Razlika između verzija stranice "Molekularni sat"
[pregledana izmjena] | [pregledana izmjena] |
Uklonjeni sadržaj Dodani sadržaj
m Vraćene izmjene korisnika Che Gevarabos (razgovor) na posljednju izmjenu korisnika C3r4 oznaka: vraćanje |
m clean up, replaced: → (5) using AWB |
||
Red 1:
{{Evolucija|expanded=Procesi i ishodi}}
'''Molekularni sat''' je tehnika koja za procjenu prahistorijske hronologije koristi stope mutacija [[molekula|biomolekula]], kada su dva ili više oblika života međusobno [[Genetička divergencija
== Rana otkrića i genetička ekvidistanca ==
Ideja o postojanju i pojmu tzv. "molekularnog sata" se pripisuje [[Emile Zuckerkandl|Emilu Zuckerlandlu]] i [[Linus Pauling|Linusu Paulingu]] koji su, [[1962]]. godine, primijetili je da se broj razlika u [[aminokiselina]]ma [[hemoglobin]]a između različitih biološkihg loza mijenja otprilike [[linearna funkcija
Fenomen ''genetičke ekvidistance'' je prvi put naveo [[Emanuel Margoliash]], u [[1963]]., koji je napisao:
Red 10:
==Odnosi sa teorijom neutralizma==
Posmatranje stopa promjena koje liče na molekularni sat, prvobitno je bilo čisto [[fenomenologija (filozofija)
==Kalibracija==
Sam molekularni sat tek ukazuje da je jedan vremenski period dvostruko duži od drugog, ali ne može odrediti konkretno datiranje. Da bi se to postiglo, molekularni sat prvo mora biti [[kalibracija|kalibriran]] prema nezavisnim dokazima datiranja, kao što je [[fosil]]ni zapis. Za virusnu [[filogenetika|filogenetiku]] i studije [[drevna DNK|drevne DNK]] – dva područj evolucijske biologije, moguće je testirati sekvence preko evolucijske vremenske skale – za preciznije kalibriranje molekularnog sata mogu se koristiti datiranja intermedijernog uzoraka.<ref name=Benton01>{{cite journal |author=Benton, M. J. and Donoghue, P. C. J. |year=2007 |title= Paleontological evidence to date the Tree of Life|journal=Molecular Biology & Evolution|volume= 24|pages=26–53 |doi=10.1093/molbev/msl150 |pmid=17047029 |issue=1}}</ref>
== Nekonstantna stopa molekularnog sata ==
Ponekad se iz određenog fosila može procijeniti samo jedna varijanta datiranja divergencije, a sva ostala datiranja se mogu izvesti iz toga. Ostali setovi vrsta imaju na raspolaganju bogatstvo uzoraka fosila, omogućavajući da se ispituju konstantne stope divergencije [[MCH]].
Unatoč takvoj varijaciji u stopi pomjena genoma, od ranih 1990-ih, varijacija među taksonima se pokazala kao plodno tlo za mnoga istraživanja, čak i više za relativno kratku evoluciju (na primjer [[ptice]] [[rugalica|rugalice]]). [[Procellariiformes
Prema Ayalinim istraživanjima [[1999]]. godine, kombinira pet faktora koji mogu ograničiti primjenu modela molekularnih satova.
Red 24:
* '''Veličina populacije''' ([[genetički drift]] je djelotvorniji u malim populacijama pa je više mutacija posljedično neutralna).
* '''Specifične međuspecijske razlike''' (uzrokovane metabolizmom ecologijom, evolucijskom historijom i sl.)
* '''Promjene u funkciji proučavanih proteina''' (mogu se izbjeći u blisko srodnih vrsta, koristeći sekvence [[nekodirajuća
* '''Promjene u intenzitetu [[selekcija|prirodnog odabiranja]]'''.
[[Datoteka:Molecular evolution bamboos.svg|thumb|350px|alt= Filogram koji pokazuje tri grupe, od kojih jedna ima izrazito duže grane od druge dvije |Šumski bambus (pleme ''[[Arundinaria]]'', ''[[Bambuseae]]'') ima duže generacijsko vrijeme i nižu stopu mutacija, kao što je izraženo kratkim granama u [[filogenetsko stablo|filogenetskom stablu]], nego što je [[brzina evolucije]] zeljastog bambusa (''[[Olyreae]]'').]]
Korisnici molekularnog sata razvili su rešenje rješenja koristeći brojne statističke pristupa, uključujući [[maksimalna vjerovatnoća|maksimalnu vjerovatnoću]] (''maximum likelihood'') i kasnije [[statistika predubjeđenja
Ideja o molekularnom satu pokreće posebne izazove u vrlo kratakim i vrlo dugim vremenskim okvirima. Na duge vremenske skale, problem je [[Saturacija (genetika)
U vrlo kratkom vremenu , mnoge razlike između uzoraka ne predstavljaju fiksaciju različitih sekvenci u različitim populacijama. Umjesto toga, oni predstavljaju alternativu [[alel]]a koji su bili prisutni kao dio polimorfizma kod zajedničkog pretka. Uključivanje razlike koje još nisu postali fiksirane dovodi do potencijalno dramatične inflacije prividne stope molekularnog sata u vrlo kratkimm rokovima.<ref>{{cite journal |doi=10.1093/molbev/msi145 |author=Ho SYW, Phillips MJ, Cooper A, Drummond AJ |year=2005 |title= Time dependency of molecular rate estimates and systematic overestimation of recent divergence times |journal=Molecular Biology & Evolution |volume=22 |issue=7 |pages=1561–1568 |pmid=15814826}}</ref><ref>{{cite journal |author=Peterson GI, Masel J| year=2009 |title=Quantitative Prediction of Molecular Clock and Ka/Ks at Short Timescales |journal=Molecular Biology & Evolution |pmid=19661199 |volume=26 |issue=11 |pmc=2912466 |pages=2595–2603| doi=10.1093/molbev/msp175}}</ref>
== Metodi==
Metod pristrasnosti može omogućiti mnogo pouzdanije procjene vremena divergencije, posebno na dugim vremenskim distancama – takvim koje doprinose [[filogenomika|filogenomici]].<ref name="Dos Reis2012">{{Cite journal | last1 = Dos Reis | first1 = M. | last2 = Inoue | first2 = J. | last3 = Hasegawa | first3 = M. | last4 = Asher | first4 = R. J. | last5 = Donoghue | first5 = P. C. J. | last6 = Yang | first6 = Z. | doi = 10.1098/rspb.2012.0683 | title = Phylogenomic datasets provide both precision and accuracy in estimating the timescale of placental mammal phylogeny | journal = Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences | volume = 279 | issue = 1742 | pages = 3491–3500 | year = 2012 | pmid =
==Primjena==
Tehnika molekularnog sata je važan alat u [[molekularna sistematika|molekularnoj sistematici]], upotrebi [[molekularna genetika|molekularno-genetičkih]] informacija da se utvrdi tačna [[naučna klasifikacija]] organizama ili da se istražuju varijacije snaga [[selekcija|prirodnog odabiranja]].
Poznavanje približno konstantne brzine molekularne evolucije posebno seta evolucijskih linija olakšava utvrđivanje datiranja [[filogenija
==Reference==
Red 49:
* [http://web.archive.org/web/20090213150149/http://rtis.com/nat/user/elsberry/evobio/evc/argresp/sequence.html Molecular clock explanation of the molecular equidistance phenomenon]
* [http://www.fossilrecord.net/dateaclade/index.html Date-a-Clade service for the molecular tree of life]
*http://www.springerlink.com/content/l1723tq0q2751215/fulltext.pdf
{{DEFAULTSORT:Molecular Clock}}
|