Prvu zvaničnu utakmicu Japan i Bosna i Hercegovina odigrali su 28. februara 2006. godine u Dortmundu. U posljednjoj minuti prvog poluvremena golom Takahare Japan je poveo u ovoj prijateljskoj utakmici. U 57. minuti utakmice Bosna i Hercegovina je izjednačila golom Misimovića iz jedanaesterca. Emir Spahić je u 65. minuti doveo Bosnu i Hercegovinu u vodstvo da bi u posljednjoj minuti utakmice Hidetoshi Nakata postavio i konačan rezultat. Zamijenivši Barbareza u 79. minuti utakmice Admir Raščić je debitovao za Bosnu i Hercegovinu. Dvije godine poslije u Tokiju, Japan je ugostio Bosnu i Hercegovinu te ostvario ubjedljivu pobjedu rezultatom 3–0. Golove su postigli Yuji Nakazawa u 68, te Koji Yamase u 83. i 88. minuti utakmice. Za Bosnu i Hercegovinu su u ovoj utakmici uglavnom igrali nogometaši iz domaćeg prvenstva te su debitantske nastupe za Bosnu i Hercegovinu zabilježili: Amer Jugo, Bojan Regoje, Fenan Salčinović, Mladen Žižović, Semir Štilić, Staniša Nikolić, Stevo Nikolić i Vlastimir Jokanović. U Osaki 7. juna 2016. u finalu Kirina kupa Bosna i Hercegovina je pobijedila Japan te na taj način osvojila i svoj prvi turnir. Golom Hiroshija Kiyotake Japan je poveo u 28. minuti, da bi Milan Đurić golovima u 30. i 66. minuti utakmice donio pobjedu Bosni i Hercegovini. Debitantske nastupe za nacionalnu selekciju Bosne i Hercegovine u finalu Kirina kupa zabilježili su Aleksandar Kosorić, Almir Bekić, Filip Arežina i Zvonimir Kožulj.