Fiksacijski indeks

Fiksacijski indeks (ST) jest mjera populacijske diferencijacije zbog njene genetičke strukture. Obično se procjenjuje na osnovu podataka o genetičkom polimorfizmu, kao što su jednonukleotidni polimorfizam (SNP) ili mikrosateliti. Kao poseban oblik Wrightove -statistike, to je jedna od najčešće korištenih statistika u populacijskoj genetici.[1]

Definicija

uredi

Dvije uobičajene definicije za  ST na datom lokusu zasnivaju se na varijansi alelnih frekvencija između populacija i vjerovatnoći njihovog identiteta preko predaka. Ako je   je frekvencija alela u ukupnoj populaciji,   je varijansa frekvencije alela među različitim subpopulacijama, mjerena njihovom veličinom, a   je varijansa alelnog stanja u ukupnoj populaciji,  ST je definiran kao:[2]

 

Ova definicija, po Wrightovom FST mjeri iznos genetičke varijanse kojim se može objasniti struktura populacije. Također se može smatrati i dijelom ukupne različitosti koja nije posljedica prosječne različitosti unutar subpopulacija, Tu se različitost mjeri vjerojatnošću da su dva nasumično odabrana alela različita. Može se također uzeti da je

 .
Ako frekvencija alela u  toj populaciji iznosi   , a relativna veličina  te populacije je  , tada

 

Alternativno,[3]

 ,

gdje   je vjerovatnoća identiteta pretka dvije individue data tako da su one u istoj subpopulaciji, a   je vjerovatnoća da su dvije individue iz ukupne populacije identične po porijeklu. Upotreba ove definicije, FST može se interpretirati koliko su bliske dvije individue iste subpopulacijebliskear, u poređenju sa ukupnom populacijom. Ako je stopa mutacija niska, ova interpretacija može naći eksplicitnije veze vjerovatnoće identiteta porijekla koalescentnog vremenskog puta: ako T0 i T označavaju prosječno vrijeme koalescencije individua iz iste subpopulacije i ukpne populacije. Tada je

 

Ova formulacija se odnosi na prosjek koji se očekuje procjenom genetičkih podataka, a vodi ka razvoju različitih obrazaca procjene  ST.

Procjene

uredi

U praksi, ni jedak kvantitet upotrebljen za definicije može se lako proračunati. Posljedica je da različiti estimatori predlažu i različite procjene. Primjer je procjena koja je primjenljiva na podatke o DNK sekvencama:

 ,

gdje   and   predstavlja prosjek broja razlika u uparivanju dvije individue iz različitih subpopulacija ( ) ili iz iste ( ) subpopulacije. Prosjek parnih razlika među populacijama može se izračunati kao suma međuparnih razlika podijeljenih brojem parova. Međutim, ova procjena  ST je pristrasna kada je veličina uzorka mala ili varira među proučavanim populacijama. Stoga se za izračunavanje  ST u praksi primijenjuju složenije metode. Dvije od najrasprostranjenijih procedura su pokazatelji prema Weiru i Cockerhamu (1984. -)[4], prilagođena za analizu molekulske genetičke raznolikosti.

Interpretacija

uredi

Ovo poređenje genetičke varijabilnosti unutar i između populacija se često koristi u primijenjenoj populacijskoj genetici. Vrijednosti se kreću od 0 do 1, pri čemu nulta vrijednost podrazumijeva potpunu panmiksiju, što znači da se jedinke dvije posmatrane populacije slobodno pare. Vrijednost 1 podrazumijeva da se sve genetičke varijacije objašnjavaju strukturom populacije, a da dvije poređene populacije se međusobno genetički ne raznolikuju. Za idealizirane modele poput Wrightovog, tj. model otoka otoka,  ST može se koristiti za procjenu stope migracija. Prema tom modelu, ta stopa je:

 .

Interpretacija  ST može biti teško kada su analizirani podaci visoko polimorfni. U ovom slučaju, vjerojatnost identiteta porijekla je vrlo niska i  ST može imati proizvoljno nisku gornju granicu, što bi moglo dovesti do pogrešnog tumačenja podataka. Također, strogo govoreći  ST nije genetička udaljenost, jer ne zadovoljava „trokut nejednakosti“. Kao posljedica toga, i dalje se razvijaju novi obrasci za mjerenje genetičke diferencijacije.

FST u ljudskim populacijama

uredi

Mešunarodni HapMap projekat International HapMap Project, za grananje populacijskog stabla po  ST procjenjuje primjenom SNP podataka. Preko autosoma,  ST je procijenjen na 0,12. Značaj ove  ST vrijednosti kod ljudi je još sporan. Kao što  ST nula znači da nema divergencije između populacija,  STje jedan od indikakora stanja kompletne izolacije populacija.

Antropolozi često citiraju rad Richarda Lewontina iz 1972. koji je došao do sličnih vrijednosti i tumače ovaj iznos kao male biološke razlike između ljudskih rasa.[1][5] S druge strane, Harpending je tvrdio da ova vrijednost  ST = 0,12, na svjetskoj razini, podrazumijeva da je

"srodnost između dvije osobe iste ljudske populacije ekvivalent srodstvu između djeda i bake prema unucima ili između pola braće i sestara".

[6]

Autosomna genetička distanca na bazi SNP

uredi
Interkontinentalna autosomna genetička distanca na bazi SNP markera
[7]
Evropa (CEU) Subsaharska Afrika (Yoruba) Istočna Azija (Japanci)
Subsaharska Afrika (Yoruba) 0,153
Istočna Azija (Japanci) 0,111 0,190
Istočna Azija (Kinezi) 0,110 0,192 0,007
Intraevropko/mediteranske autosomne genetičke distance na bazi SNP markera
[7][8]
Italijani Palestinci Šveđani Finci Španci Nijemci Rusi Francuzi Grci
Palestinci 0,0064
Šveđani 0,0064-0,0090 0,0191
Finci 0,0130-0,0230 0,0050-0,0110
Španci 0,0010-0,0050 0,0101 0,0040-0,0055 0,0110-0,0170
Nijemci 0,0029-0,0080 0,0136 0,0007-0,0010 0,0060-0,0130 0,0015-0,0030
Rusi 0,0088-0,0120 0,0202 0,0030-0,0036 0,0060-0,0120 0,0070-0,0079 0,0030-0,0037
Francuzi 0,0030-0,0050 0,0020 0,0080-0,0150 0,0010 0,0010 0,0050
Grci 0,0000 0,0057 0,0084 0,0035 0,0039 0,0108

Programi procjene FST

uredi

Moduli ca izračunavanje FST

uredi

Reference

uredi
  1. ^ a b Hadžiselimović R. (2005): Bioantropologija – Biodiverzitet recentnog čovjeka. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-2-6.
  2. ^ Holsinger, Kent E.; Bruce S. Weir (2009). "Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting FST". Nat Rev Genet. 10 (9): 639–650. ISSN 1471-0056. PMID 19687804.
  3. ^ Durrett R. (2012): Probability models for DNA sequence volution|url=http://books.google.com/books?id=o4_bMHy7jFoC, 2008, Springer Verlag, Berlin, ISBN 978-0-387-78168-6.
  4. ^ Weir, B. S.; Cockerham, C. Clark (1984). "Estimating F-Statistics for the Analysis of Population Structure". Evolution. 38 (6): 1358. doi:10.2307/2408641. ISSN 0014-3820.
  5. ^ Lewontin, Richard C. (1972). "The apportionment of human diversity". Evolutionary biology. 6 (38): 381–398. doi:10.1007/978-1-4684-9063-3_14. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link)
  6. ^ Harpending, Henry (1. 11. 2002). "Kinship and Population Subdivision" (PDF). Population & Environment. 24 (2): 141–147. doi:10.1023/A:1020815420693. JSTOR 27503827.
  7. ^ a b Nelis, Mari; et al. (8. 5. 2009). Fleischer, Robert C. (ured.). "Genetic structure of Europeans: A view from the North–East". PLoS ONE. 4 (5): e5472. Bibcode:2009PLoSO...4.5472N. doi:10.1371/journal.pone.0005472. PMC 2675054. PMID 19424496. Eksplicitna upotreba et al. u: |author2= (pomoć), see table Arhivirano 11. 5. 2011. na Wayback Machine
  8. ^ Tian, Chao; et al. (November 2009). "European Population Genetic Substructure: Further Definition of Ancestry Informative Markers for Distinguishing among Diverse European Ethnic Groups". Molecular Medicine. 15 (11–12): 371–383. doi:10.2119/molmed.2009.00094. ISSN 1076-1551. PMC 2730349. PMID 19707526. Eksplicitna upotreba et al. u: |author2= (pomoć), see table
  9. ^ doi:10.1111/j.1755-0998.2009.02801.x

Također pogledajte

uredi

Vanjski linkovi

uredi