Nakon 44 godine prekida, rad Medrese je reaktiviran [[1993]]. godine. Prijemni ispiti su održani 28. augusta, a nastava je počela 6. oktobra iste godine. Nastavu je počelo pohađati 77 učenika i 40 učenica, a organizirana je iznajmljenim prostorijama.
Godine 1994. Medresa se preselila u restauriranu zgradu čiji su prostori prilagođeni njenim potrebama. Kompleks Behram-begove medrese u Tuzli danas se sastoji od školskih, internatskih zgrada i vakufskog objekta i novoizgrađene džamije.
Od 1993. godine u Behram-begovoj medresi neprestano se ulažu napori za poboljšanje kako prostornih tako i organizacijskih uvjeta za ostvarenje što kvalitetnijih odgojno-obrazovnih rezultata.Behram-begova medresa je od 2007.godine do sada proglašena najboljom odgojno-obrazovnom institucijom na području [[Tuzlanskog kantona]].<ref>[http://bbm.edu.ba/index.php/vijest/141-muftija-tuzlanski-cestitao-uspjeh-behram-begove-medrese Muftija tuzlanski čestitao uspjeh Behram-begove medrese]</ref>
'''Behram-begova medresa''' je do sada izbacilaodškolovala 40. hafiza [[Kur'an|Kur'ana]]a, pod vodstvom dva [[Hafiz|hafiz]]a, ili popularno rečeno muhafiza, Mirnesa ef. Spahića (24. [[Hafiz|hafiz]]a) te Edina ef. Dedića (5. [[Hafiz|hafiz]]a)<ref>http://www.rijaset.ba/index.php?option=com_content&view=article&id=21656%3Asutra-dvije-hafiske-dove-u-behram-begovoj-medresi&catid=201%3Aaktuelnosti-kat&Itemid=457</ref>
