Emilijan Lilek (Zgornja Voličina, 15. oktobar 1850 – Celje, 19. februar 1940) bio je slovenski historičar i etnolog.

Pohađao je gimnaziju u Mariboru, nakon čega je upisao studij historije i geografije u Grazu, gdje je u periodu 1871-1875. slušao predavanja iz klasične i slavenske filologije, arheologije, njemačke literature i filozofije. Od 1875. do 1883. godine radio je kao učitelj više realke u Wiener Neustadtu, kao profesor I. gimnazije u Grazu, službovao je u trgovačkom zavodu u Ljubljani, kao i u privatnoj gimnaziji profesora Feichtlingera u Grazu. Za vrijeme boravka u Grazu studirao je njemački i francuski jezik. Godine 1889. postao je profesor Prve gimnazije u Sarajevu, gdje je ostao do 1902. Iste godine ponuđeno mu je da predaje i na novouspostavljenoj gimnaziji u Tuzli, a predavao je historiju i u Višoj šerijatskoj školi u Sarajevu. Već 1902. premješten je u zadarsku gimnaziju, gdje je ostao do 1909. godine, nakon čega se vraća u Sloveniju, Celje, gdje od 1918. do 1924. predaje u tamošnjoj gimnaziji.

Lilek je imao veliki značaj za proučavanje bosanskohercegovačke historije u Austro-ugarskom razdoblju. Napisao je jedan udžbenik bosanske historije koji je bio korišten u gimnazijama, ali mu je najznačajniji rad o depozitu Kosača u Dubrovniku objavljenu u Glasniku Zemaljskog muzeja Bosne i Hercegovine. (Riznica porodice 'Hranići' (nadimak Kosača), GZM, knj. II, god. I, Sarajevo, april-juni 1889, 1-25.)