RecF-put
Rec-put, koji se također naziva RecFOR-put, je put homologne rekombinacije koji popravlja DNK u bakterijama. Popravlja pukotine koje se javljaju samo na jednom od dva lanca DNK, poznate kao jednolančane praznine. RecF put također može popraviti dvolančane prekide u DNK kada je RecBCD-putem, drugi put homologne rekombinacije u bakterijama, inaktiviran mutacijama.[1] Kao i RecBCD-puts, RecF-put zahtijeva RecA za invaziju niti. Ova dva puta su također slična po fazama migracija grana, u kojima Holidayeva veza klizi u jednom smjeru, i rezoluciji, u kojoj se Holliday spojevi cijjepaju enzimima.[2][3]
RecF-put počinje kada se RecJ, egzonukleaza koja cijepa jednolančanu DNK u smjeru 5 → 3′, veže 5' kraj jednolančane praznine u DNK i počinje da se kreće uzvodno dok cijepa 5' lanac. Iako RecJ može funkcionirati i bez njih, jednostruki vezujući protein (SSBP) i RecQ helikaza uveliko povećavaju koliko se 5' smanjuje. Kada je prisutan, SSBP se veže za 3' preostalog nakon što RecJ završi sa odsijecanjem 5' lanca.[3] Vezivanjem za jednolančanu DNK, SSBP osigurava da se 3' DNK ne zalijepi sebi kroz samokomplementaciju.[4]
RecA protein se može učitati na SSBP-obloženi 3' prepust na jedan od dva različita puta, jedan koji zahtijeva enzim RecFOR ili onaj koji zahtijeva enzim RecOR.[5] U RecFOR-putu, RecFR kompleks se vezuje tamo gdje se jednolančana DNK 3' susreće sa dvolančanom DNK. RecO zatim istiskuje SSBP iz ssDNK, iako SSBP ostaje vezan za RecO. RecFOR zatim učitava RecA na udubljeni 5' kraj ovog ssDNK-dsDNK spoja. RecR podjedinica u RecFR-u zatim stupa u interakciju sa RecO, kako bi formirala RecFOR kompleks. Čineći to, RecR podjedinica pomaže da se molekule SSBP odvoje od RecO i učitaju molekule RecA proteina na 3' prevjesu.[6]
The RecOR pathway of RecA loading differs from the RecFOR pathway in several respects, most notably its molecular interaction requirements and its ideal DNA substrate.[5] Za razliku od RecFOR puta, RecOR-put zahtijeva interakciju između RecO i C-terminala SSBP-a. RecOR put također ne treba spoj ssDNK-dsDNK da bi započeo učitavanje RecA na 3' prepust, dok RecFOR put obično radi efikasno. Stoga je RecOR-put u većini uslova efikasniji od RecFOR-puta u učitavanju RecA.[5]
Reference
uredi- ^ Morimatsu, K; Kowalczykowski, SC (22. 5. 2003). "RecFOR proteins load RecA protein onto gapped DNA to accelerate DNA strand exchange: a universal step of recombinational repair". Molecular Cell. 11 (5): 1337–1347. doi:10.1016/S1097-2765(03)00188-6. PMID 12769856.
- ^ Hiom, K (juli 2009). "DNA Repair: Common Approaches to Fixing Double-Strand Breaks". Current Biology. 19 (13): R523–R525. doi:10.1016/j.cub.2009.06.009. PMID 19602417.
- ^ a b Handa, N; Morimatsu, K; Lovett, ST; Kowalczykowski, SC (15. 5. 2009). "Reconstitution of initial steps of dsDNA break repair by the RecF pathway of E. coli". Genes & Development. 23 (10): 1234–1245. doi:10.1101/gad.1780709. PMC 2685532. PMID 19451222.
- ^ Kowalczykowski, SC; Clow, J; Somani, R; Varghese, A (5. 1. 1987). "Effects of the Escherichia coli SSB protein on the binding of Escherichia coli RecA protein to single-stranded DNA. Demonstration of competitive binding and the lack of a specific protein-protein interaction". Journal of Biological Chemistry. 193 (1): 81–95. doi:10.1016/0022-2836(87)90629-2. PMID 3295259.
- ^ a b c Sakai, A; Cox, MM (30. 1. 2009). "RecFOR and RecOR as distinct RecA loading pathways". Journal of Biological Chemistry. 284 (5): 3264–3272. doi:10.1074/jbc.M807220200. PMC 2631980. PMID 18986990.
- ^ Inoue, H; Honda, M; Ikawa, S; Shibata, T; Mikawa, T (januar 2008). "The process of displacing the single-stranded DNA-binding protein from single-stranded DNA by RecO and RecR proteins". Nucleic Acids Research. 36 (1): 94–109. doi:10.1093/nar/gkm1004. PMC 2248737. PMID 18000001.