C-vrijednost
C-vrednost je marker jednostruke količine DNK u haploidnom jedru (npr. gametu) ili dvostruke količine u diploidnoj somatskoj ćelijieukariotskih organizama. Izražava se u pikogramima (1 pg = e−12 μg). Ponekad se termini C-vrednost i veličina genoma koriste alternativno, iako kod poliploida C-vrednost predstavlja dva genoma, sadržana unutar istog nukleusa.[1] [2]
Procjena C-vrednosti
uredi| Nukleotid | Hemijska formula | Relativna molekulska težina |
|---|---|---|
| 2′-dezoksiadenozin 5′-monofosfat | C10H14N5O6P | 331,2213 |
| 2′-dezoksitimidin 5′-monofosfat | C10H15N2O8P | 322,2079 |
| 2′-dezoksiguanozin 5′-monofosfat | C10H14N5O7P | 347,2207 |
| 2′-dezoksicitidin 5′-monofosfat | C9H14N3O7P | 307,1966 |
Koristeći podatke iz priložene tabele o relativnoj težine nukleotidnih parova, C-vrijednosti ee mogu izračunati prema: A-T = 615,383 i G-C = 616,3711, imajući u vidu da obrazovanje jedne fosfodiesterske veze uzrokuje gubitak jedne H2O molekule. Nukleotidni fosfati u lancu DNK su kiseli tako da je u fiziološkim uvjetima pH vrednosti, H+ ion disociran. Budući da je odnos A-T i G-C parova 1:1, prosječna relativna težina nukleotidnog para je 615,8771.
Relativna molekulska težina se može pretvoriti u apsolutne vrijednosti množenjem jedinicom atomske mase (1 μ), koja je 1/12 mase 12C, tj. 1,660539 × 10−27 kg. Konsekventno tome, prosečna težina nukleotidnog para je 1,023 × 10−9 pg, a 1 pg DNK predstavlja 0,978 × 109 baznog para.
Formule za konverziju broja nukleotidnih parova (ili baznih parova) u pikograme DNK i obrnurto su:
C-vrijednosti čovjeka
urediVeličina genoma čovjeka varira; međutim današnje procjene jedarne haploidne veličine zasnivaju se na sekvenciranju Human Genom Project[4] po kojem genom čovjeka sadrži 3,031.042.417 bp u X gametu i 2,932.228.937 bp u Y gametu. (Veličina genoma X gameta je veća jer je X hromosom veći od Y. Zbirno, veličina XX ženskog diploidnog genoma je veća od muškog XY.)
Sadržaj G-C para kod čovjeka je 41%, tako da je haploidni sadržaj G-C para 40,97460% za X gamete, 41,01724% za Y.
Sumirajući ove brojeve, dolazi se d podataka iz priložene tabele.
Veličina ljudskog genoma
| Ćelija | Opis hromosoma | Tip | Ploidija | Bazni parovi (bp) | Sadržaj G-C(%) | Gustina (Mb/pg) | Masa (pg) | C-vrijednost |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Gameti | 23 heterologna hromosoma | X Gamet | Haploid | 3,031.042.417 | 40,97460% | 977,9571 | 3.099361 | 3.099361 |
| Spermatozoid | 23 heterologna hromosoma | Y Gamet | Haploid | 2,932,228,937 | 41,01724% | 977,9564 | 2,998323 | 2,998323 |
| Zigot | Svaki sadrži po 46 hromosoma: dvije homologne grupe po 23 heterologna hromosoma | XX Žene | Diploid | 6,062,084,834 | 40,97460% | 977,9571 | 6,198723 | 3, 099361 |
| Zigot | Svaki sadrži po 46 hromosoma: dvije homologne grupe po 22 heterologna hromosoma plus dva heterologna hromosoma | XY Muškarac | Uglavnom Diploid | 5,963,271,354 | 40.99557% | 977,9567 | 6,097684 | 3,157877 |
Napomena: C-vrijednost muškarca je prikazana računajući 24 heterologna hromosoma.
C-vrijednosti u ćelijskim diobama
uredi- Gametogonijske ćelije. 2C
- Zigoten - metafaza I: 4C
- Anafaza I - Metafaza II: 2C
- Anafaza II - Gameti: 1C
- Zigot: 2C
Reference
uredi- ^ Rieger R. Michaelis A., Green M. M. (1976): Glossary of genetics and cytogenetics: Classical and molecular. Springer-Verlag, Heidelberg - New York, ISBN 3-540-07668-9; ISBN 0-387-07668-9.
- ^ Griffiths, A. J. F. (1999). An Introduction to genetic analysis. W. H. Freeman, San Francisco, ISBN 0-7167-3520-2.
- ^ Doležel J., Bartoš J. ,Voglmayr H., Greilhuber J. (2003): Letter to the editor: Nuclear DNA content and genome size of trout and human. Cytometry, 51A (2): 127–128.
- ^ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/grc/human/data |website=Genome Reference
Također pogledajte
urediVanjski linkovi
uredi- Animal Genome Size Database(Veličina životinjskog genoma)
- Plant DNA C-values Database (C-vrednosti biljnih DNK)
- Fungal Genome Size Database (veličina genoma gljiva)