Razlika između verzija stranice "FAM214A"

'''Protein FAM214A''', znan i kao '''porodica proteina sa sličnošći sekvence 214, A''' (FAM214A) je [[protein]] koji je kod [[ljudi]] [[kodon|kodiran]] [[gen]]om '''FAM214A'''. FAM214A je gen nepoznate funkcije, na lokusu q21.2-q21.3 [[hromosom 15|hromosoma 15]].<ref name="Gene Cards">{{cite web|title = Gene Cards: FAM214A family with sequence similarity 214, A|url = https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM214A&search=FAM214A}}</ref> [[Protein]]ski proizvod ovog gena ima dva konzervirana domena, jedan nepoznate funkcije (DUF4210) i drugu koja se zove hromosom_Seg.<ref name="FAM214A Protein">{{cite web|title=Protein FAM214A | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_062546.2|publisher=NCBI|accessdateaccess-date=2 Feb 2013}}</ref> Iako je funkcija proteina FAM214A neokarakterizirana, predviđa se da će i DUF4210 i hromosomu_Seg imati ulogu u segregaciji hromosoma za vrijeme [[mejoza]].<ref name=Domains>{{cite web|title=NCBI Conserved Domains|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi?INPUT_TYPE=live&SEQUENCE=NP_062546.2}}</ref>

Dužina [[polipeptid]]nog lanca je 1.076 [[aminokiselina]], a [[molekularna masa|molekulska težina]] 121.670 [[dalton (jedinica)|Da]].<ref name="UniProt">{{cite web|url=http://www.uniprot.org/uniprot/Q32MH5#sequences |title=UniProt, Q32MH5 |accessdateaccess-date=14. 7. 2021-07-14}}</ref>

[[Gen]] ''FAM214A'' nalazi se na negativnom lancu DNK (vidi [[Smislenost (genetika)|Smislenost]]) [[hromosom]]a 15 između položaja 52,873,514 i 53,002,014; tako je gen dug 97.303 [[bazni par|baznih parova]] (bp).<ref name="Gene Cards"/><ref name="Gene Loc">{{cite web|title=Gene Loc Map Region around Gene FAM214a|url=http://genecards.weizmann.ac.il/geneloc-bin/display_map.pl?chr_nr=15&range_type=gc_id&gc_id=GC15M053028&contig=|work=Gene Cards}}</ref><ref name="NCBI: FAM214A Gene">{{cite web|title=FAM214A family with sequence similarity 214, A|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?db=gene&cmd=retrieve&list_uids=56204|publisher=NCBI}}</ref> '' FAM214A '' je prethodno označen sa još dva pseudonima, poznata kao KIAA1370 i FLJ10980.<ref name = "Gene Cards"/> Predviđa se da sadrži 12 [[egzon]]a koji sadrže konačni transkript [[iRNK]] od 4.231 bp, nakon [[transkripcija (genetika)|transkripcije]].<ref name="NCBI: mRNA">{{cite web|title=Homo sapiens family with sequence similarity 214, member A (FAM214A), mRNA|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_019600.2|publisher=NCBI|date=2013-04-17. 4. 2013}}</ref> Upravo je ovaj iRNK proizvod preveden u konačni protein FAM214A uz pomoć [[promotor (genetika)|promotorske]] sekvence i [[transkripcijski faktor|transkripcijskih faktora]]. Promotor za sekvencu iRNK FAM214A predvidio je i analizirao program El Dorado na Genomatixu.<ref name="El Dorado">{{cite web|title=Genomatix: El Dorado|url=http://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/main.pl|work=Genomatix}}</ref> Ovaj promotor dug je 601 [[bazni par]] i obuhvata dio 5 'UTR.<ref name = "El Dorado"/>

Smatra se da je FAM214A sveprisutan (ili vrlo blizu tom) eksprimiran u niskim nivoima, prema brojnim izvorima kao što su ''BioGPS'' i ''Expression Atlas''.<ref name="GeneCards Expression">{{cite web|title=FAM214A Gene Expression from Gene Cards|url=https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM214A&search=FAM214A#expression|work=Gene Cards}}</ref><ref name=BioGPS>{{cite web|title=FAM214A Gene Expression from BioGPS|url=http://biogps.org/#goto=genereport&id=56204|work=BioGPS}}</ref><ref name="Expression Atlas">{{cite web|title=FAM214A Gene Expression From Expression Atlas|url=http://www.ebi.ac.uk/gxa/gene/ENSG00000047346|archive-url=https://archive.today/20130616094231/http://www.ebi.ac.uk/gxa/gene/ENSG00000047346|url-status=dead|archive-date=2013-06-16. 6. 2013}}</ref> Kao što se može videti na donjoj BioGPS slici, postoji značajno viši nivo ekspresije u imuno-povezanim ćelijama i tkivima, što sugerira imunsku ulogu; međutim, nije bilo konkretnih dokaza ''[[in situ]]'' koji podupiru ovu tvrdnju. Podaci o ekspresiji prikupljeni su iz brojnih studija izvedenih na širokom spektru gena, pa su neki podaci kontradiktorne prirode.

Funkcija proteina FAM214A kod ljudi još uvijek nije poznata; međutim, postoje tri funkcionalna udružena pojma, uključujući ''biološki proces'', ''ćelijsku komponentu'' i ''molekulsku funkciju'', koji opisuju funkciju ovog proteina u bazi ''Gene Ontology'' koja predviđaju implikacije njegove primarne funkcije ''[[in vivo]]''.<ref name=Gene_Ontology>{{cite web|title=The Gene Ontology|url=http://www.geneontology.org/}}</ref><ref name=Gene_Ontology_Term_Associations>{{cite web|title=The Gene Ontology: Term Associations|url=http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/gp-assoc.cgi?gp=MGI:MGI:2387648&session_id=9844amigo1367648742}}</ref> Proteinski proizvod FAM214A sastoji se od 1.076 [[aminokiselina]] (aa), a predviđa se da ima molekulsku masu od 121.700 [[Dalton (jedinica)|Da]] i ima [[izoelektrična tačka|izoelektričnu tačku]] oko [[pH]] 7,7.<ref name="FAM214A Protein" /><ref name=SAPS>{{cite web|title=Biology Workbench: SAPS|url=http://workbench.sdsc.edu/}}</ref><ref name="Isoelectric Point">{{cite journal|last1=Kozlowski|first1=LP|title=IPC - Isoelectric Point Calculator.|journal=Biology Direct|date=2016|volume=11|issue=1|pages=55|pmid=27769290|doi=10.1186/s13062-016-0159-9|url=http://isoelectric.ovh.org/|pmc=5075173|access-date=2016-12-16. 12. 2016|archive-url=https://web.archive.org/web/20130429005222/http://isoelectric.ovh.org/|archive-date=2013-04-29. 4. 2013|url-status=dead}}</ref> Predviđa se da će ovaj protein ostati u jedru i nakon transkripcije na osnovu nedostatka sekvence [[signalni peptid|signalnog peptida]] i predviđenog programa PSORTII. Zbog [[alternativna prerada RNK|alternativne prerade]], dvije druge [[izoforme]] ( Q32MH5-2 i Q32MH5-3) neznatno se razlikuju od primarnog proizvoda.<ref name=UniProt>{{cite web|title=Protein FAM214A - Homo sapiens (Human)|url=https://www.uniprot.org/uniprot/Q32MH5#section_alternative|work=UniProt}}</ref> Izoforma 2 ima četiri različite aminokiseline iz baza 960-960 i nedostaje joj kraj sekvence baza 964-1076. Izoforma 3 ima sedam dodatnih aminokiselina na početju sekvence, nakon [[metionin]]a .<ref name = UniProt/>

Nakon translacije, predviđa se da će protein FAM214A ostati u jedru, pomoću više tipova potprograma na PSORT II.<ref name="PSORT II">{{cite web|title=PSORT II Prediction|url=http://psort.hgc.jp/form2.html}}</ref> Ovaj protein ima pat4 signal, jedan od dva "klasična" [[siglal jedarne loklizacije|signala jedarne lokalizacije]] (NLS), počevši od ostatka 709.<ref name="PSORTII NLS">{{cite web|title=PSORT II NLS|url=http://psort.hgc.jp/psort/helpwww2.html#nuc|work=PSORT}}</ref> Iako nema drugu "klasičnu" NLS, pat7, kao ni "neklasičnu" dvodijelnu NLS, i dalje se predviđa da će biti usmjerena na jedeu, prema rezultatu NCNN-a.<ref name="PSORTII NLS" /><ref name=NCNN>{{cite journal | vauthors = Reinhardt A, Hubbard T | title = Using neural networks for prediction of the subcellular location of proteins | journal = Nucleic Acids Research | volume = 26 | issue = 9 | pages = 2230–6 | date = Maymaj 1998 | pmid = 9547285 | pmc = 147531 | doi = 10.1093/nar/26.9.2230 }}</ref> Ovaj rezultat, na osnovu aminokiselinske sekvence, predviđa da li je protein usmjeren na jedro ili [[citoplazma|citoplazmu]]. Za protein FAM214A, NCNN rezultat predviđa jedarnu lokalizaciju sa 94,1% sigurnosti. Na osnovu ovih informacija, PSORT generira sveukupno predviđanje subčelijsje lokalizacije proteina. Za FAM214A, predviđene vrijednosti bile su 69,6% za jedro, u odnosu na 13,0% za [[mitohondrije]], 8,7% za citoplazmu i 4,3% za sekretorne [[vezikule]] i [[endoplazmatski retikulum]].

Ovaj protein najvjerojatnije ne podliježe značajnom broju posttranslacijskih modifikacija zbog nedostatka signalnih peptidnih sekvenci, predviđenih prema NetNGlyc i NetOGlyc na ExPASy web serveru.<ref name=NetNGlyc>{{cite web|title=NetNGlyc|url=http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/|work=ExPASy}}</ref><ref name=NetOGlyc>{{cite web|title=NetOGlyc|url=http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/|work=ExPASy}}</ref> To je zato što velik dio unutarćelijskih mehanizama za [[posttranslacijske modifikacije]] zahtijeva da se protein kreće kroz [[organele]] kao što su [[endoplazmatski retikulum]] i [[Golgijev aparat]]. Bez signalne peptidne sekvence, protein uglavnom ne napušta jedro, što je predvidio PSORT II, kako je gore opisano.

SAPS analiza ovog proteina izvedena je prema bazi podataka swp23s.q, koja je ukazala na prisustvo abnormalno velikog broja [[serin]]skih aminokiselina i abnormalno malog broja aminokiseline [[alanin]]a u ovom proteinu.<ref name="SAPS"/> Prema preglednom članku Fayarda et al., fosfoinozitid-ovisna kinaza 2 (PDK2) je [[serin/treonin kinaza]] koja je važna za regulaciju [[ćelijski ciklus|ćelijskog ciklusa]]. Budući da protein FAM214A ima veći broj serinskih skupina nego što se smatra normalnim, postoji mogućnost da PDK2 ima važan učinak na ovaj protein.<ref name="Protein Kinase B/Akt at a glance">{{cite journal | vauthors = Fayard E, Tintignac LA, Baudry A, Hemmings BA | title = Protein kinase B/Akt at a glance | journal = Journal of Cell Science | volume = 118 | issue = Pt 24 | pages = 5675–8 | date = Decemberdecembar 2005 | pmid = 16339964 | doi = 10.1242/jcs.02724 | doi-access = free }}</ref> Da bi se utvrdilo da li se pretjeranom broju serina zapravo predviđa [[fosforilacija]], sekvenca proteina pokrenuta je kroz program NetPhos sa web servera ExPASy.<ref name=NetPhos>{{cite web|title=NetPhos|url=http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/|work=ExPASy}}</ref> This program predicted the phosphorylation of 69 serines, 14 threonines, and 9 tyrosines.<ref name=NetPhos /> Prema SAPS analizi, ima ukupno ili 134 serina, što ukazuje da se predviđa da će ih približno polovina biti fosforilirana ''[[in vivo]]''. Dijagram predviđanja fosforilacije prikazan je desno.

Još jedan tip posttranslacijske modifikacije za protein FAM214A predvidio je program NetCorona na ExPASy.<ref name=NetCorona>{{cite web|title=NetCorona|url=http://www.cbs.dtu.dk/services/NetCorona/|work=ExPASy}}</ref> Program je predvidio jedno mjesto cijepanja, između položaja 214 i 215 u sekvenci proteina FAM214A, nakon translacije.

Brojna su [[mjesta vezanja]] [[faktor transkripcije|faktora transkripcije]] predviđeni za promotivnu sekvencu FAM214A.<ref name = "El Dorado"/> Nekoliko od onih sa najvećim predviđenim pouzdanjem dato je u donjoj tabeli. <ref name = "El Dorado"/>'''

<big>'''Mogući faktori transkripcije sa predviđanjem da će se vezati za promotivnu sekvencu FAM214A'''</big>

[[slika:FAM214A Secondary Structure.png|thumb|200px|right|Mali postotak tercijarne strukture FAM214A<ref name=PHYRE />]]

Sekundarna struktura proteina FAM214A sastoji se od velikog broja [[alfa-heliks]] ai [[beta-list]]ova kako su predviđali Biology Workbench i PHYRE ('''P''' rotein '''H''' omology / analog ''' Y''' ''' R'''ecognition '''E '''ngine).<ref name=PHYRE>{{cite web|title=PHYRE Protein Fold Recognition Server|url=http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre/}}</ref><ref name="Biology Workbench">{{cite web|title=Biology Workbench|url=http://workbench.sdsc.edu/}}</ref> Program PHYRE predviđa da je 66% sekundarne strukture FAM214A poremećeno i stoga ne može biti analizirano i pretvoreno u predviđanje tercijarne strukture. <Refref name = PHYRE /> Bilo je; međutim, sposoban predvidjeti približno 10 posto strukture proteina sa 95 posto značajnosti. <ref name = PHYRE /> Dijagram za to prikazan je slijeva. <ref name = PHYRE />

Unutar proteina FAM214A postoje tri dobro konzervirane regije. To uključuje dobro konzerviranu regiju u blizini [[N-kraj]]a proteina i dva [[konzervirani domen|konzervirana domena]], uključujući domenu nepoznate funkcije 4210 (DUF4210) i domen hromosom_Seg u blizini [[C-kraj]]s .<ref name = "Domains"/> Shematski dijagram ove tri regije prikazan je u nastavku. Nije predviđeno da dobro konzervirano područje u blizini N-kraja proteina sadrži bilo kakve poznate domene ili motive; međutim, mjesto cijepanja koje je predviđao NetCorona gore nalazi se unutar ove regije i dobro je konzervirano u većini proteina ortologa FAM214A.<ref name = NetCorona /> Dva konzervirana domena na kraju ovog proteina su najvažniji dio peptida, zasnovano na evolucijskoj historiji. Svi organizmi u gornjoj tabeli ortologa, osim kljunara (kojem nedostaje domen hromosom_Seg) sadrže oba ova konzervirana domena unutar svoje proteinske sekvence.<ref name = "Domains"/> [[slika:FAM214A Protein Schematic.PNG|thumb|center|600px|Shema FAM214A proteina ''[[Homo sapiens]]'' sa dijagramom dobrokonzerviranih regija i njihovih lokacija]]

[[Kategorija: Geni na hromosomu 15]]

[[Kategorija: Ljudski proteini]]