DNK barkodiranje
DNK barkodiranje je taksonomska metoda kojom se koristi kratki genetički marker u DNK organizmima da ih identificira kao pripadnike određene vrste.[1] Razlikuje se od molekularne filogenije po tome što glavni cilj nije da se utvrde obrasci srodnosti, već identifikuju nepoznati uzorci u smislu već postojeće klasifikacije. Iako se bar kodovi ponekad koriste prilikom pokušaja da se identifikuju nepoznate vrste ili u procjenama da li neku određenu vrstu treba kombinovati (sa nekom drugom) ili odvojiti.[2] Primjena DNK kodiranja za ove potrebe je predmet rasprava.[3]
Najčešće korištena barkod regija kod životinja je segment veličine oko 600 baznih parova u mitohondrijskom genu citohrom c oksidaze (citohrom c oksidaza I: COI).
Primjena ove metode uključuje, naprimjer, prepoznavanje biljnih ostataka čak i kada cvijet ili plod nisu dostupni, identifikaciju larvi insekata (koji često imaju manje poznatih dijagnostičkih karakteristika od odraslih)[4], identifikaciju ishrane životinja, na osnovu sadržaja stomaka ili izmeta[5] i obezbjeđuje veliku varijaciju između vrsta, a ipak relativno mali broj varijacija u okviru datih vrsta.[6] Primjenjuje se i u identifikaciji komercijalnih proizvoda kao naprimjer, biljni dodaci, drvo ili koža i drugi dijelovi životinja.
Izbor lokusa
urediPoželjno mjesto za DNK barkodiranje treba biti standardizirano (tako da se mogu razviti velike baze podataka za date lokuse), prisutno u većini taksona od interesa i moguće za sekvenciranje bez specifičnih PCR prajmera, a dovoljno kratko da se lahko sekvencira sa sadašnjom tehnologijom.[7]
Iako je predloženo nekoliko lokusa, zajednički skup standardiziranih regija su odabrali nadležni odbori:
- Za životinje i mnoge druge eukariote – mitohondrijski COI gen;
- Za biljke, spajanje na RuBisCO velika podjedinica i maturaza K (matK) hloroplastnog gena.[8] Ove omogućavaju slabu rezoluciju kod kopnenih biljaka,[9][10] i upućuju na regije koje bi mogle biti zamjena za rbcL i matK.[10]
- Za gljive – regija unutrašnji transkribirani spejser (ITS).[11]
Reference
uredi- ^ Paul DN Hebert; et al. (2003). "Biological identifications through DNA barcodes". Proceedings of the Royal Society B. 270: 313–321. doi:10.1098/rspb.2002.2218. PMC 1691236. PMID 12614582. Nepoznati parametar
|name-list-format=zanemaren (prijedlog zamjene:|name-list-style=) (pomoć) - ^ Koch, H. (2010). "Combining morphology and DNA barcoding resolves the taxonomy of Western Malagasy Liotrigona Moure, 1961". African Invertebrates. 51 (2): 413–421. doi:10.5733/afin.051.0210. Arhivirano s originala (PDF), 12. 9. 2011. Pristupljeno 27. 4. 2016.
- ^ Seberg O, Petersen G. (2009). Stout, Jane Catherine (ured.). "How Many Loci Does it Take to DNA Barcode a Crocus?". PLoS ONE. 4 (2): e4598. doi:10.1371/journal.pone.0004598. PMC 2643479. PMID 19240801.
- ^ Kalamujić Stroil, Belma; Lasić, Lejla; Hanjalić, Jasna; Mačar, Sonja; Vesnić, Adi (25. 12. 2018). "The first DNA barcode record for Rhyacophila bosnica Schmid, 1970 and pairing of adult and larval life stages". Genetics & Applications. 2 (2): 20. doi:10.31383/ga.vol2iss2pp20-27. ISSN 2566-431X. Arhivirano s originala, 28. 3. 2019. Pristupljeno 10. 4. 2019.
- ^ Kress WJ, Erickson DL (2008). "DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics". PNAS. 105 (8): 2761–2762. doi:10.1073/pnas.0800476105. PMC 2268532. PMID 18287050.
- ^ Renaud Lahaye; et al. (26. 2. 2008). "DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots". Proc Natl Acad Sci USA. 105 (8): 2923–2928. doi:10.1073/pnas.0709936105. PMC 2268561. PMID 18258745.
- ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Eds. (2005). Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB) Sarajevo. ISBN 9958-9344-1-8.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
- ^ CBOL Plant Working Group (4. 8. 2009). "A DNA barcode for land plants". PNAS. 106 (31): 12794–12797. doi:10.1073/pnas.0905845106. PMC 2722355. PMID 19666622.
- ^ Dong, W.; Xu, C.; Li, C.; Sun, J.; Zuo, Y.; Shi, S.; Cheng, T.; Guo, J.; Zhou, S. (2015), "ycf1, the most promising plastid DNA barcode of land plants", Scientific Reports, 5: 8348, doi:10.1038/srep08348CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
- ^ a b China Plant, B.O.L.G.; Li, D.-Z.; Gao, L.-M.; Li, H.-T.; Wang, H.; Ge, X.-J.; Liu, J.-Q.; Chen, Z.-D.; Zhou, S.-L.; Chen, S.-L.; Yang, J.-B.; Fu, C.-X.; Zeng, C.-X.; Yan, H.-F.; Zhu, Y.-J.; Sun, Y.-S.; Chen, S.-Y.; Zhao, L.; Wang, K.; Yang, T.; Duan, G.-W. (2011), "Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (ITS) should be incorporated into the core barcode for seed plants", Proceedings of the National Academy of Sciences, 108 (49): 19641–19646, doi:10.1073/pnas.1104551108CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
- ^ Fungal Barcoding Consortium (24. 2. 2012). "Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi". PNAS. 109 (16): 6241–6246. doi:10.1073/pnas.1117018109. PMC 3341068. PMID 22454494.
Vanjski linkovi
uredi