Razlika između verzija stranice "Antiparalelnost (biohemija)"

[nepregledana izmjena][nepregledana izmjena]
Uklonjeni sadržaj Dodani sadržaj
mNo edit summary
m razne ispravke
Red 1:
[[Datoteka:Beta sheet bonding antiparallel-color.svg|thumb|120px|Antiparalelne veze dva lanca [[beta-list]]a]]
'''Antiparalelnost''' i '''antiparalele''', '''antiparalelizam''' – u [[biohemija|biohemiji]] – je pojava kada se dva [[polimer|biopolimera]] pružaju [[paralela (geometrija)| paralelno]] jedni, ali sa suprotnim [[usmjerenost (genetika) | usmjerenjem]] (poravnanjem). Primjer su dva [[komplementarnost (molekularna biologija) | komplementarna]] lanca [[DNK]], dvostruke zavojnice, koji međusobno [[usmjerenost (genetika)|imaju suprotne smjerove]] .
 
== Nukleinske kiseline ==
Molekule [[nukleinske kiseline|nukleinskih kisline]] imaju [[fosforil]] (5') kraj i [[hidroksil]] (3') kraj. Ovaj zapis slijedi iz [[IUPAC nomenklatura organske hemije | nomenklature organske hemije]] i može se koristiti za neproizvoljan način kretanja enzima kao što je [[DNK polimeraza]], u odnosu na lanac DNK.
 
=== G-kvadripleksi ===
[[Datoteka:G-quadruplex (G4) structure.png|thumb|283x283px| Različiti tipovi topologije u G-četverostrukom, propelerskom, bočnom i dijagonalnom položaju.]]
[[G-kvadripleks]]i, poznati i kao G4 DNK su sekundarne strukture koje se nalaze u nukleinskim kiselinama koje su bogate [[guanin]]om.<ref>{{cite journal | vauthors = Routh ED, Creacy SD, Beerbower PE, Akman SA, Vaughn JP, Smaldino PJ | title = A G-quadruplex DNA-affinity Approach for Purification of Enzymatically Active G4 Resolvase1 | language = en | journal = Journal of Visualized Experiments | issue = 121 | pages = e55496 | date = Marchmart 2017 | pmid = 28362374 | doi = 10.3791/55496 | url = https://www.jove.com/video/55496/a-g-quadruplex-dna-affinity-approach-for-purification-enzymatically | pmc = 5409278 }}</ref> Te strukture obično su smještene na [[telomera]]ma (krajevima [[hromosom]]a). G-kvadripleks može biti paralelni ili antiparalelni, ovisno o konfiguraciji petlje, koja je komponenta strukture. Ako se svi lanci DNK kreću u istom smjeru, to se naziva paralelnim kvadripleksom i poznat je kao preokret lanca/propelerska struktura, koja povezuje susjedne paralelne lance. Ako jedan ili više lanaca DNK idu u suprotnom smjeru, on se naziva antiparalelnim kvadripleksom i može biti u obliku bočnog / rubnog, povezujući susjedne antiparalelne niti, ili dijagonalog, spajajući dvije dijagonalno suprotne niti.<ref>{{cite journal | vauthors = Burge S, Parkinson GN, Hazel P, Todd AK, Neidle S | title = Quadruplex DNA: sequence, topology and structure | journal = Nucleic Acids Research | volume = 34 | issue = 19 | pages = 5402–15 | date = 1. 4. 2017-04-01 | pmid = 17012276 | pmc = 1636468 | doi = 10.1093/nar/gkl655 }}</ref> Struktura ovih G-kvadrupleksa može se odrediti pomoću kationa.
 
===Replikacija DNK===
{{Glavni|Replikacija DNK}}
U DNK, 5'[[ugljik]] nalazi se na vrhu [[vodeći lanac|vodećeg lanca]], a 3' ugljik se u donjem dijelu [[spori lanac|sporog lanca]]. [[nukleinske kiseline|Sekvence nukleinskih kiselina]] su komplementarne i paralelne, ali idu u suprotnim smjerovima, odatle i antiparalelno označavanje DNK.<ref name=knex>{{cite web | last = Benson | first = Gary| title = Anti-Parallel Strands | url = http://tandem.bu.edu/knex/anti.parallel.knex.html | work = K*Nex DNA Modeling | publisher = Boston University | accessdate = 12. December12. 2011 | archive-url = https://web.archive.org/web/20191022202559/http://tandem.bu.edu/knex/anti.parallel.knex.html | archive-date = 22. October10. 2019 | url-status = dead }}</ref> Antiparalelna struktura DNK je važna za [[replikacija DNK|replikaciju DNK]], jer ona replicira vodeći lanac u jednom, a zaostali u drugom. Tokom replikacije, vodeća lanac se replicira kontinuirano, dok se zaostali replicira u segmente poznate kao [[Okazakijev fragment|Okazakijevi fregmenti]].
 
==== Antiparalelizam u biohemiji ====
Važnost antiparalelne strukture dvostruke zavojnice DNK je zbog njenih vodikovih veza između komplementarnih dušičnih [[bazni par|parova baza]]. Ako bi struktura DNK bila paralelna, veza vodika ne bi bila moguća, jer bazni parovi ne bi bili upareni na poznati način.<ref>{{Cite web|url=http://www.madsci.org/posts/archives/1998-11/910892899.Mb.r.html|title=Re: Why are the two strands of a DNA molecule antiparallel?|last=PhD|first=Kenneth P MItton|website=www.madsci.org|language=en|access-date=6. 4. 2017-04-06}}</ref> Četiri osnovna para su: [[adenin]], [[guanin]], [[citozin]] i [[timin]], pri čemu se adenin komplementira sa timinom, a gvanin je komplemenaran citozinu. [[Transkripcija (biologija) | Transkripcija]] bi bila još jedan problem, ako bi struktura DNK bila paralelna, bez smisla da se informacije čitaju iz DNK. To bi dalje dovelo do proizvodnje netačnih proteina.<ref>{{Cite web|url=http://biology.stackexchange.com/questions/27839/why-is-dna-antiparallel-can-it-be-parallel|title=why is DNA antiparallel? Can it be parallel?|website=biology.stackexchange.com|access-date=6. 4. 2017-04-06}}</ref>
 
== Polipeptidi ==
[[peptid|Polipeptidi]] imaju [[N-kraj]] i [[C-kraj]], koji se odnose na krajeve polimera na način koji odražava smjer u kojem je polimer bio [[biosinteza proteina | sintetiziran]]. Hronološki slijed svake [[aminokiselina|aminokiselinske]] [[monomer| podjedinice]] osnova je za [[usmjerenost (molekularna biologija) |usmjereno]] označavanje u polipeptidima; zadati [[struktura proteina | protein]] može se predstaviti kao njegov skup jedinstvenih [[aminokiselina| aminokiselinskih skraćenica]] unutar N-kraja i C-kraja
 
=== Beta list ===
[[Datoteka:Beta sheets.svg|thumb|440x440px| Antiparalelni i paralelni beta list]]
Mnogi proteini mogu usvojiti [[beta list]] kao dio svoje [[sekundarna struktura proteina | sekundarne strukture]]. U beta listovima, dijelovi pojedinog polipeptida mogu se nalaziti jedan pored drugog i antiparalelno jedan drugom, kako bi se omogućila [[vodikova veza]] između njihovih [[skeletni lanac|skeletnih lanaca]]. Beta listovi također mogu biti sa paralelnom ili antiparalelnom sekundarnom strukturom. Međutim, antiparalelni beta list je znatno stabilniji od paralelne strukture zbog svojih dobro poravnatih H-veza koje su pod uglom od 90 °.<ref>{{cite web | url = http://www.chembio.uoguelph.ca/educmat/phy456/456lec01.htm | title = Secondary structure of Proteins | website = www.chembio.uoguelph.ca | access-date = 1. 4. 2017-04-01 }}</ref>
 
== Reference ==