Otvoreni okvir čitanja

Otvoreni okvir čitanja (ORF) – u molekulskoj genetici – je dio datog gena koji kodira protein. Mjesto transkripcijske terminacije nalazi se iza ORF-a, zvano translacijski stop kodon. Ako se transkripcija zaustavi prije nego što ribosom dosegne translacijski stop kodon, ormirao bi se nekompletan protein. Normalne insercije koje prekidaju okvir čitanja uzrokuju mutacije pomjeranja okvira sekvenci i dislociraju stop kodone sekvenci.

Značaj

Sekvenca uzoraka sa tri različita moguća okvira za čitanje. Startni kodoni označeni su ljubičastom bojom, a stop kodoni crvenom.

Otvoreni okviri čitanja koriste se često kao jedan od dokaza u predviđanju gena. Dugi ORF-ovi koriste se često, zajedno sa drugom dokazima, za inicijalno identifikovanje kandidata protein kodirajućih regiona u sekvenci DNK.^[1] Prisustvo ORF-a ne mora značiti da se regija ikad prevede. Naprimjer, u slučajno generiranoj sekvenci DNK, sa jednakim procentom svih nukleotida, stop kodon može se očekivati jednom u svaka 21 kodona.^[1] Jednostavni algoritam za predviđanje gena prokariota može da treba startni kodon, čemu slijedi otvoreni okvir čitanja koji je dovoljno dug da kodira tipski protein; pritom je upotreba kodona tog regiona odgovara karakterističnoj učestalosti kodirajuće regije datog organizma.^[1] Sam po sebi, čak i dugi otvoreni okvir čitanja nije dovoljno validan dokaz prisustva gena.^[1]

Reference

^ ^a ^b ^c ^d Richard, Deonier; Simon Tavaré; Michael Waterman (2005). Computational Genome Analysis: an introduction. Springer-Verlag. str. 25. ISBN 978-0-387-98785-9.

Vanjski linkovi

[1]
NCBI

[deonier2005p25-1] Richard, Deonier; Simon Tavaré; Michael Waterman (2005). Computational Genome Analysis: an introduction. Springer-Verlag. str. 25. ISBN 978-0-387-98785-9.

[1]