Razlika između verzija stranice "DEAH-kutijska helikaza 8"

DEAH-kutijska helikaza 8
Dostupne strukture
PDB	Pretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova
	2EQS, 3I4U
Identifikatori
Aliasi	DHX8
Vanjski ID-jevi	OMIM: 600396 MGI: 1306823 HomoloGene: 3628 GeneCards: DHX8
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 17 (čovjek)
Kraj	43,610,338 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 11 (miš)
Kraj	101,658,184 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• nucleotide binding; • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • ATP binding; • GO:0008026 helicase activity; • hydrolase activity; • vezivanje identičnih proteina; • nucleic acid binding; • vezivanje sa RNK; • GO:0034459 3'-5' RNA helicase activity;
Ćelijska komponenta	• catalytic step 2 spliceosome; • spliceosomal complex; • jedro; • nukleoplazma; • citoplazma; • nuclear body; • U2-type catalytic step 2 spliceosome;
Biološki proces	• mRNA processing; • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing; • Prerada RNK; • mRNA splicing, via spliceosome; • spliceosomal complex disassembly;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	1659
	217207
	ENSG00000067596
	ENSMUSG00000034931
	Q14562; Q05CV4
	A2A4P0
NM_001302623; NM_004941; NM_001322216; NM_001322217; NM_001322218;
	NM_001322219; NM_001322220; NM_001322221
	NM_144831
NP_001289552; NP_001309145; NP_001309146; NP_001309147; NP_001309148;
	NP_001309149; NP_001309150; NP_004932; NP_001289552.1; NP_004932.1
	NP_659080
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Novija izmjena →

Uklonjeni sadržaj Dodani sadržaj

VizualnoWikitekst

U redovima

Verzija na dan 7 januar 2022 u 16:30

DEAH-kujtijska helikaza 8, jest protein/enzim koji je kod ljudi kodiran genom DHX8 sa hromosoma 17. Ovaj protein je član porodice polipepti DEAH-kutije. Glavna karakteristika ove grupe je njihov konzervirani motiv DEAH (Asp- Glu- Ala- His).^[5] Širok spektar RNK-helikaza pripada ovoj porodici. Konkretno, DHX8 djeluje kao ATP-zavisna RNK-helikaza, uključena u splajsing i regulaciju oslobađanja prerađenih iRNK iz splajsosoma iz jedra.^[6] Objavljene studije su pokazale posljedice mutacija DHX8, aneke od njih su kritične za biološke procese kao što je hematopoeza i povezane su s nekim bolestima..^[7]^[8]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.220 aminokiselina, a molekulska težina 139.315 Da. ^[9]

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MAVAVAMAGA	LIGSEPGPAE	ELAKLEYLSL	VSKVCTELDN	HLGINDKDLA
EFVISLAEKN	TTFDTFKASL	VKNGAEFTDS	LISNLLRLIQ	TMRPPAKPST
SKDPVVKPKT	EKEKLKELFP	VLCQPDNPSV	RTMLDEDDVK	VAVDVLKELE
ALMPSAAGQE	KQRDAEHRDR	TKKKKRSRSR	DRNRDRDRDR	ERNRDRDHKR
RHRSRSRSRS	RTRERNKVKS	RYRSRSRSQS	PPKDRKDRDK	YGERNLDRWR
DKHVDRPPPE	EPTIGDIYNG	KVTSIMQFGC	FVQLEGLRKR	WEGLVHISEL
RREGRVANVA	DVVSKGQRVK	VKVLSFTGTK	TSLSMKDVDQ	ETGEDLNPNR
RRNLVGETNE	ETSMRNPDRP	THLSLVSAPE	VEDDSLERKR	LTRISDPEKW
EIKQMIAANV	LSKEEFPDFD	EETGILPKVD	DEEDEDLEIE	LVEEEPPFLR
GHTKQSMDMS	PIKIVKNPDG	SLSQAAMMQS	ALAKERRELK	QAQREAEMDS
IPMGLNKHWV	DPLPDAEGRQ	IAANMRGIGM	MPNDIPEWKK	HAFGGNKASY
GKKTQMSILE	QRESLPIYKL	KEQLVQAVHD	NQILIVIGET	GSGKTTQITQ
YLAEAGYTSR	GKIGCTQPRR	VAAMSVAKRV	SEEFGCCLGQ	EVGYTIRFED
CTSPETVIKY	MTDGMLLREC	LIDPDLTQYA	IIMLDEAHER	TIHTDVLFGL
LKKTVQKRQD	MKLIVTSATL	DAVKFSQYFY	EAPIFTIPGR	TYPVEILYTK
EPETDYLDAS	LITVMQIHLT	EPPGDILVFL	TGQEEIDTAC	EILYERMKSL
GPDVPELIIL	PVYSALPSEM	QTRIFDPAPP	GSRKVVIATN	IAETSLTIDG
IYYVVDPGFV	KQKVYNSKTG	IDQLVVTPIS	QAQAKQRAGR	AGRTGPGKCY
RLYTERAYRD	EMLTTNVPEI	QRTNLASTVL	SLKAMGINDL	LSFDFMDAPP
METLITAMEQ	LYTLGALDDE	GLLTRLGRRM	AEFPLEPMLC	KMLIMSVHLG
CSEEMLTIVS	MLSVQNVFYR	PKDKQALADQ	KKAKFHQTEG	DHLTLLAVYN
SWKNNKFSNP	WCYENFIQAR	SLRRAQDIRK	QMLGIMDRHK	LDVVSCGKST
VRVQKAICSG	FFRNAAKKDP	QEGYRTLIDQ	QVVYIHPSSA	LFNRQPEWVV
YHELVLTTKE	YMREVTTIDP	RWLVEFAPAF	FKVSDPTKLS	KQKKQQRLEP
LYNRYEEPNA	WRISRAFRRR

Struktura

Aminokiselinska sekvenca DHX8 i njegova sekundarna struktura.^[10]

Protein DHX8 je dio proteinskog kompleksa zvanog splajsosom, koji je zadužen za preradu pre-iRNK. Splajsosom ima osam glavnih funkcionalnih stanja, svako sa različitim sastavom i strukturom; pet od osam stanje je strukturno okarakterisano.^[11]

DHX8 ima različite domene: S1-RNK vezujući domen (DEAD/DEAH kutija), helikazni konzervirani C-terminalni domen, domen povezan s helikazom (HA2) i oligonukleotid/oligosaharid-vezujući OB)- preklopni domen (svaki prerađen sa unutrašnje poremećenim regijana).^[12]

Postoje neke regije proteina koji su veoma važne za njegovu aktivnost, kao što je R620 i regioni sa kukom i zaokretom. Također, DHX8Δ547 je katalitskki aktivno jezgro proteina DHX8. Sastoji se od dva RecA domena i C-terminalnog WH, ustavljački OB-nabrani domena i N-terminalnu regiju.^[10]

Ukupna težina DHX8 strukture je 156580,13 Da.

Sekundarna struktura:

36% alfa-heliksa: 26 heliksa i 246 ostataka
16% beta-listova: 29 lanaca i 110 ostataka.^[10]

Funkcija

DHX8 je lokalizovan u ćelijskom jedu i stimuliran prisustvom RNK. Ovaj protein je komponenta splajsosoma, tako da učestvuje u pereradipre-iRNK.^[10] Splajsing je proces spajanja egzona iz primarnih transkripata iRNK i eliminacije intronskih sekvenci, pomoću splajsosomnog mehanizma, tako da je proizvedena iRNK bez introna, koja se sastoji isključivo od spojenih egzona.^[13] Prerada se završava rastavljanjem splajsosomnog kompleksa i oslobađanjem rezultirajućih zrelih RNK-a do vanjskog dijela jedra, ovisno o ATP-u.^[14] Splajsosom zahtijeva konformacijske promjene da bi mogao katalizirati reakcije spajanja i kasnije zrelih iRNK koje se oslobađaju na vanjski dio jedra. Jedna od ATP-ovisnih helikaza potrebnih za ove konformacijske promjene je DHX8. Nadalje, DHX8 ima ključnu ulogu u oslobađanju, olakšavanju jedarnog eksporta prerađene iRNK. Karakterizacija proteina je pokazala da DHX8 ima prednost vezanja za RNK bogate adeninom. Ovo vezivanje je praćeno hidrolizom ATP-a i time oslobađanjem ADP-a.^[10]

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000067596 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000034931 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "DHX8 Gene - GeneCards | DHX8 Protein | DHX8 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 2019-10-20.
^ "DHX8 - ATP-dependent RNA helicase DHX8 - Homo sapiens (Human) - DHX8 gene & protein". UniProt. Pristupljeno 2019-10-20.
^ English MA, Lei L, Blake T, Wincovitch SM, Sood R, Azuma M, et al. (May 2012). "Incomplete splicing, cell division defects, and hematopoietic blockage in dhx8 mutant zebrafish". Developmental Dynamics. 241 (5): 879–89. doi:10.1002/dvdy.23774. PMC 3328592. PMID 22411201.
^ Dziuba N, Ferguson MR, O'Brien WA, Sanchez A, Prussia AJ, McDonald NJ, et al. (October 2012). "Identification of cellular proteins required for replication of human immunodeficiency virus type 1". AIDS Research and Human Retroviruses. 28 (10): 1329–39. doi:10.1089/aid.2011.0358. PMC 3448097. PMID 22404213.
^ "UniProt, Q14562" (jezik: engleski). Pristupljeno 2022-01-07. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link)
^ ^a ^b ^c ^d ^e PDB 6HYU; Felisberto-Rodrigues C, Thomas JC, McAndrew C, Le Bihan YV, Burke R, Workman P, van Montfort RL (September 2019). "Structural and functional characterisation of human RNA helicase DHX8 provides insights into the mechanism of RNA-stimulated ADP release". The Biochemical Journal. 476 (18): 2521–2543. doi:10.1042/BCJ20190383. PMID 31409651.
^ Zhang X, Zhan X, Yan C, Zhang W, Liu D, Lei J, Shi Y (April 2019). "Structures of the human spliceosomes before and after release of the ligated exon". Cell Research. 29 (4): 274–285. doi:10.1038/s41422-019-0143-x. PMC 6461851. PMID 30728453.
^ "Protein: DHX8_HUMAN (Q14562)". Pfam.
^ "mRNA splicing, via spliceosome". Gene Ontology and GO Annotations. European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI).
^ "Spliceosomal Complex Disassembly". Gene Ontology and GO Annotations. European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI).

Vanjski linksovi

Q14562

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000067596 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000034931 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[5] "DHX8 Gene - GeneCards | DHX8 Protein | DHX8 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 2019-10-20.

[6] "DHX8 - ATP-dependent RNA helicase DHX8 - Homo sapiens (Human) - DHX8 gene & protein". UniProt. Pristupljeno 2019-10-20.

[English_2012-7] English MA, Lei L, Blake T, Wincovitch SM, Sood R, Azuma M, et al. (May 2012). "Incomplete splicing, cell division defects, and hematopoietic blockage in dhx8 mutant zebrafish". Developmental Dynamics. 241 (5): 879–89. doi:10.1002/dvdy.23774. PMC 3328592. PMID 22411201.

[Dziuba_2012-8] Dziuba N, Ferguson MR, O'Brien WA, Sanchez A, Prussia AJ, McDonald NJ, et al. (October 2012). "Identification of cellular proteins required for replication of human immunodeficiency virus type 1". AIDS Research and Human Retroviruses. 28 (10): 1329–39. doi:10.1089/aid.2011.0358. PMC 3448097. PMID 22404213.

[UniProt-9] "UniProt, Q14562" (jezik: engleski). Pristupljeno 2022-01-07. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link)

[Felisberto-Rodrigues_2019-10] PDB 6HYU; Felisberto-Rodrigues C, Thomas JC, McAndrew C, Le Bihan YV, Burke R, Workman P, van Montfort RL (September 2019). "Structural and functional characterisation of human RNA helicase DHX8 provides insights into the mechanism of RNA-stimulated ADP release". The Biochemical Journal. 476 (18): 2521–2543. doi:10.1042/BCJ20190383. PMID 31409651.

[11] Zhang X, Zhan X, Yan C, Zhang W, Liu D, Lei J, Shi Y (April 2019). "Structures of the human spliceosomes before and after release of the ligated exon". Cell Research. 29 (4): 274–285. doi:10.1038/s41422-019-0143-x. PMC 6461851. PMID 30728453.

[12] "Protein: DHX8_HUMAN (Q14562)". Pfam.

[13] "mRNA splicing, via spliceosome". Gene Ontology and GO Annotations. European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI).

[14] "Spliceosomal Complex Disassembly". Gene Ontology and GO Annotations. European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI).

[5]

[6]

[7]

[8]

[1]

[2]

[3]

[4]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]