Mimotop

Mimotop je makromolekula, često peptid, koja oponaša strukturu epitopa. Zbog ovog svojstva on izaziva odgovor antitijela sličan onome koji izaziva epitop. Antitijelo za dati antigen epitopa prepoznat će mimotop koji ga oponaša. Mimotopi se obično dobijaju iz biblioteka prikaza faga, kroz biopaniranje (biološko pranje), dobijenih putem tehnika za proizvodnju i skrining novih proteina i polipeptida umetanjem fragmenta gena u gen odgovoranih za površinski protein bakteriofaga. Novi protein se pojavljuje u površinskom premazu faga u kojem se može manipulirati i testirati njegova biološka aktivnost.

Razvijaju se i vakcibe koje koriste mimotope. Mimotopi su vrsta peptida aptamera. Kad je pojam mimotope prvi put skovao Mario Geysen, 1986.,[1] korišten je za opisivanje peptida koji oponašaju epitop. Međutim, ovaj je koncept proširen i na peptidne mimetike svih vrsta veznih mjesta. Kao oponašanje mjesta vezanja, mimotopska analiza naširoko se koristi u mapiranju epitopa,[2] identificirajući ciljane lijekove i zaključujući interakcijsku mrežu protein.[3][4] Nadalje, mimotop je također pokazao svoj potencijal u razvoju nove dijagnostike,[5] terapeutike[6] i vakcina.[7] Osim toga, posebni afiniteti posredovani mimotopima, raznim poluvodičima i drugim materijalima pokazali su vrlo ohrabrujućei obećavajuće mogućnosti primjene u novim materijalima i novim energetskim studijama.[8] Stoga zaslužuje pažnju prikupljanje podataka o mimotopima u posebnu bazu podataka. U 2010. godini objavljena je verzija MimoDB verzije 1.0.[9] Imala je 10.716 peptida grupiranih u 1.229 skupova. Ti su peptidi izvađeni iz rezultata biopaniranja slučajnih biblioteka peptida prikazanih faga. izviještenih u 571 radu. MimoDB baza podataka nedavno ažurirana je na trenutnu verziju 2.0.[10]

Verzija 2.0 sadrži 15633 peptida prikupljenih iz 849 radova i grupiranih u 1818 skupova. Osim osnovnih podataka o pokusima paniranja i njihovih rezultata, uključene su široke pozadinske informacije o cilju, predlošku, biblioteci i strukturi. Bioinformatičari također su uključeni uz evaluaciju priloženih referentnih vrijednosti, kako bi razvili i ocijenili svoje nove modele, algoritme i programe. Osim toga, baza podataka MimoDB pruža alate za jednostavno i napredno pretraživanje, vizualizaciju strukture, BLAST i prikaz brzog poravnanja. Eksperimentalni biolozi lahko mogu koristiti bazu podataka kao virtualnu kontrolu, kako bi isključili moguće ciljane peptide. MimoDB baza podataka je besplatno dostupna.[11]

Također pogledajteUredi

ReferenceUredi

  1. ^ Geysen, HM; Rodda, SJ; Mason, TJ (juli 1986). "A priori delineation of a peptide which mimics a discontinuous antigenic determinant". Molecular Immunology. 23 (7): 709–15. doi:10.1016/0161-5890(86)90081-7. PMID 2432410.
  2. ^ Smith, GP; Petrenko, VA (1. 4. 1997). "Phage Display". Chemical Reviews. 97 (2): 391–410. doi:10.1021/cr960065d. PMID 11848876.
  3. ^ Tong, AH; Drees, B; Nardelli, G; Bader, GD; Brannetti, B; Castagnoli, L; Evangelista, M; Ferracuti, S; Nelson, B; Paoluzi, S; Quondam, M; Zucconi, A; Hogue, CW; Fields, S; Boone, C; Cesareni, G (11. 1. 2002). "A combined experimental and computational strategy to define protein interaction networks for peptide recognition modules". Science. 295 (5553): 321–4. doi:10.1126/science.1064987. PMID 11743162.
  4. ^ Thom, G; Cockroft, AC; Buchanan, AG; Candotti, CJ; Cohen, ES; Lowne, D; Monk, P; Shorrock-Hart, CP; Jermutus, L; Minter, RR (16. 5. 2006). "Probing a protein-protein interaction by in vitro evolution". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (20): 7619–24. Bibcode:2006PNAS..103.7619T. doi:10.1073/pnas.0602341103. PMC 1458619. PMID 16684878.
  5. ^ Hsiung, PL; Hardy, J; Friedland, S; Soetikno, R; Du, CB; Wu, AP; Sahbaie, P; Crawford, JM; Lowe, AW; Contag, CH; Wang, TD (april 2008). "Detection of colonic dysplasia in vivo using a targeted heptapeptide and confocal microendoscopy". Nature Medicine. 14 (4): 454–8. doi:10.1038/nm1692. PMC 3324975. PMID 18345013.
  6. ^ Macdougall, IC; Rossert, J; Casadevall, N; Stead, RB; Duliege, AM; Froissart, M; Eckardt, KU (5. 11. 2009). "A peptide-based erythropoietin-receptor agonist for pure red-cell aplasia". The New England Journal of Medicine. 361 (19): 1848–55. doi:10.1056/NEJMoa074037. PMID 19890127.
  7. ^ Knittelfelder, R; Riemer, AB; Jensen-Jarolim, E (april 2009). "Mimotope vaccination--from allergy to cancer". Expert Opinion on Biological Therapy. 9 (4): 493–506. doi:10.1517/14712590902870386. PMID 19344285.
  8. ^ Lee, YJ; Yi, H; Kim, WJ; Kang, K; Yun, DS; Strano, MS; Ceder, G; Belcher, AM (22. 5. 2009). "Fabricating genetically engineered high-power lithium-ion batteries using multiple virus genes". Science. 324 (5930): 1051–5. Bibcode:2009Sci...324.1051L. doi:10.1126/science.1171541. PMID 19342549.
  9. ^ Ru, B; Huang, J; Dai, P; Li, S; Xia, Z; Ding, H; Lin, H; Guo, F; Wang, X (15. 11. 2010). "MimoDB: a new repository for mimotope data derived from phage display technology". Molecules (Basel, Switzerland). 15 (11): 8279–88. doi:10.3390/molecules15118279. PMID 21079566.
  10. ^ Huang, J; Ru, B; Zhu, P; Nie, F; Yang, J; Wang, X; Dai, P; Lin, H; Guo, FB; Rao, N (3. 11. 2011). "MimoDB 2.0: a mimotope database and beyond". Nucleic Acids Research. 40 (1): D271–7. doi:10.1093/nar/gkr922. PMID 22053087.
  11. ^ "The MimoDB database". Arhivirano s originala, 16. 11. 2012. Pristupljeno 2. 1. 2020.

Vanjski linkoviUredi