Muhamed Filipović je za vrijeme SFRJ bio izbačen iz KPJ (Komunističke partije Jugoslavije), zbog toga što je pokušao iznjeti svoj stav. Filipović je bio jedan od osnivača bosanskohercegovačke političke partije [[SDA|Stranke demokratske akcije]] (SDA), gdje je bio član sve do 1990. Nakon toga osniva s [[Adil Zulfikarpašić|Adilom Zulfikarpašićem]] [[MBO|Muslimansku bošnjačku organizaciju]] (MBO).<ref name="balkanbluz">[http://www.montenegro.org.au/Balkan_bluz.html "Balkan bluz"]''montenegro.org.au'', pristupljeno: 3. 8.2014</ref> Tokom [[Rat u Bosni i Hercegovini|Rata u Bosni i Hercegovini]], bio je ambasador [[Republika Bosna i Hercegovina|Republike Bosne i Hercegovine]] u [[Ujedinjeno Kraljevstvo|Ujedinjenom Kraljevstvu]].<ref name="OgnjenovićJozelić2014">{{cite book|author1=Gorana Ognjenović|author2=Jasna Jozelić|title=Politicization of Religion, the Power of State, Nation, and Faith: The Case of Former Yugoslavia and Its Successor States|url=https://books.google.com/books?id=Qb2YBgAAQBAJ&pg=PA30|date=17 December 2014|publisher=Palgrave Macmillan|isbn=978-1-137-47786-6|pages=30–}}</ref> Zajedno sa Adilom Zulfikarpašićem učestvovao u neuspjelim pregovorima jula 1991. sa tadašnjim vodstvom [[Srpska demokratska stranka|SDS]]-a o budućnosti [[Socijalistička Republika Bosna i Hercegovina|SRBiH]] unutar [[Savezna Republika Jugoslavija|Jugoslavije]] ([[Sporazum Karadžić–Filipović]]).
