Cinkov prst

Cinkovi prsti su mali proteinski strukturni motivi koji mogu da tvore koordinatne veze sa jednim ili više iona cinka koji stabiliziraju njihovu strukturu. Svrstavaju se u nekoliko različitih strukturnih familija, tj. proteina cinkovog prsta.

Tipski cinkovi prsti su moduli koji ulaze i unterakcije sa DNK, RNK, proteinima, ili malim molekulama. Izvorno, naziv „cinkov prst“ je označavao prstolike forme na dijagramima pretpostavljenih struktura ponavljajućih jedinica vodozemca Xenopus laevis transkripcijskog faktora GTF3A.^[1]^[2]

Klase cinkovog prsta uredi

Budući da su kompleksi iona cinka i [aminokiselina|[aminokiselinskih]] ostataka cisteina i histidina, cinkovi prsti se klasificiraju po tipu i redu ostataka koji koordiniraju cink, odnosno Cys₂His₂, Cys₄, i Cys₆. Sistematičnija je klasifikacija u različite grupe prema savijanju, tj. na osnovu sveukupnog oblika proteinske osnove. Najčešće grupe savijanja cinkovih prstiju su Cys₂His₂-slični („klasični cinkov prst“), trostruki ključ, i cinkova traka.^[3]

Moguće strukture cinkovog prsta

Grupa	Reprezentativna struktura	Plasman liganda
Cys₂His₂		Dva liganda formiraju zglavak, a dva dodatna C terminus heliksa.
Gag zglavak		Dva liganda formiraju zglavak, a dva dodatna kratki heliks ili petlju.
Trostruki ključ		Dva liganda formiraju zglavak, a dva dodatna N terminus heliksa.
Cinkova traka		Dva liganda formiraju dva zglavka.
Zn₂/Cys₆		Dva liganda formiraju N terminus heliksa, a dva dodatna petlju.
TAZ2 domenu sličan		Dva liganda formiraju terminuse dva heliksa.

Reference uredi

^ Miller J., McLachlan A. D., Klug A. (1985): Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes. EMBO J., 4 (6): 1609–1614.
^ Hanas J. S., Hazuda D. J., Bogenhagen D. F., Wu F. Y,, Wu C. W. (1983). Xenopus transcription factor A requires zinc for binding to the 5 S RNA gene. J. Biol. Chem., 258 (23): 14120–14125. PMID 6196359.
^ Krishna S. S., Majumdar I., Grishin N. V. (2003): Structural classification of zinc fingers: survey and summary. Nucleic Acids Res., 31 (2): 532–550.

Vanjski linkovi uredi

McDowall J. Protein mjeseca: Cinkovi prsti, European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
Molecule of the Month: Zinc Fingers Arhivirano 31. 5. 2008. na Wayback Machine, Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank (PDB)
C2H2 family Arhivirano 15. 2. 2016. na Wayback Machine at PlantTFDB: Plant Transcription Factor Database Arhivirano 22. 4. 2016. na Wayback Machine
McDowall J. "Protein of the Month: Zinc Fingers". European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). Pristupljeno 13. 1. 2008.
Goodsell DS. "Molecule of the Month: Zinc Fingers". Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank (PDB). Arhivirano s originala, 31. 5. 2008. Pristupljeno 13. 1. 2008.
The double helix between the zinc finger
Zinc Finger Tools design and information site
Human KZNF Gene Catalog
Zinc finger C2H2-type domain Arhivirano 13. 4. 2020. na Wayback Machine in Prosite
Entry for zinc finger class C2H2 in the SMART database
The Zinc Finger Consortium
ZiFiT- Zinc Finger Design Tool
Zinc Finger Consortium Materials from Addgene
Predicting DNA-binding Specificities for C2H2 Zinc Finger Proteins

[1] Miller J., McLachlan A. D., Klug A. (1985): Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes. EMBO J., 4 (6): 1609–1614.

[2] Hanas J. S., Hazuda D. J., Bogenhagen D. F., Wu F. Y,, Wu C. W. (1983). Xenopus transcription factor A requires zinc for binding to the 5 S RNA gene. J. Biol. Chem., 258 (23): 14120–14125. PMID 6196359.

[3] Krishna S. S., Majumdar I., Grishin N. V. (2003): Structural classification of zinc fingers: survey and summary. Nucleic Acids Res., 31 (2): 532–550.

[1]

[2]

[3]