Razlika između izmjena na stranici "EC broj enzima"

Uklonjena 1.092 bajta ,  prije 4 godine
m
Otkad ide == Definicija == umjesto uvodnog dijela? Tabele ne trebaju biti šarene osim ako to nije neophodno. Reference treba pisati ručno ili koristiti šablone; ne može se miješati.
m (Otkad ide == Definicija == umjesto uvodnog dijela? Tabele ne trebaju biti šarene osim ako to nije neophodno. Reference treba pisati ručno ili koristiti šablone; ne može se miješati.)
[[Datoteka:DNase1.jpg|thumbmini|rightdesno|400px300px|Kristali dezoksiribonukleaznog proteina]]
'''Komisijski broj enzima''' ('''EC''': '''E'''nzyme '''C'''ommision Number) broj) jejest pregled [[numerička klasifikacija|numeričke klasifikacije]] [[enzim]]a, na osnovu [[hemijska reakcija|hemijske reakcije]] koju [[kataliza|kataliziraju]]. Ova sistemska '''nomenklatura enzima''', svaki EC broj je povezuje s preporučenim imenom za odgovarajući enzim. <ref>Webb E. C. (1992); Enzyme nomenclature 1992: recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the nomenclature and classification of enzymes. Published for the International Union of Biochemistry and Molecular Biology by Academic Press. San Diego, ISBN 0-12-227164-5: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/.</ref><ref>ExPASy: Enzyme (Enzyme nomenclature database): http://www.expasy.org/enzyme/.</ref>
 
Strogo govoreći, EC brojevi ne preciziraju enzim, već enzim katalizirane reakcije. Ako različiti enzimi (naprimjer, iz različitih [[organizam]]a) kataliziraju istu reakciju, onda oni dobiju isti EC broj. Osim toga, usljed [[konvergentna evolucija|konvergentne evolucije]], potpuno drugačiji [[protein|proteinski oblici]] mogu katalizirati identičnu reakcija i stoga će im biti dodijeljen identičan broj EC. Ovi se označavaju kao [[nehomologni izofunkcijski enzim]]i, ili NISE). Za razliku od toga, [[UniProt]] identifikatori jedinstveno određuju proteinsku sekvencu po [[aminokiselina]]ma. <ref name="pmid20433725">{{cite journal | authors = Omelchenko M. V., Galperin M. Y., Wolf Y. I., Koonin E. V. (20210):| title = Non-homologous isofunctional enzymes: a systematic analysis of alternative solutions in enzyme evolution. Biol.| journal = Biology Direct., | volume = 5: 1-| issue = | pages = 31 | year = 2010 | pmid = 20433725 | pmc = 2876114 | doi = 10.1186/1745-6150-5-31. }}</ref>
==Definicija==
Komisijski broj enzima ('''EC''': '''E'''nzyme '''C'''ommision Number) broj) je pregled [[numerička klasifikacija|numeričke klasifikacije]] [[enzim]]a, na osnovu [[hemijska reakcija|hemijske reakcije]] koju [[kataliza|kataliziraju]]. Ova sistemska '''nomenklatura enzima''', svaki EC broj je povezuje s preporučenim imenom za odgovarajući enzim. <ref>Webb E. C. (1992); Enzyme nomenclature 1992: recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the nomenclature and classification of enzymes. Published for the International Union of Biochemistry and Molecular Biology by Academic Press. San Diego, ISBN 0-12-227164-5: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/.</ref><ref>ExPASy: Enzyme (Enzyme nomenclature database): http://www.expasy.org/enzyme/.</ref>
 
== Format broja ==
Strogo govoreći, EC brojevi ne preciziraju enzim, već enzim katalizirane reakcije. Ako različiti enzimi (naprimjer, iz različitih [[organizam]]a) kataliziraju istu reakciju, onda oni dobiju isti EC broj. Osim toga, usljed [[konvergentna evolucija|konvergentne evolucije]], potpuno drugačiji [[protein|proteinski oblici]] mogu katalizirati identičnu reakcija i stoga će im biti dodijeljen identičan broj EC. Ovi se označavaju kao [[nehomologni izofunkcijski enzim]]i, ili NISE). Za razliku od toga, [[UniProt]] identifikatori jedinstveno određuju proteinsku sekvencu po [[aminokiselina]]ma. <ref>Omelchenko M. V., Galperin M. Y., Wolf Y. I., Koonin E. V. (20210): Non-homologous isofunctional enzymes: a systematic analysis of alternative solutions in enzyme evolution. Biol. Direct., 5: 1-31 | pmc = 2876114 | doi = 10.1186/1745-6150-5-31.</ref>
Oznaka svakog od enzima sastoji se od slova "EC", a zatim četiri broja odvojena razmacima. Ti brojevi predstavljaju progresivno finiju klasifikaciju enzima. Postoje i preliminarni EC brojevi koji imaju oznaku '''n''' u sklopu četvrtog (serijskog) broja (npr. EC 3.5.1.n3). <ref name="pmid14681372">{{cite journal | authors = Apweiler R., Bairoch A., Wu C. H., Barker W. C., Boeckmann B., Ferro S., Gasteiger E., Huang H., Lopez R., Magrane M., Martin M. J., Natale D. A., O'Donovan C., Redaschi N., Yeh L. S. (2004):| title = UniProt: the Universal Protein knowledgebase. | journal = Nucleic Acids Res.,Research | volume = 32: | issue = Database issue: | pages = D115–9 | date =January jan 2004 | pmid = 14681372 | pmc = 308865 | doi = 10.1093/nar/gkh131. }}</ref>
==Format broja==
Oznaka svakog od enzima sastoji se od slova "EC", a zatim četiri broja odvojena razmacima. Ti brojevi predstavljaju progresivno finiju klasifikaciju enzima. Postoje i preliminarni EC brojevi koji imaju oznaku '''n''' u sklopu četvrtog (serijskog) broja (npr. EC 3.5.1.n3). <ref>Apweiler R., Bairoch A., Wu C. H., Barker W. C., Boeckmann B., Ferro S., Gasteiger E., Huang H., Lopez R., Magrane M., Martin M. J., Natale D. A., O'Donovan C., Redaschi N., Yeh L. S. (2004): UniProt: the Universal Protein knowledgebase. Nucleic Acids Res., 32: Database issue: D115–9 |date=January 2004 | pmid = 14681372 | pmc = 308865 | doi = 10.1093/nar/gkh131.</ref>
Primjerice, [[tripeptid aminopeptidaza]] ima kod "EC 3.4.11.4", čije komponente ukazuju na sljedeće skupine enzima:
* EC 3 – enzimi su [[hidrolaza|hidrolaze]] (enzimi koji koriste vodu za razgradnju nekih drugih molekula);
* EC 3.4 – hidrolaze koje djeluju na [[peptidna veza|peptidne veze]] ;
* EC 3.4.11 – hidrolaze koje odnose amino-terminal [[aminokiseline]] iz [[polipeptid]]a;
* EC 3.4.11.4 – hidrolaze kije skidaju amino-terminal [[tripeptid]]a.
 
== Sličnost reakcije ==
Sličnost između enzimskih reakcija (EC) može se izračunati pomoću promjene veza, reakcijskih centara ili podkonstrukcije metrike (tj. EC-BLAST).
==Historija==
Šema nomenklature enzima je razvijen početkom [[1955]]. godine, kada je Međunarodni kongres za biohemiju u [[Brisel]]u postavio Komisiju za enzime. Prva verzija je objavljena u [[1961]]. Sadašnje šesto izdanju, koje je objavila [[Međunarodna unija za biohemiju i molekulsku biologiju]] [[1992]]. godine, sadrži 3196 različitih enzima. Suplementi 1-4 objavljeni su od [[1993]]. do [[1999]]. Naknadni suplementi su objavljeni elektronskim putem, na internet stranici Odbora za nomenklaturu Međunarodne unije za biohemiju i molekularnu biologiju.
 
==Razina kodovaHistorija ==
Šema nomenklature enzima je razvijen početkom [[1955]]. godine, kada je Međunarodni kongres za biohemiju u [[BriselBruxelles]]u postavio Komisiju za enzime. Prva verzija je objavljena u [[1961]]. Sadašnje šesto izdanju, koje je objavila [[Međunarodna unija za biohemiju i molekulsku biologiju]] [[1992]]. godine, sadrži 3196 različitih enzima. Suplementi 1-4 objavljeni su od [[1993]]. do [[1999]]. Naknadni suplementi su objavljeni elektronskim putem, na internet stranici Odbora za nomenklaturu Međunarodne unije za biohemiju i molekularnu biologiju.
 
== Razina kodova ==
{| class="wikitable"
|+ Najvažniji EC brojevi<ref>Moss G. P. (2006): Recommendations of the Nomenclature Committee. International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse: http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/.</ref><br>
|-
<br>
! Grupa
{| border=1 cellpadding=4 cellspacing=0 class="toccolours" style="align: left; margin: 0.5em 0 0 0; border-style: solid; border: 1px solid #999; border-right-width: 2px; border-bottom-width: 2px; border-collapse: collapse; font-size: 100%;"
! Katalizirana reakcija
| style="background:#ddffdd;" align="center" | '''Grupa'''
! Tipska reakcija
| colspan=1 style="background:#ddffdd;" align="center" | '''Katalizirana reakcija'''
! Primjer enzima<br>(trivijalni naziv)
| colspan=1 style="background:#ddffdd;" align="center" |'''Tipska rakcija'''
| colspan=1 style="background:#ddffdd;" align="center" | '''Primjer enzima'''<br>(trivijalni naziv)
|-
|style="background:#ddff"! | '''[[Spisak EC brojeva (EC 1)|EC 1]]'''<br>'''[[Oksidoreduktaza|Oksidoreduktaze]]'''
|style="background:#f3fff3;" |[[Redoks]] reakcije; transfer H i O atoma ili [[elektron]]a iz jedne supstance na drugu
| style="background:#f3fff3;" |'''AH + B → A + BH''' {{smaller|(<small>redukcija</small>)}}<br /> '''A + O → AO''' {{smaller|(<small>oksidacija</small>)}}
| style="background:#f3fff3;" |[[Dehidrogenaza]], [[Oksidaza]]
|-
|! colspan=1 style="background:#ddffdd;"| '''[[Spisak EC brojeva (EC 2)|EC 2]]'''<br>'''[[Transferaze]]'''
| style="background:#ddffdd;" | Transfer [[funkcijska grupa|funkcijske grupe]] od jedne supstance do druge. Grupa može biti metil-, acil-, amino- ili [[fosfat]]na grupa
| style="background:#ddffdd;" |'''AB + C → A + BC'''
|style="background:#ddffdd;"| [[Transaminaza]], [[Kinaza]]
|-
|! style="background:#f3fff3;" | '''[[Spisak EC brojeva (EC 3)|EC 3]]'''<br>'''[[Hidrolaze]]'''
|style="background:#f3fff3;" | Formiranje dva proizvoda od jednog supstrata putem [[hidroliza|Hidrolize]]
| style="background:#f3fff3;" | '''AB + H<sub>2</sub>O → AOH + BH'''
| style="background:#f3fff3;" |[[Lipaza]], [[Amilaza]], [[Peptidaza]]
|-
|! colspan=1 style="background:#ddffdd;"|'''[[Spisak EC brojeva (EC 4)|EC 4]]'''<br>'''[[Lijaza|Lijaze]]'''
| style="background:#ddffdd;" | Nehidrolitsko dodavanje ili oduzimanje grupa i supstrata. Mogu biti razgrađene C-C, C-N, C-O ili C-S veze.
| style="background:#ddffdd;" |'''RCOCOOH → RCOH + CO<sub>2</sub> ili [X-A-B-Y] → [A=B + X-Y]'''
| style="background:#ddffdd;" | [[Dekarboksilaza]]
|-
|style="background:#f3fff3;"! |'''[[Spisak EC brojeva (EC 5)|EC 5]]'''<br>'''[[Izomeraze]]'''
| style="background:#f3fff3;" | Unutarmolekulski rearanžmani, tj. [[izomer]]izacijske promjene unutaj jedne molekule.
| style="background:#f3fff3;" |'''ABC → BCA
| style="background:#f3fff3;" |[[Izomeraza|Izomeraze]], [[Mutaza|Mutaze]]
'''
| style="background:#f3fff3;" |[[Izomeraza|Izomeraze]], [[Mutaza|Mutaze]]
|-
|colspan=1! style="background:#ddffdd;"|'''[[Spisak EC brojeva (EC 6)|EC 6]]'''<br>'''[[Ligaza|Ligaze]]'''
|colspan=1 style="background:#ddffdd;"| Povezuju dvije molekule sintezom novih C-O, C-S, C-N ili C-C [[kovalentna veza|kovalentnih veza]] putem simultane razgradnje [[Adenozin trifosfat]]a ([[ATP]])
|colspan=1 style="background:#ddffdd;"|'''X + Y + ATP → XY + ADP + Pi'''
|colspan=1 style="background:#ddffdd;"|[[Ligaza|Sintetaza]]
|}
 
== Također pogledajte ==
* [[Spisak EC brojeva]]
* [[Spisak enzima]]
* [[TC broj]] (klasifikacijuklasifikacija membranskih transportnih proteina)
 
== Reference ==
{{refspisak|2}}
 
<!-- Nije prevedeno.
== Vanjski linkovi ==
* [http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ Enzyme Nomenclature], authoritative website by the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology, maintained by G.P. Moss
* [http://www.expasy.org/enzyme/ Enzyme nomenclature database] — by [[ExPASy]]
* [http://supfam.org/SUPERFAMILY/cgi-bin/dcbo.cgi?type=EC;po=root Browse SCOP domains by EC number] — by dcGO
* [http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/rbl/ Compare EC numbers using EC-Blast]
-->
 
{{DEFAULTSORT:Ec Numberbroj}}
[[Kategorija:Enzimi po funkciji]]
[[Kategorija:Bioinformatika]]