Urezni enzim

Urezujući enzim (ili urezna endonukleaza) je enzim koji presijeca jedan lanac dvolančane DNK specifičnim prepoznavanjem nukleotidne sekvence poznate kao restrikcijsko mjesto. Takvi enzimi hidroliziraju (presijeku) samo jedan lanac DNK dupleksa, da bi proizveli molekule DNK koje su „urezane“, a ne cijepane.^[1]^[2]

Urezna endonukleaza: Vodikova veza između ključnih aminokiselinskih ostataka u aktivnom mjestu APE1 pomaže u stabilizaciji jedno drugog, kao i AP mjesto koje treba urezati. U međuvremenu, negativno nabijeni ostatak (Glue 96) pomaže da se zadrži Mg2+ koji je također potreban za stabilizaciju AP mjesta na datoj lokaciji. (Iz PDB 1de9.)

Mogu se koristiti za pojačanje pomaka lanca,^[3] urezujuća enzimska reakcija amplifikacije, egzonukleolitska degradacija, stvaranje malih praznina^[4] ili urezna translacija.^[5] Potonji proces je uspješno korišten za inkorporiranje i radioaktivno označenih i fluorescentnih nukleotida omogućavajući proučavanje specifičnih regija na dvolančanoj DNK.^[5]^[6] Proučeno je više od 200 enzima za urezivanje, a 13 od njih je komercijalno dostupno ^[7] i rutinski se koriste za istraživanje i u komercijalnim proizvodima.

Reference

^ Ando T; et al. (juli 1969). "Isolation and characterization of enzymes with nicking action from phage T4-infected Escherichia coli". J. Biochem. 66 (1): 1–10. doi:10.1093/oxfordjournals.jbchem.a129107. PMID 4309718.
^ Morgan RD, Kong H, et al. (novembar 2000). "Characterization of the specific DNA nicking activity of restriction endonuclease N.BstNBI". Biol. Chem. 381 (11): 1123–5. doi:10.1515/BC.2000.137. PMID 11154070. S2CID 22472698.
^ Walker GT, Little MC, Nadeau JG, Shank DD (Jan 1992). "Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (1): 392–6. Bibcode:1992PNAS...89..392W. doi:10.1073/pnas.89.1.392. PMC 48243. PMID 1309614.
^ Wang H, Hays JB (oktobar 2001). "Simple and rapid preparation of gapped plasmid DNA for incorporation of oligomers containing specific DNA lesions". Mol. Biotechnol. 19 (2): 133–40. doi:10.1385/MB:19:2:133. PMID 11725483. S2CID 22156627.
^ ^a ^b Rigby PW, Dieckmann M, Rhodes C, Berg P (juni 1977). "Labeling deoxyribonucleic acid to high specific activity in vitro by nick translation with DNA polymerase I". J. Mol. Biol. 113 (1): 237–51. doi:10.1016/0022-2836(77)90052-3. PMID 881736.
^ Jo K, Dhingra DM, Odijk T, de Pablo JJ, Graham MD, Runnheim R, Forrest D, Schwartz DC (2007). "A single-molecule barcoding system using nanoslits for DNA analysis". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (8): 2673–8. Bibcode:2007PNAS..104.2673J. doi:10.1073/pnas.0611151104. PMC 1815240. PMID 17296933.
^ "REBASE Enzymes". Encyclopedia of restriction and nicking enzymes. Pristupljeno 1. 6. 2009.

Vanjski linkovi

[pmid4309718-1] Ando T; et al. (juli 1969). "Isolation and characterization of enzymes with nicking action from phage T4-infected Escherichia coli". J. Biochem. 66 (1): 1–10. doi:10.1093/oxfordjournals.jbchem.a129107. PMID 4309718.

[pmid11154070-2] Morgan RD, Kong H, et al. (novembar 2000). "Characterization of the specific DNA nicking activity of restriction endonuclease N.BstNBI". Biol. Chem. 381 (11): 1123–5. doi:10.1515/BC.2000.137. PMID 11154070. S2CID 22472698.

[PMC48243-3] Walker GT, Little MC, Nadeau JG, Shank DD (Jan 1992). "Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (1): 392–6. Bibcode:1992PNAS...89..392W. doi:10.1073/pnas.89.1.392. PMC 48243. PMID 1309614.

[pmid11725483-4] Wang H, Hays JB (oktobar 2001). "Simple and rapid preparation of gapped plasmid DNA for incorporation of oligomers containing specific DNA lesions". Mol. Biotechnol. 19 (2): 133–40. doi:10.1385/MB:19:2:133. PMID 11725483. S2CID 22156627.

[Rigby_PW,_Dieckmann_M,_Rhodes_C,_Berg_P_1977_237–51-5] Rigby PW, Dieckmann M, Rhodes C, Berg P (juni 1977). "Labeling deoxyribonucleic acid to high specific activity in vitro by nick translation with DNA polymerase I". J. Mol. Biol. 113 (1): 237–51. doi:10.1016/0022-2836(77)90052-3. PMID 881736.

[6] Jo K, Dhingra DM, Odijk T, de Pablo JJ, Graham MD, Runnheim R, Forrest D, Schwartz DC (2007). "A single-molecule barcoding system using nanoslits for DNA analysis". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (8): 2673–8. Bibcode:2007PNAS..104.2673J. doi:10.1073/pnas.0611151104. PMC 1815240. PMID 17296933.

[7] "REBASE Enzymes". Encyclopedia of restriction and nicking enzymes. Pristupljeno 1. 6. 2009.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]