Nakon potpisivanja [[Dejtonski sporazum|DaytonskogDejtonskog sporazuma]] Vojska Republike Srpske je priznata kao jedna od dviju zvaničnih vojnih sila [[BIH|Bosne i Hercegovine]] i kao zvanična vojna sila entiteta [[Republika Srpska]]. U Vojsci Republike Srpske počela postepena reforma. Sa oko 180.000 vojnika i oficira u nekoliko godina, broj osoblja je smanjen na 20.000 ljudi. Paralelno, došlo je do promjene u broju korpusa, sa ratnih šest, smanjeno je na četiri i na kraju na tri. Od 1. januara [[2006.]] godine, Vojska Republike Srpske je ušla u sastav Oružanih snaga BiH kao Treći pješadijski puk „Republika Srpska“.
