Humboldtova struja je hladna [[morska struja]] koja teče sjeverno uz zapadnu obalu [[Južna Amerika|Južne Amerike]], od južnog [[rt]]a [[Čile]]a do sjevera [[Peru]]a. Također se zove i Peruanska struja. Veliki morski [[ekosistem]] Humboldtove struje (LME), koja je nazvana po njemačkom prirodoslovcu Alexander von Humboldtu, jedan je od glavnih sistema uzlazne struje na svijetu, podržava izvanredno obilje morskog života. Uzlazne struje se javljaju kod Perua tokom cijele godine, ali kod Čilea samo tokom proljeća i ljeta, zbog pomaka suptropskog središta visokim pritiska tokom ljeta.
[[Datoteka:Tropical cyclones 1945 2006.png|thumb|right|200px|Prisutnost Humboldtove struje i njeno smicanje vjetra<ref>http://ams.allenpress.com/archive/1520-0493/119/1/pdf/i1520-0493-119-1-218.pdf</ref> sprečava formiranje tropskih ciklona u tom području (Isti učinak se javlja u južnom [[Atlantski okean|Atlantiku]] s [[Benguelska struja|Benguelskom strujom]])]]
Ekosistem Humboldtove struje (LME) je vrlo produktivan i smatra se ekosistemom klase I, (>300 gC/m2 - god.). To je najproduktivniji morski ekosistem u svijetu, kao i najveći sistem uzlazne struje. Humboldtova struja ima visoku stopa primarne i sekundarne produktivnosti. Procjenuje se da oko 18-20% svjetskog ulova ribe dolazi upravo iz ekosistema Humboldtove struje. Vrste koje su uglavnom zastupljene su: sardina, inćun i skuša. Hladna voda, bogata hranjivim tvarima isplivava na površinu sa uzlaznom strujom i osigurava izvanrednu produktivnost sistema.
S vremena na vrijeme, uzlaznu strujue koja pokreće produktivnost sistema ometaju oscilacije El Niña. Kada se to dogodi, brojnost i distribucij ribe se značajno naruši, često dovodi do rušenja dionica a kaskadno i do socijalnih i ekonomskih posljedica toga. Ovi događaji su doveli do uzastopnih promjena, gdje se sardine i inćuni povremeno smjenjuju kao dominantne vrste ekosistema. Ove promjena mogu imati negativne posljedice za ribarsku industriju i privredu zemalja koje koriste ovaj sistem.
Humboldtova struja ima značajan utjecaj na hlađenje klime u Čileu, Peruu i [[Ekvador]]u. Ona je u velikoj mjeri odgovorna za sušu u [[Pustinja|pustinji]] [[Atacama]] u sjevernom Čileu i obalnih područja Perua kao i za neplodnost zemljišta južnog Ekvadora. Morski zrak se hladi strujom a samim time ne pridonosi se stvaranju oborina (iako se proizvedu [[Oblak|oblaci]] i [[magla]]).
