji su označili KIAA0252. Northern blot analizom otkrivena je visoka ekspresija u skeletnim mišićima i umjerena ekspresija u svim ostalim ispitivanim tkivima i ćelijskim linijama.Pretragom baza podataka za homologe kvasca Rtf1, Warner et al. (2007) identificirali su ljudski RTF1. Izvedeni protein sadrži 585 aminokiselina. Dvije skupine aminokiselina, uključujući 26 invarijantnih ostataka, visoko su konzervirane u ljudskom, kvaščevom i nematodnom RTF1.

Warner et al. (2007) pokazali su da je kvaščeva Rtf1 komponenta kompleksa Paf1, koji regulira ekspresiju gena usmjeravanjem kotranskripcijske modifikacije histona. Hibridnom analizom zračenja, Nagase et al. (1996) mapirali su gen RTF1 na hromosomu 15.[2][3]

Ovaj lokus može predstavljati gen koji je uključen u regulaciju produženja transkripcije i preoblikovanje hromatina, na osnovu studija sličnih proteina u drugim organizmima. Kodirani protein može vezati jednolančanu DNK.[1]

Model organisms

uredi
Fenotip nokaut-miša Rtf1
Svojstvo Fenotip
Vijabilnost homozigota Nenormalno
Studija recesivne letalnosti Nenormalno
Plodnost Normalno
Tjelesna težina Normalno
Test otvorenog polja: anksioznost Normalno
Neurološka procjena Normalno
Snaga stiska Normalno
Test vruće ploče Normalno
Dismorfologija Normalno
Indirektna kalorimetrija Normalno
Test tolerancije glukoze Normalno
Slušni odgovor moždanog stabla Normalno
DEXA Normalno
Radiografija Nenormalno
Tjelesna temperatura Normalno
Morfologija ika Normalno
Klinička hemija (nalaz) Normalno
Plazmatski imunoglobulini Normalno
Hematologija Normalno
Leukociti periferne krvi Normalno
Mikronukleus test Normalno
Težina srca Normalno
Histopatologija oka Normalno
Salmonella infekcija Normal[4]
Citrobacter infekcija Normal[5]
Svi testovi i analize su iz [6][7]

U proučavanju PNPO funkcije, korišteni su modelni organizmi. Uvjetna linija nokaut-miševa, zvana Rtf1[8][9] generirana je kao dio programa Međunarosnog konzorcija za miševe – visokopropusnog projekta mutageneze za generiranje i distribuciju životinjskih modela bolesti zainteresiranim naučnicima.[10][11][12]

Muške i ženske životinje prolazile su standardizirani fenotipski skrining, kako bi se utvrdili efekti delecije.[6][13] Od 24 izvedena testa ina mutantnim miševima, uočene su dvije značajne abnormalnosti.[6] Tokom gestacije, utvrđens su tri značajne abnormalnosti kod ovih životinja.[6] Nijedan homozigotni mutantni embrion nije identifikovan tokom gestacije, pa stoga nijedan nije doživio do odvikavanja. Preostali testovi su izvedeni na heterozigotnim mutiranim odraslim miševima; fuzija kičmenih pršljenova uočena je kod muških životinja.[6]

Reference

uredi
  1. ^ a b "Entrez Gene: Rtf1, Paf1/RNA polymerase II complex component, homolog (S. cerevisiae)". Pristupljeno 20. 9. 2011.
  2. ^ Nagase, T., Seki, N., Ishikawa, K., Ohira, M., Kawarabayasi, Y., Ohara, O., Tanaka, A., Kotani, H., Miyajima, N., Nomura, N. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. VI. The coding sequences of 80 new genes (KIAA0201-KIAA0280) deduced by analysis of cDNA clones from cell line KG-1 and brain. DNA Res. 3: 321-329, 1996. PubMed: 9039502
  3. ^ Warner, M. H., Roinick, K. L., Arndt, K. M. Rtf1 is a multifunctional component of the Paf1 complex that regulates gene expression by directing cotranscriptional histone modification. Molec. Cell. Biol. 27: 6103-6115, 2007. PubMed: 17576814
  4. ^ "Salmonella infection data for Pnpo". Wellcome Trust Sanger Institute.
  5. ^ "Citrobacter infection data for Pnpo". Wellcome Trust Sanger Institute.
  6. ^ a b c d e Gerdin AK (2010). "The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice". Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
  7. ^ Mouse Resources Portal, Wellcome Trust Sanger Institute.
  8. ^ "International Knockout Mouse Consortium". Arhivirano s originala, 3. 4. 2012. Pristupljeno 18. 7. 2021.
  9. ^ "Mouse Genome Informatics".
  10. ^ Skarnes, W. C.; Rosen, B.; West, A. P.; Koutsourakis, M.; Bushell, W.; Iyer, V.; Mujica, A. O.; Thomas, M.; Harrow, J.; Cox, T.; Jackson, D.; Severin, J.; Biggs, P.; Fu, J.; Nefedov, M.; De Jong, P. J.; Stewart, A. F.; Bradley, A. (2011). "A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function". Nature. 474 (7351): 337–342. doi:10.1038/nature10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
  11. ^ Dolgin E (2011). "Mouse library set to be knockout". Nature. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038/474262a. PMID 21677718.
  12. ^ Collins FS, Rossant J, Wurst W (2007). "A Mouse for All Reasons". Cell. 128 (1): 9–13. doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
  13. ^ van der Weyden L, White JK, Adams DJ, Logan DW (2011). "The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism". Genome Biol. 12 (6): 224. doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. PMC 3218837. PMID 21722353.

Dopunska literatura

uredi