Pribnowljeva kutija

Pribnowljeva kutija (također poznata kao Pribnow-Schallerova kutija) je sekvenca TATAAT od šest nukleotida (timin, adenin, timin, itd.) koji je bitan dio promotor mjesta na DNK za transkripciju u bakterija.^[1]^[2] To je idealizirana ili konsenzusna sekvenca—to jest, pokazuje bazu koja se najčešće pojavljuje na svakoj poziciji u mnogim analiziranim promotorima; pojedinačni promotori često se razlikuju od konsenzusnih na jednoj ili više pozicija. Također se obično naziva –10 sekvenca, jer je centrirana otprilike deset parova baza uzvodno od mjesta inicijacije transkripcije.

Pribnowljeva kutija ima funkciju sličnu Tata-kutiji koja se javlja u promotorima kod eukariota i Archaea: prepoznaje se i vezuje podjedinicom RNK-polimeraza tokom inicijacije transkripcije.^[3] Ova regija DNK je također prvo mesto gde se parovi baza razdvajaju tokom prokariotske transkripcije, kako bi se omogućio pristup lancu šablona. Bogatstvo parom A–T je važno kako bi se omogućilo ovo razdvajanje, budući da se adenin i timin lakše rastavljaju (ne samo zbog manjeg broja vodikovih veza, već i zbog slabijeg efekta baznog slaganja).^[4]

Imenovana je po Davidu Pribnowu i Heinzu Schalleru.^[1]^[2]

Vjerovatnoća pojave svakog nukleotida u E. coli

Prema Harley et al.:^[5]
T	A	T	A	A	T
82%	89%	52%	59%	49%	89%

Također pogledajte

TATA kutija

Reference

^ ^a ^b Pribnow, David (March 1975). "Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site at an early T7 promoter". PNAS. 72 (3): 784–788. Bibcode:1975PNAS...72..784P. doi:10.1073/pnas.72.3.784. ISSN 1091-6490. PMC 432404. PMID 1093168.
^ ^a ^b Schaller, Heinz; Gray, Christopher; Herrman, Karin (February 1975). "Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site from the DNA of Bacteriophage fd". Proceedings of the National Academy of Sciences. 72 (2): 737–741. Bibcode:1975PNAS...72..737S. doi:10.1073/pnas.72.2.737. ISSN 1091-6490. PMC 432391. PMID 1054851.
^ Feklistov, Andrey; Darst, Seth (2011). "Structural Basis for Promoter −10 Element Recognition by the Bacterial RNA Polymerase σ Subunit". Cell. 147 (6): 1257–69. doi:10.1016/j.cell.2011.10.041. PMC 3245737. PMID 22136875.
^ Yakovchuk, Peter; Protozanova, Ekaterina; Frank-Kamenetskii, Maxim D. (January 2006). "Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix". Nucleic Acids Research. 34 (2): 564–574. doi:10.1093/nar/gkj454. ISSN 0305-1048. PMC 1360284. PMID 16449200.
^ Harley, Calvin B.; Reynolds, Robert P. (March 1987). "Analysis of E. coli promoter sequences" (PDF, 0.9 MB). Nucleic Acids Research. 15 (5): 2343–2361. doi:10.1093/nar/15.5.2343. ISSN 0305-1048. PMC 340638. PMID 3550697.

Vanjski linkovi

[Pribnow1975-1] Pribnow, David (March 1975). "Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site at an early T7 promoter". PNAS. 72 (3): 784–788. Bibcode:1975PNAS...72..784P. doi:10.1073/pnas.72.3.784. ISSN 1091-6490. PMC 432404. PMID 1093168.

[Schaller1975-2] Schaller, Heinz; Gray, Christopher; Herrman, Karin (February 1975). "Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site from the DNA of Bacteriophage fd". Proceedings of the National Academy of Sciences. 72 (2): 737–741. Bibcode:1975PNAS...72..737S. doi:10.1073/pnas.72.2.737. ISSN 1091-6490. PMC 432391. PMID 1054851.

[3] Feklistov, Andrey; Darst, Seth (2011). "Structural Basis for Promoter −10 Element Recognition by the Bacterial RNA Polymerase σ Subunit". Cell. 147 (6): 1257–69. doi:10.1016/j.cell.2011.10.041. PMC 3245737. PMID 22136875.

[Yakovchuk2006-4] Yakovchuk, Peter; Protozanova, Ekaterina; Frank-Kamenetskii, Maxim D. (January 2006). "Base-stacking and base-pairing contributions into thermal stability of the DNA double helix". Nucleic Acids Research. 34 (2): 564–574. doi:10.1093/nar/gkj454. ISSN 0305-1048. PMC 1360284. PMID 16449200.

[5] Harley, Calvin B.; Reynolds, Robert P. (March 1987). "Analysis of E. coli promoter sequences" (PDF, 0.9 MB). Nucleic Acids Research. 15 (5): 2343–2361. doi:10.1093/nar/15.5.2343. ISSN 0305-1048. PMC 340638. PMID 3550697.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]