Wikipedia

VXN

Veksin je protein koji je kod ljudi kodiran genom VXN.[5] Visoko je eksprimiran u regijama mozga i kičmene moždine.

VXN
Identifikatori
AliasiVXN
Vanjski ID-jeviMGI: 1924232 HomoloGene: 17666 GeneCards: VXN
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 8 (čovjek)
Hrom.Hromosom 8 (čovjek)[1]
Hromosom 8 (čovjek)
Genomska lokacija za VXN
Genomska lokacija za VXN
Bend8q13.1Početak66,493,520 bp[1]
Kraj66,518,524 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 1 (miš)
Hrom.Hromosom 1 (miš)[2]
Hromosom 1 (miš)
Genomska lokacija za VXN
Genomska lokacija za VXN
Bend1|1 A2Početak9,671,424 bp[2]
Kraj9,697,368 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

254778

76982

Ensembl

ENSG00000169085

ENSMUSG00000067879

UniProt

Q8TAG6

Q8BG31

RefSeq (mRNK)

NM_152765

NM_178399

RefSeq (bjelančevina)

NP_689978

NP_848486

Lokacija (UCSC)Chr 8: 66.49 – 66.52 MbChr 1: 9.67 – 9.7 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 207 aminokiselina, а molekulska težina 22.584 Da.[6].

1020304050
MMHQIYSCSDENIEVFTTVIPSKVSSPARRRAKSSQHLLTKNVVIESDLY
THQPLELLPHRGDRRDPGDRRRFGRLQTARPPTAHPAKASARPVGISEPK
TSNLCGNRAYGKSLIPPVPRISVKTSASASLEATAMGTEKGAVLMRGSRH
LKKMTEEYPALPQGAEASLPLTGSASCGVPGILRKMWTRHKKKSEYVGAT
NSAFEAD

Gen uredi

Lokacija uredi

VXN se nalazi duž plus lanca hromosoma 8.[7] The entire gene is 58,522 bp long.[7] VXN je okružen genima za alkoholnu dehidrogenazu sa gvožđem 1 i myb protoonkogenoliki protenin 1.[5]

 
Susjedstvo gena VXN na hromosomu 8

iRNK uredi

Prerađene varijante uredi

VXN nema nijednu alternativno prerađenu varijantu iRNK. Zrela iRNK je duga približno 3.741 parova baza i sadrži šest egzona.[7]

Protein uredi

Opća svojstva uredi

 
Lokacija domena nepoznate funkcije i signal jedarne lokalizacije duž veksina.

Veksin ima 207 aminokiselina, što odgovara molekulskoj težini od 22,6 kdal.[7] Izoelektrična tačka proteina je 10,42, što ukazuje da mu je pH bazni.[8] Veksin sadrži domen nepoznate funkcije (DUF4648) i dio je porodice domena SH3, za koju se zna da se veže za ligande bogate prolinom.[5] Sekundarna i tercijarna struktura ovog proteina nije dobro poznata.

Kompozicija uredi

Smatra se da je veksin bogat argininom, a siromašan fenilalaninom, u poređenju sa sastavom prosječnog ljudskog proteina.[8] Veksin sadrži nekoliko regija pozitivno nabijenih puteva i ima visoku koncentraciju esencijalnih aminokiselina.[8]

Post-translacijske modifikacije uredi

Predviđa se da veksin ima nekoliko tipova posttranslacijskih modifikacija. S visokim stupnjem sigurnosti, predviđa je veksin podvrgnut glikacijama lizina, O-glikozilaciji serina, treonina i tirozina, fosforilacijama, sumolizaciji i acetilaciji početnog metionina.[9]

Tip modifikacija Položaj aminokiselina Djelovanje na protein[10]
Glikacija epsilon lizinskih amino-grupa Lys33, Lys41, Lys124, Lys152. Lys153, Lys193 Umanjuje enzimsku funkciju proteina
Inicijalna acetilacija metionina Met1 Posreduje stabilnost, sortiranje i lokalizaciju proteina.
Mjesta O-glikozilacija Ser25, Ser90, Ser97, Ser102, Ser113, Ser122, Ser126, Ser128 Ser130, Ser148, Ser194, Thr78, Thr101, Thr125, Thr134, Thr155 Regulira transkripciju i faktore translacije
Mjesta fosforilacija Ser22, Ser25, Ser26, Ser34, Ser35, Ser97, Ser122, Ser126, Ser130, Ser194, Thr78, Thr83, Thr138, Tyr50, Tyr158, Tyr196 Regulira funkciju proteina, ćelijsku signalizaciju i enzimske funkcije proteina
Mjesta sumoilacija Lys141, Lys195 Ima ulogu u jedarno-citosolnom transportu, djeluje kao mjesto vezanja

Subćelijska lokacija uredi

 
Konceptna translacija VXN prikazuje predviđena mjesta nakon translacijske modifikacije.

Predviđa se da je veksin jedarni protein, s obzirom na klasični signal jedarne lokalizacije, koji se nalazi na aminokiselinama Lys191 do Lys193.[9] Veksin ne sadrži transmembranske domene ili signalne peptide, što upućuje da je riječ o unutarćelijskom proteinu.[9]

Ekspresija uredi

 
Slika iz Allen Brain Atlasa prikazuje područja povišene ekspresije VXN u mozgu.[11]

VX je pokazao sveprisutnu ekspresiju u tijelu. Gen se eksprimira u 13 različitih tipova tkiva u cijelom tijelu, pri čemu mozak, kičmena moždina i živci pokazuju povišenu ekspresiju gena.[12] Konkretno, područja izokorteksa i hipokampusne formacije mozga pokazuju visok nivo ekspresije. Osim u zdravom tkivu, veksin se nalazi i u nekoliko bolesnih stanja. Ova stanja uključuju hondrosarkom, gliom, tumore bubrega, tumore jetre i zametnih ćelija.[12] VXN se ekspimira samo kod dojenčadi i odraslih.[12]

Regulacija ekpresije uredi

Promotor uredi

promotorska regija "'VXN"', GXP_80707, je duga približno 1.044 bp.[13] Promotorska sekvenca počinje pri bp 66,492.708 i završava pri 66,493.751 bp.[13] Postoji nekoliko važnih transkripcijskih faktora za koje se predviđa da se vežu za promotorsku sekvencu VXN. Najčešći transkripcijski faktori uključuju: protein 1 koji sadrži HMG-kutiju, represivni glukokortikoidni receptor, vezujući protein koji reaguje na cAMP i faktor domena homeo Pbx-1.

Homologija uredi

Paralozi uredi

Nisu identifikovani ljudski paralozi za VXN.[5]

Ortolozi uredi

 
Filogenetsko stablo odabranih ortologa gena VXN. Pikazano je procijenjeno datiranje divergencije.

Veksin se nalazi u svim klasama kičmenjaka, uključujući sisare, ptice, ribe, vodozemce i gmizavce.[5] Najdalji ortolog VXN je u australijske duh-ajkule, koji je divergirao od ljudske verzije gena prije otprilike 482,9 miliona godina.[14] Ovaj gen nije nađen ni kod jedne biljke, gljive ili jrdnoćelijskih organizama.[5]

Homologni domeni uredi

N i C-kraj su visoko konzervirana područja na udaljenim i bliskim ortolozima. Svi ortolozi veksina pokazuju porodice konzerviranih proteinskih domena SH3, kao i domena nepoznate funkcije (DUF4648).

Klinički značaj uredi

VXN je povezan s rakom dojke kod ljudi. Gen je istražen u vezi s pojačivačem estrogenih receptora 1 (ESR1), čija ekspresija određuje da li pacijentica s rakom dojke prima endokrinu terapiju.[15] Predviđa se da VXN ima regije za pojačavanje ESR1, koje postaju hipermetilirane i podstiču stečenu endokrinu rezistenciju kod raka dojke.[15]

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000169085 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000067879 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c d e f "VXN vexin [ Homo sapiens (human) ]". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 1. 2021.
  6. ^ "UniProt, Q8TAG6" (jezik: eng). Pristupljeno 22. 9. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  7. ^ a b c d "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=C8orf46". www.genecards.org. Pristupljeno 25. 4. 2016.
  8. ^ a b c "SDSC Biology Workbench". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 22. 9. 2021.
  9. ^ a b c "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Home". www.expasy.org. Pristupljeno 25. 4. 2016.
  10. ^ "Overview of Post-Translational Modification". www.thermofisher.com. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  11. ^ "ISH Data :: Allen Brain Atlas: Developing Mouse Brain" Provjerite vrijednost parametra |url= (pomoć). developingmouse.brain-map.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  12. ^ a b c "EST Profile - Hs.268869". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  13. ^ a b "ElDorado Introduction". www.genomatix.de. Arhivirano s originala, 2. 6. 2016. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  14. ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
  15. ^ a b Stone A, Zotenko E, Locke WJ, Korbie D, Millar EK, Pidsley R, et al. (juli 2015). "DNA methylation of oestrogen-regulated enhancers defines endocrine sensitivity in breast cancer". Nature Communications. 6: 7758. doi:10.1038/ncomms8758. PMC 4510968. PMID 26169690.

Dopunska literatura uredi

Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=VXN&oldid=3580717"