Hromodomen
Hromodomen[2]) je proteinski strukturni domen od oko 40-50 aminokiselinskih ostataka koji se obično nalaze u proteinima povezanim s remodeliranjem i manipulacijom hromatinom. Domen je visoko konzerviran među biljkama i životinjama, i zastupljen je u velikom broju različitih proteina u mnogim genomima, kao što je mišji. Neki gen koji sadrže hromodomene imaju višestruke prerađene izoforme koje u potpunosti izostavljaju hromodomen.[3] Kod sisara proteini koji sadrže hromodomen odgovorni su za aspekte regulacija gena povezane s remodeliranjem hromatina i formiranjem heterohromatinskih regija.[4] Proteini koji sadrže hromodomene također vezuju metilirane histone[5][6] i pojavljuju se u kompleksu RNK-inducirasno utišavanje transkripcije.[7] U modifikacijama histona, hromodomeni su veoma konzervirani. Funkcionišu tako što identifikuju i vezuju se za metilirane lizinske ostatke koji postoje na površini hromatinskog proteina i na taj način regulišu transkripciju gena.[8]
| Hromodomen | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Struktura of polikombnog hromodomena[1] | |||||||||
| Identifikatori | |||||||||
| Simbol | HrD | ||||||||
| Pfam | PF00385 | ||||||||
| InterPro | IPR000953 | ||||||||
| SMART | SM00298 | ||||||||
| PROSITE | PS50013 | ||||||||
| SCOP2 | 1pfb / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd00024 | ||||||||
| |||||||||
Također pogledajte uredi
Reference uredi
- ^ Min J, Zhang Y, Xu RM (august 2003). "Structural basis for specific binding of Polycomb chromodomain to histone H3 methylated at Lys 27". Genes Dev. 17 (15): 1823–8. doi:10.1101/gad.269603. PMC 196225. PMID 12897052.
- ^ Messmer S, Franke A, Paro R (juli 1992). "Analysis of the functional role of the Polycomb chromo domain in Drosophila melanogaster". Genes Dev. 6 (7): 1241–1254. doi:10.1101/gad.6.7.1241. PMID 1628830.
- ^ Tajul-Arifin K, Teasdale R, Ravasi T, Hume DA, Mattick JS (2003). "Identification and Analysis of Chromodomain-Containing Proteins Encoded in the Mouse Transcriptome". Genome Res. 13 (6B): 1416–1429. doi:10.1101/gr.1015703. PMC 403676. PMID 12819141.
- ^ Jones DO, Cowell IG, Singh PB (2000). "Mammalian chromodomain proteins: their role in genome organisation and expression". BioEssays. 22 (2): 124–37. CiteSeerX 10.1.1.575.6410. doi:10.1002/(SICI)1521-1878(200002)22:2<124::AID-BIES4>3.0.CO;2-E. PMID 10655032.
- ^ Nielsen PR, Nietlispach D, Mott HR, Callaghan J, Bannister A, Kouzarides T, Murzin AG, Murzina NV, Laue ED (2002). "Structure of the HP1 chromodomain bound to histone H3 methylated at lysine 9". Nature. 416 (6876): 103–7. doi:10.1038/nature722. PMID 11882902. S2CID 4423019.
- ^ Jacobs SA, Khorasanizadeh S (2002). "Structure of HP1 chromodomain bound to a lysine 9-methylated histone H3 tail". Science. 295 (5562): 2080–3. doi:10.1126/science.1069473. PMID 11859155. S2CID 38589662.
- ^ Verdel A, Jia S, Gerber S, Sugiyama T, Gygi S, Grewal SI, Moazed D (2004). "RNAi-Mediated Targeting of Heterochromatin by the RITS Complex". Science. 303 (5658): 672–6. doi:10.1126/science.1093686. PMC 3244756. PMID 14704433.
- ^ Yap KL, Zhou MM (mart 2011). "Structure and mechanisms of lysine methylation recognition by the chromodomain in gene transcription". Biochemistry. 50 (12): 1966–80. doi:10.1021/bi101885m. PMC 3062707. PMID 21288002.