Pseudouridin
Pseudouridin (skraćenica psi- Ψ) je izomer nukleozida uridina u kojem je uracil vezan preko veze ugljik-ugljik, a umjesto veze dušik-ugljik ima glikozidnu vezu. To je najčešći od preko stotinu različito izmijenjenih nukleozida koji se mogu naći u RNK.[1] Ψ se nalazi u svim vrstama i u mnogim klasama RNK.[2][3][4][5]
| Pseudouridin | |
|---|---|
 | |
| Općenito | |
| Hemijski spoj | Pseudouridin |
| Druga imena | psi-Uridin, 5-riboziluracil, beta-D-pseudouridin, 5-(beta-D-ribofuranozil)uracil IUPAC ime: 5-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-Dihidroksi-5-(hidroksimetil)-oxolan-2-il]-1H-pirimidin-2,4-dion |
| Molekularna formula | C9H12N2O6 |
| CAS registarski broj | 1445-07-4 |
| SMILES | O=C1N\C=C(/C(=O)N1)[C@@H]2O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]2O |
| InChI | 1/C9H12N2O6/c12-2-4-5(13)6(14)7(17-4)3-1-10-9(16)11-8(3)15/h1,4-7,12-14H,2H2,(H2,10,11,15,16)/t4-,5-,6-,7+/m1/s1 |
| Kratki opis | Bijeli zrnasti prah |
| Osobine1 | |
| Molarna masa | 244,20 g/mol |
| Agregatno stanje | Čvrsto |
| Rastvorljivost | Visoko rastvorljiv u vodi |
| Dipolni moment | PubChem: 15047 |
| 1 Gdje god je moguće korištene su SI jedinice. Ako nije drugačije naznačeno, dati podaci vrijede pri standardnim uslovima. | |
Pseudouridin formira se pomoću enzima zvanih Ψ sintaze, koji postranslacijski izomeriziraju specifične ostatke uridina u RNK, u procesu označenom kao pseudouridilacija.[6] Kod sisara i kvasaca identifikovano je oko ~ 9.500 modifikacija pseudouridina (Ψ) i deponovano u RMB-bazi podataka.[7]
Pseudouridin se biosintetizira iz uridina, pomoću Ψ-sintaza.
Pseuidouridin se nalazi obično u tRNK, u vezi sa timinom i citozinom, u TΨC kraku i jedan je od nevarijantnih regiona tRNK.[8][9] Uloga mu nije baš jasna, ali se smatra da bi mogao imati ulogu u saradnji sa aminoacil-transferazom tokom zajedničkog međudejstva s tRNA, a samim tim i u pokretanju translacije. Nedavne studije pokazuju da može pružati zaštitu od zračenja.[10]
tRNKAla iz S. cerevisiae.
Pseudouridin = Ψ
Također pogledajte
urediReference
uredi- ^ Hamma T, Ferré-D'Amaré AR (2006). "Pseudouridine synthases". Chem. Biol. 13 (11): 1125–1135. doi:10.1016/j.chembiol.2006.09.009. PMID 17113994.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
- ^ Charette M, Gray MW (2000). "Pseudouridine in RNA: what, where, how, and why". IUBMB Life. 49 (5): 341–351. doi:10.1080/152165400410182. PMID 10902565.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
- ^ Liang XH, Xu YX, MIchaeli S (2002). "The spliced leader-associated RNA is a trypanosome-specific sn(o) RNA that has the potential to guide pseudouridine formation on the SL RNA". RNA. 8 (2): 237–246. doi:10.1017/S1355838202018290. PMC 1370245. PMID 11911368.CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
- ^ Carlile, Thomas (5. 9. 2014). "Pseudouridine profiling reveals regulated mRNA pseudouridylation in yeast and human cells". Nature. 515: 143–6. doi:10.1038/nature13802. PMC 4224642. PMID 25192136.
- ^ Schwartz, Schraga (11. 9. 2014). "Transcriptome-wide Mapping Reveals Widespread Dynamic-Regulated Pseudouridylation of ncRNA and mRNA". Cell. 159: 148–62. doi:10.1016/j.cell.2014.08.028. PMID 25219674.
- ^ Ferré-D'Amaré AR (2003). "RNA-modifying enzymes". Curr. Opin. Struct. Biol. 13 (1): 49–55. doi:10.1016/S0959-440X(02)00002-7. PMID 12581659.
- ^ Sun, WJ; Li, JH; Liu, S; Wu, J; Zhou, H; Qu, LH; Yang, JH (4. 1. 2016). "RMBase: a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high-throughput sequencing data". Nucleic acids research. 44 (D1): D259-65. PMID 26464443.
- ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Eds. (2005). Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB) Sarajevo. ISBN 9958-9344-1-8.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
- ^ Alberts B.; et al. (2002). Molecular Biology of the Cell, 4th Ed. Garland Science. ISBN 0-8153-4072-9. Eksplicitna upotreba et al. u:
|author=(pomoć) - ^ Monobe, Manami; Arimoto-Kobayashi, Sakae; Ando, Koichi (2003). "β-Pseudouridine, a beer component, reduces radiation-induced chromosome aberrations in human lymphocytes". Mutation research. Genetic toxicology and environmental mutagenesis. 538 (1–2): 93–99. doi:10.1016/S1383-5718(03)00094-9. PMID 12834758. Arhivirano s originala, 15. 9. 2009. Pristupljeno 25. 1. 2017.