Genetičko pridruživanje

Genetička asocijacija ili genetičko pridruživanje je kada se jedan ili više genotipova unutar populacije pojavljuju zajedno sa fenotipskom osobinom češće nego što bi se slučajno očekivalo.

Studije genetičke asocijacije imaju za cilj da ispitaju da li se frekvencije jednog lokussnog alela ili genotipa (ili općenito, multilokusne haplotipske učestalosti razlikuju između dvije grupe ispitanika (obično oboljeli i zdrave kontrole). Studije genetičkih asocijacija danas se zasnivaju na principu da se genotipovi mogu porediti "direktno", tj. sa sekvencama stvarnih genoma ili egzoma, preko sekvencioniranja celog genoma ili sekvenciranje cijelog egzoma. Prije 2010. godine korišteni su metodi sekvenciranja DNK.

Opis

Genetička povezanost može biti između fenotipova, vidljivijh karakteristika kao što su boja ili visina cvijeta, između fenotipa i genetičkog polimorfizma, kao što je jednonukleotidni polimorfizam (SNP), ili između dva genetička polimorfizma. Povezanost između genetičkih polimorfizama nastaje kada postoji neslučajna povezanost njihovih alela, kao rezultat njihove blizine na istom hromosomu; ovo je poznato kao vezani geni.^[1]

Disekvilibrij vezanja (neravnotežno vezanje, LD) je termin koji se koristi u proučavanju populacijske genetike za neslučajnu povezanost alela na dva ili više lokusa, obično na različitim hromosomima, tj. ne nužno na istom hromosomu. To nije isto što i vezanost gena, što je fenomen u kojem dva ili više lokusa na hromosomu imaju smanjenu međusobnu rekombinaciju, zbog međusobne fizičke blizine na istom hromosomu. LD opisuje situaciju u kojoj se neke kombinacije alela ili se genetički markeri javljaju češće ili se rjeđe u populaciji nego što bi se očekivalo od nasumične formacije haplotipova iz alela na osnovu njihove frekvencije. Studije genetičke asocijacije izvode se za procjenu da li je genetička varijanta povezano s bolešću ili osobinom: ako je povezanost prisutna, određeni alelni, genotipski ili haplotipni polimorfizmi ili polimorfizmi uopće će se vidjeti češće nego što se očekivalo slučajno kod osoba koje nose gen za tu osobinu. Dakle, osoba koja nosi jednu ili dvije kopije visokorizične varijante je pod povećanim rizikom od razvoja pridružene bolesti ili pridružene osobine.^[2] using a case-control design.

Dokazi

Dokazi o povezanosti zasnovani su na MNA-ovima koji se obično zasnivaju na studijama koje uključuju velike veličine uzoraka, kao što su studije asocijacija na nivou genoma. Sa samo malo empirijskih podataka koji povezuju rezultate studije i dizajn studije, pristranost u studijama genetičkih asocijacija nije dobro shvaćena.

Izvještavanje o ishodima

Zasnovano na osobinama koje su kontinuirane ili dimorfne, heritabilnosti (od 0 do 1, gdje 0 znači da nije hertibilan) ishodi se obično izvještavaju prema udjelu fenotipske varijacije koja se može pripisati genetičkoj varijaciji ili proporciji varijanse koja se pripisuje toj varijaciji.^[3]

Također pogledajte

Reference

^ Sagoo, Gurdeep S; Little, Julian; Higgins, Julian P. T (3. 3. 2009). "Systematic Reviews of Genetic Association Studies". PLOS Medicine. Public Library of Science (PLoS). 6 (3): e1000028. doi:10.1371/journal.pmed.1000028. ISSN 1549-1676. PMC 2650724. PMID 19260758.
^ Rees, A; Shoulders, CC; Galton, DJ; Baralle, FE (1983). "DNA polymorphism adjacent to human apoprotein A-1 gene: relation to hypertriglyceridaemia". Lancet. 321 (8322): 444–446. doi:10.1016/s0140-6736(83)91440-x. PMID 6131168. S2CID 29511911.
^ Dahlqwist, Elisabeth; Magnusson, Patrik K. E.; Pawitan, Yudi; Sjölander, Arvid (2019). "On the relationship between the heritability and the attributable fraction". Human Genetics. Springer Science and Business Media LLC. 138 (4): 425–435. doi:10.1007/s00439-019-02006-8. ISSN 0340-6717. PMC 6483966. PMID 30941497.

Paul I Wde Bakker, Roman Yelensky, Itsik Pe’er, Stacey B Gabriel, Mark J Daly] & David Altshuler (2005). "Efficiency and power in genetic association studies". Nature Genetics. 37 (11): 1217–1223. doi:10.1038/ng1669. PMID 16244653. S2CID 15464860.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
Tushar R Bhangale, Mark J Rieder and Debora A. Nickerson. Estimating coverage and power for genetic association studies using near-complete variation data. NATURE GENETICS v. 40 N.7 July 2008 pp 841-843

Vanjski linkovi

A list of computer programs for genetic analysis including genetic association analysis
Golden Helix SNP & Variation Suite: Software package for population and family-based genetic association analysis
GWAS Central Arhivirano 8. 3. 2022. na Wayback Machine – a central database of summary-level genetic association findings.

[Sagoo_Little_Higgins_p=e1000028-1] Sagoo, Gurdeep S; Little, Julian; Higgins, Julian P. T (3. 3. 2009). "Systematic Reviews of Genetic Association Studies". PLOS Medicine. Public Library of Science (PLoS). 6 (3): e1000028. doi:10.1371/journal.pmed.1000028. ISSN 1549-1676. PMC 2650724. PMID 19260758.

[2] Rees, A; Shoulders, CC; Galton, DJ; Baralle, FE (1983). "DNA polymorphism adjacent to human apoprotein A-1 gene: relation to hypertriglyceridaemia". Lancet. 321 (8322): 444–446. doi:10.1016/s0140-6736(83)91440-x. PMID 6131168. S2CID 29511911.

[Dahlqwist_Magnusson_Pawitan_Sjölander_2019_pp._425–435-3] Dahlqwist, Elisabeth; Magnusson, Patrik K. E.; Pawitan, Yudi; Sjölander, Arvid (2019). "On the relationship between the heritability and the attributable fraction". Human Genetics. Springer Science and Business Media LLC. 138 (4): 425–435. doi:10.1007/s00439-019-02006-8. ISSN 0340-6717. PMC 6483966. PMID 30941497.

[1]

[2]

[3]