ARMCX6
Armadilo ponavljanje-sadržavjući X- 6-vezani protein kod čovjeka kodiran je genom ARMCX6, koji se nalazi na X-hromosomu.[5]
| ARMCX6 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | ARMCX6 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 2147993 HomoloGene: 10373 GeneCards: ARMCX6 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr X: 101.62 – 101.62 Mb | Chr X: 133.65 – 133.65 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Jedan je od šest armadilo ponavljanja –sadržavajući X-vezani proteinea: ARMCX1, ARMCX2, ARMCX3, ARMCX4, ARMCX5 i ARMCX6 (ovaj protein)).
Funkcija ovog proteina još uvijek nije poznata.
Proteinska sekvenca
uredi 1 MGRAREVGWM AAGLMIGAGA CYCVYKLTIG RDDSEKLEEE
41 GEEEWDDDQE LDEEEPDIWF DFETMARPWT EDGDWTEPGA
81 PGGTEDRPSG GGKANRAHPI KQRPFPYEHK NTWSAQNCKN
121 GSCVLDLSKC LFIQGKLLFA EPKDAGFPFS QDINSHLASL
161 SMARNTSPTP DPTVREALCA PDNLNASIES QGQIKMYINE
201 VCRETVSRCC NSFLQQAGLN LLISMTVINN MLAKSASDLK
241 FPLISEGSGC AKVQVLKPLM GLSEKPVLAG ELVGAQMLFS
301 FMSLFIRNGN REILLETPAP
Homologija
urediARMCX6 je konzerviran kod mnogih eukariotskih organizam.
Ortolozi
uredi| Taksonomsko ime | Uobičajeno ime | NCBI-ulaz | Sličnost ekvence (%) | Dužina (AAs) | Komentar |
| Homo sapiens | Čovjek | [2] | 100% | 300 | Armadillo ponavljanje sadržavajući X-vezani 6 |
| Macaca mulatta | Rezus makak | [3] | 97.0% | 300 | Pretpostavljeno: sličan armadilo ponavljanje sadržavajućem X-vezanom 6 (H. sapiens)-olika izoforma 1 |
| Equus caballus | Konj | [4] | 90,0% | 300 | Pretpostavljeno: sličan armadilo ponavljanje sadržavajućem X-vezanom 6 |
| Danio rerio | Zebrica | [5] | 84,0% | 301 | Sličan RIKEN cDNK-u 0610039K22 |
| Mus musculus | Miš | [6] | 97,7% | 393 | Armadilo ponavljanje sadržavajući X-vezani 6 (H. sapiens)-oliki |
| Bos taurus | Govedo | [7] | 83,0% | 301 | Armadilo ponavljanje sadržavajući X-vezani (H. sapiens)-oliki 6 |
| Mus musculus | Miš | [8] | 82.0% | 301 | armadillo repeat containing, X-linked 6 |
| Takifugu rubripes | Tetradontoidea | [9] | 66,0% | 818 | aril hidrokarbon-receptor 2C |
| Caenorhabditis elegans | C. elegans | [10] | 50,0% | 332 | Serpentinski receptor, član porodice klase H (srh-216) |
| Saccharomyces cerevisiae | Kvasac | [11] | 70,0% | 910 | Hul5p |
| Gallus gallus | Kokoš | [12] | 52.0% | 317 | Pretpostavljeno: hipothetski protein |
Sekundarna struktura
urediPredviđa se da je sekundarna struktura ARMCX6 slična cijanazi. Poređenje dvije sekvence prikazano je ispod.[6][7]
10 20 30 40
....*....|....*....|....*....|....*....|....*..
ARMCX6 231 MLAKSASDLKFPLISEGSGCAKVQVLKPLMGLSEKPVLAGELVGAQM 277
1DW9_A 19 LLSKAKKDLSFAEIADGTGLAEAFVTAALLGQQALPADAARLVGAKL 65
+ + ++ + + + + + + + + + + ++++
Ekspresija
urediPodaci o mikromreži pokazuju da je ARMCX6 izrazito izražen u najranijim fazama spermatogeneze kod miševa.[8][9][10]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000198960 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000050394 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: armadillo repeat containing".
- ^ SDSC Biology Workbench 2.0
- ^ [1]
- ^ EST Profile Viewer- Human
- ^ EST Profile Viewer- Mouse
- ^ Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H, et al. (april 2004). "A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (16): 6062–7. doi:10.1073/pnas.0400782101. PMC 395923. PMID 15075390.
Vanjski linkovi
uredi- Lokacija ljudskog genoma ARMCX6 i stranica sa detaljima o genu ARMCX6 u UCSC Genome Browseru.
Dopunska literatura
uredi- Ross MT, Grafham DV, Coffey AJ, et al. (2005). "The DNA sequence of the human X chromosome". Nature. 434 (7031): 325–37. doi:10.1038/nature03440. PMC 2665286. PMID 15772651.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.