GAS5
Protein 5 specifičnog zastoja rasta kontrolira dugolančana nekodirajuća RNK koja je kod ljudi kodirana genom GAS5 sa hromosoma 1.[3][4]
| GAS5 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | GAS5 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 608280 GeneCards: GAS5 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez |
| ||||||||||||||||||||||||
| Ensembl |
| ||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) |
|
| |||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
|
| |||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 1: 173.86 – 173.87 Mb | n/a | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [2] | n/a | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
GAS5 nekodirajuća RNK, koja se acumulira i ćelijama sa zastojem rasta djeluje na element hormonskog odgovora za glukokortikoidni receptor (GR) i tako blokira nadregulciju ekspresije gena aktiviranog GR.[5][6]
Brojne studije povezuju GAS5 sa apoptozama i može imati ulogu u napredovanju nekih tipova raka.[7][8][9]
GAS5 introni sadrže nekoliko snoRNK sekvenci, uključujući SNORD81, SNORD47, SNORD80, SNORD79, SNORD78, SNORD44, SNORD78, SNORD44, SNORD78, SNORD44, SNORD 7, SNORD76, SNORD75|SNORD75 i SNORD74.[4][10][11][12] Ove intronske sekvence su konzerviranije od egzona gena domaćina, a ti tipovi gena često nazivaju se "geni iznutra prema van".[13]
Nedavno je otkriveno da nonsens posredovana degradacija može regulirati funkciju GAS5 u čelijama sisara.[14]
Sadržaj gena u genomu sisara je tema od velikog interesa. Dok su nacrt sekvence sada dostupne za genome čovjeka, miša (www.ensembl.org/Mus_musculus) i pacova (http://hgsc.bcm.tmc.edu/projects/rat Arhivirano 29. 12. 2008. na Wayback Machine), izazov ostaje da ispravno identifikuju sve kodirajuće gene. Poteškoće u dešifriranju strukture gena sisara nastaju zbog nekoliko faktora, uključujući velike količine intervenirajuće (nekodirajuće) sekvence, nesavršenost algoritama za predviđanje gena (3) i nepotpunost resursa sekvence cDNK, od kojih se mnogi sastoje od gena, promjenjive dužine i kvaliteta. Sekvence cDNK pune dužine su izuzetno korisne za određivanje genomske strukture gena, posebno kada se analiziraju u kontekstu genomske sekvence. Kako bi olakšali napore u identifikaciji gena i da bi katalizirali eksperimentalno istraživanje, Nacionalni institut za zdravlje (NIH) pokrenuo je program za prikupljanje gena sisara (MGC) (4) s ciljem pružanja slobodno dostupnih, visokokvalitetnih sekvenci za validiranu, kompletnu ORF cDNK klonovi. U ovom članku opisujemo naš napredak prema cilju identificiranja i preciznog sekvenciranja najmanje jednog potpunog klona cDNK koji sadrži ORF za svaki ljudski i mišji gen, kao i da se ovi potpuno sekvencionirani klonove učine dostupnim bez ograničenja.[15]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000234741 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: growth arrest-specific 5 (non-protein coding)".
- ^ a b Smith, C. M.; Steitz, J. A. (decembar 1998). "Classification of gas5 as a multi-small-nucleolar-RNA (snoRNA) host gene and a member of the 5'-terminal oligopyrimidine gene family reveals common features of snoRNA host genes". Molecular and Cellular Biology. 18 (12): 6897–6909. doi:10.1128/mcb.18.12.6897. PMC 109273. PMID 9819378.
- ^ Kino T, Hurt DE, Ichijo T, Nader N, Chrousos GP (2010). "Noncoding RNA Gas5 Is a Growth Arrest and Starvation-Associated Repressor of the Glucocorticoid Receptor". Sci Signal. 3 (107): ra8. doi:10.1126/scisignal.2000568. PMC 2819218. PMID 20124551.
- ^ Garabedian MJ, Logan SK (2010). "Glucocorticoid receptor DNA binding decoy is a gas". Sci Signal. 3 (108): pe5. doi:10.1126/scisignal.3108pe5. PMID 20145207. S2CID 21089519.
- ^ Mourtada-Maarabouni M, Pickard MR, Hedge VL, Farzaneh F, Williams GT (2009). "GAS5, a non-protein-coding RNA, controls apoptosis and is downregulated in breast cancer". Oncogene. 28 (2): 195–208. doi:10.1038/onc.2008.373. PMID 18836484.
- ^ Nakamura Y, Takahashi N, Kakegawa E, Yoshida K, Ito Y, Kayano H, Niitsu N, Jinnai I, Bessho M (2008). "The GAS5 (growth arrest-specific transcript 5) gene fuses to BCL6 as a result of t(1;3)(q25;q27) in a patient with B-cell lymphoma". Cancer Genet Cytogenet. 182 (2): 144–9. doi:10.1016/j.cancergencyto.2008.01.013. PMID 18406879.
- ^ Mourtada-Maarabouni M, Hedge VL, Kirkham L, Farzaneh F, Williams GT (2008). "Growth arrest in human T-cells is controlled by the non-coding RNA growth-arrest-specific transcript 5 (GAS5)". J Cell Sci. 121 (Pt 7): 939–46. doi:10.1242/jcs.024646. PMID 18354083.
- ^ Tanaka R, Satoh H, Moriyama M, Satoh K, Morishita Y, Yoshida S, Watanabe T, Nakamura Y, Mori S (2000). "Intronic U50 small-nucleolar-RNA (snoRNA) host gene of no protein-coding potential is mapped at the chromosome breakpoint t(3;6)(q27;q15) of human B-cell lymphoma". Genes Cells. 5 (4): 277–87. doi:10.1046/j.1365-2443.2000.00325.x. PMID 10792466.
- ^ Raho G, Barone V, Rossi D, Philipson L, Sorrentino V (2000). "The gas 5 gene shows four alternative splicing patterns without coding for a protein". Gene. 256 (1–2): 13–7. doi:10.1016/S0378-1119(00)00363-2. PMID 11054530.
- ^ Hirose T, Steitz JA (2001). "Position within the host intron is critical for efficient processing of box C/D snoRNAs in mammalian cells". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (23): 12914–9. Bibcode:2001PNAS...9812914H. doi:10.1073/pnas.231490998. PMC 60799. PMID 11606788.
- ^ Eddy SR (1999). "Noncoding RNA genes". Current Opinion in Genetics & Development. 9 (6): 695–9. doi:10.1016/S0959-437X(99)00022-2. PMID 10607607.
- ^ Tani H, Torimura M, Akimitsu N (2013). "The RNA degradation pathway regulates the function of GAS5 a non-coding RNA in mammalian cells". PLOS ONE. 8 (1): e556884. Bibcode:2013PLoSO...855684T. doi:10.1371/journal.pone.0055684. PMC 3559549. PMID 23383264.
- ^ Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Dopunska literatura
uredi- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.