3' netranslatirana regija
U molekulskoj genetici, tri primarna netranslatirana regija (3′-UTR) je dio informacijske RNK (iRNK) koji slijedi odmah nakon traslacije završnog kodona. 3′-UTR često sadrži regulatorne regije koje posttranskripcijski utiču na ekspresiju gena.
Tokom ekspresije gena, molekula iRNK je transkribirana iz DNK sekvence i kasnije prevedena u protein. Nekoliko regija molekula iRNK nije prevedeno u protein, uključujući onu zvanu 5' kapa, 5' netranslatirana regija, 3 ′ neprevedena regija i poli (A) rep . Regulatorne regije unutar 3′-neprevedene regije mogu uticati na poliadenilaciju, efikasnost translacije, lokalizaciju i stabilnost iRNK.[1][2] 3′-UTR sadrži oba mjesta vezanja za regulatorne proteine, kao i mikroRNK (miRNK). Vezujući se za specifična mjesta unutar 3′-UTR, miRNK mogu smanjiti ekspresiju gena različitih iRNK, inhibicijom translacije ili direktnim uzrokovanjem degradacije transkripta. 3′-UTR takođe ima regije supresije koje se vezuju za represorne proteine i inhibiraju ekspresiju iRNK.
Mnogi 3′-UTR-ovi također sadrže AU-bogate elemente (ARE-ove). Proteini vezuju ARE-ove da utiču na stabilnost ili brzinu raspada transkripata na lokaliziran način ili utiču na inicijaciju translacije. Nadalje, 3′-UTR sadrži sekvencu AAUAAA, koja usmjerava dodavanje nekoliko stotina adeninskih ostataka zvanih poli (A) rep na kraj transkripta iRNK. Poli (A) vezujući protein (PABP) veže se za ovaj rep, doprinoseći regulaciji translacije, stabilnosti i eksporta iRNK. Naprimjer, poli (A) vezni rep PABP stupa u interakciju s proteinima povezanim s 5 'krajem transkripta, uzrokujući cirkularizaciju iRNK koja podstiče translaciju.
3′-UTR također može sadržavati sekvence koje privlače proteine da povežu iRNK sa citoskeletom, transportuju ga do ili iz jedra ili izvrše druge tipove lokalizacije. Osim sekvenci unutar 3′-UTR, fizičke karakteristike regije, uključujući njenu dužinu i sekundarnu strukturu, doprinose regulaciji translacije. Ovi različiti mehanizmi regulacije gena osiguravaju da se ispravni geni eksprimiraju u odgovarajućim ćelijama u odgovarajuće vrijeme.
Fizička obilježja
uredi3′-UTR iRNK ima veliki broj regulatornih funkcija koje se kontroliraju fizičkim karakteristikama regije. Jedna od takvih je dužina 3′-UTR, koja u genomu sisara ima značajne varijacije. Ovo područje transkripta iRNK može se kretati od 60 do oko 4.000 nukleotida.[3] Prosječna dužina 3′-UTR kod ljudi je približno 800 nukleotida, dok je prosječna dužina 5'-UTR samo oko 200 nukleotida. Dužina 3′-UTR je značajna jer su duži 3′-UTR povezani sa nižim nivoima ekspresije gena. Jedno moguće objašnjenje za ovaj fenomen je da duže regije imaju veću vjerovatnoću posjedovanja više veznih mjesta za miRNK koja imaju sposobnost inhibiranja translacije. Osim po dužini, i sastav nukleotida se također značajno razlikuje između 5' i 3′-UTR. Prosječni postotak G+C 5'-UTR-a u toplokrvnih kičmenjaka je oko 60% u odnosu na samo 45% za 3′-UTR. Ovo je važno jer je opažena obrnuta korelacija između G+C% 5 'i 3′-UTR i njihovih odgovarajućih dužina. UTR-i koji su siromašni GC-om obično su duži od onih koji se nalaze u genomskim regijama bogatim GC-om.[4]
Sekvence unutar 3′-UTR takođe imaju sposobnost degradacije ili stabilizacije mRNA transkripta. Modifikacije koje kontrolišu stabilnost transkripta omogućavaju brzu kontrolu ekspresije gena bez promene brzine prevođenja. Jedna grupa elemenata u 3′-UTR koja može pomoći u destabilizaciji mRNA transkripta su AU-bogati elementi (ARE-a). Ovi elementi imaju veličinu od 50 do 150 parova baza i općenito sadrže više kopija pentanukleotida AUUUA. Rane studije su pokazale da se ARE mogu razlikovati u nizu i spadaju u tri glavne klase koje se razlikuju po broju i rasporedu motiva.[1] Drugi skup elemenata koji je prisutan i u 5 'i u 3′- UTR su gvožđev element reakcije (IRE). IRE je struktura matične petlje unutar neprevedenih regija mRNA koje kodiraju proteine uključene u stanični metabolizam željeza. Transkript iRNK koji sadrži ovaj element je ili razgrađen ili stabiliziran, ovisno o vezivanju specifičnih proteina i unutarstaničnoj koncentraciji gvožđa.[3]
3′-UTR također sadrži sekvence koje signaliziraju dodavanje, bilo u sam transkript ili u proizvod prevođenja. Naprimjer, postoje dva različita signala poliadenilacija unutar 3′-UTR, koji signaliziraju dodavanje poli (A) repa. Ovi signali pokreću sintezu poli (A) repa na definiranoj dužini od oko 250 parova baza.[1] Primarni signal koji se koristi je jedarna poliadenilacija signala ( PAS), sa sekvencom AAUAAA koja se nalazi prema kraju 3′-UTR.[3] Međutim, u ranom razvoju citoplazmatske poliadenilacije može doći umjesto toga i regulirati translacijsku aktivaciju majčinskih iRNK. Element koji kontrolira ovaj proces naziva se CPE, koji je bogat AU-om i nalazi se u 3′-UTR-u. CPE općenito ima strukturu UUUUUUAU i obično je unutar 100 parova baza jedarnog PAS-a.[3] Još jedan specifičan dodatak koji signalizira 3′-UTR je inkorporacija selenocisteina u UGA kodone iRNK koji kodiraju selenoproteine . Obično UGA kodon kodira za zaustavljanje prevođenja, ali u ovom slučaju konzervirana struktura matične petlje , zvana selenocisteinska insercijska sekvenca (SECIS), uzrokuje umjesto toga inserciju selenocisteina.[4]
Također pogledajte
urediReference
uredi- ^ a b c Barrett, Lucy W.; Fletcher, Sue; Wilton, Steve D. (27. 4. 2012). "Regulation of eukaryotic gene expression by the untranslated gene regions and other non-coding elements". Cellular and Molecular Life Sciences. 69 (21): 3613–3634. doi:10.1007/s00018-012-0990-9. PMC 3474909. PMID 22538991.
- ^ Pichon, Xavier; A. Wilson, Lindsay; Stoneley, Mark; Bastide, Amandine; A King, Helen; Somers, Joanna; E Willis, Anne (1. 7. 2012). "RNA Binding Protein/RNA Element Interactions and the Control of Translation". Current Protein & Peptide Science. 13 (4): 294–304. doi:10.2174/138920312801619475. PMC 3431537. PMID 22708490.
- ^ a b c d Hesketh, John (23 Sep 2005). "3′ UTRs and Regulation". 3′UTRs and Regulation. Encyclopedia of Life Sciences. doi:10.1038/npg.els.0005011. ISBN 978-0470016176.
- ^ a b Mignone, Flavio; Graziano Pesole (15 Aug 2011). mRNA Untranslated Regions (UTRs). eLS. doi:10.1002/9780470015902.a0005009.pub2. ISBN 978-0470016176.
Further reading
uredi- Mazumder B, Seshadri V, Fox PL (2003). "Translational control by the 3′-UTR: the ends specify the means". Trends Biochem. Sci. 28 (2): 91–8. doi:10.1016/S0968-0004(03)00002-1. PMID 12575997.
Vanjski linkovi
uredi- Brief introduction to mRNA regulatory elements
- UTResource 3′ UTR analysis
- UTRome.org 3′ UTRs in nematodes
- Medical Subject Heading: 3′ Untranslated Regions