Razlika između verzija stranice "Enzim"
| [pregledana izmjena] | [pregledana izmjena] |
Uklonjeni sadržaj Dodani sadržaj
mNo edit summary |
|||
Red 40:
==Mehanizam==
===Vezanje podloge===
Prije nego što počnu katalizirati bilo koju hemijsku reakciju, enzimi se moraju vezati za njihovu podloga. Enzimi su obično vrlo specifični za određene podloge, za koje se vežu a zatim kataliziraju hemijske reakcije. Specifičnost se postiže obavezujućom prazninom (usjekom) koji je komplementarnog oblika, za popunjenjavanje i [[hidrofilnost|hidrofilnom]] /[[hidrofobnost| hidrofobnom]] izboćinom podloge. Enzimi stoga mogu razlikovati vrlo slične molekula materijala koji su [[hemoselektivnost|hemoselektivne]], [[regioselektivnost|regioselectivne]] i [[stereospecifičnost|tereospecifične]].<ref>{{cite journal | vauthors = Jaeger KE, Eggert T | title = Enantioselective biocatalysis optimized by directed evolution | journal = Current Opinion in Biotechnology | volume = 15 | issue = 4 | pages = 305–13 | date = August 2004 | pmid = 15358000 | doi = 10.1016/j.copbio.2004.06.007}}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Shevelev IV, Hübscher U | title = The 3' 5' exonucleases | journal = Nature Reviews Molecular Cell Biology | volume = 3 | issue = 5 | pages = 364–76 | date = May 2002 | pmid = 11988770 | doi = 10.1038/nrm804 }}</ref><ref name = "Stryer_2002"/><ref>{{cite journal | vauthors = Zenkin N, Yuzenkova Y, Severinov K | title = Transcript-assisted transcriptional proofreading | journal = Science | volume = 313 | issue = 5786 | pages = 518–20 | date = July 2006 | pmid = 16873663 | doi = 10.1126/science.1127422 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Ibba M, Soll D | title = Aminoacyl-tRNA synthesis | journal = Annual Review of Biochemistry | volume = 69 | pages = 617–50 | pmid = 10966471 | doi = 10.1146/annurev.biochem.69.1.617}}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Rodnina MV, Wintermeyer W | title = Fidelity of aminoacyl-tRNA selection on the ribosome: kinetic and structural mechanisms | journal = Annual Review of Biochemistry | volume = 70 | pages = 415–35 | pmid = 11395413 | doi = 10.1146/annurev.biochem.70.1.415 }}</ref><ref name=Tawfik10>{{cite journal | vauthors = Khersonsky O, Tawfik DS | title = Enzyme promiscuity: a mechanistic and evolutionary perspective | journal = Annual Review of Biochemistry | volume = 79 | pages = 471–505 | pmid = 20235827 | pmc = | doi = 10.1146/annurev-biochem-030409-143718 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = O'Brien PJ, Herschlag D | title = Catalytic promiscuity and the evolution of new enzymatic activities | journal = Chemistry & Biology | volume = 6 | issue = 4 | pages = R91-R105 | date = April 1999 | pmid = 10099128 | doi = 10.1016/S1074-5521(99)80033-7 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Fischer E | year = 1894 | title = Einfluss der Configuration auf die Wirkung der Enzyme | language = German | trans_title = Influence of configuration on the action of enzymes | journal=Berichte der Deutschen chemischen Gesellschaft zu Berlin | volume = 27 | issue = 3 | pages = 2985–93 | url = http://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k90736r/f364.chemindefer|doi=10.1002/cber.18940270364}})</ref><ref name="Stryer_2002" /><ref name="Cooper_2000">{{cite book |author = Cooper GM | title = The Cell: a Molecular Approach | date = 2000 | publisher = ASM Press | location = Washington (DC ) | isbn = 0-87893-106-6 | edition = 2nd | chapter = Chapter 2.2: The Central Role of Enzymes as Biological Catalysts | chapterurl = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9921/}}</ref>
Neki od enzima pokazuju najveću specifičnost i tačnost kada su uključeni u kopiranje i ekspresiju [[genom]]a. Neki od ovih enzima imaju i mehanizmima "[[lektor|lekture]]". Tako, enzim kao što je [[DNK polimeraza]] katalizira reakciju u prvom koraku, a zatim, u drugom koraku, provjerava da li je proizvod ispravan. Ovaj proces u dva koraka rezultira u prosječnoj stopi greške manje od 1/100 miliona reakcija kod polimeraze [[sisar]]a. Slični mehanizmi korekcije se također nalaze i kod [[RNK polimeraza]], [[aminoacil-tRNK sintetaza|aminoacil-tRNK sintetaze]] i [[ribosom]]a.
Nasuprot tome, neki enzimi ispoljavaju i [[promiskuitet enzima]], koji imaju široku specifičnost i djeluju na niz različitih fiziološki relevantnih podloga. Mnogi enzimi imaju mala mjesta aktivnosti koja su nastala slučajno (tj. [[adaptacija|neutralno]]), što može biti polazište za evolucijski izbor nove funkcije.<ref>{{cite journal | vauthors = Koshland DE | title = Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein Synthesis | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 44 | issue = 2 | pages = 98–104 | date = February 1958 | pmid = 16590179 | pmc = 335371 | doi = 10.1073/pnas.44.2.98 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Vasella A, Davies GJ, Böhm M | title = Glycosidase mechanisms | journal = Current Opinion in Chemical Biology | volume = 6 | issue = 5 | pages = 619–29 | date = October 2002 | pmid = 12413546 | doi = 10.1016/S1367-5931(02)00380-0}}</ref><ref>{{cite book | last = Boyer | first = Rodney | title = Concepts in Biochemistry | edition = 2nd | publisher = John Wiley & Sons, Inc. | location = New York, Chichester, Weinheim, Brisbane, Singapore, Toronto. | isbn = 0-470-00379-0 | pages=137–8 | chapter = Chapter 6: Enzymes I, Reactions, Kinetics, and Inhibition | year = 2002 | oclc = 51720783 | name-list-format = vanc}}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Savir Y, Tlusty T | title = Conformational proofreading: the impact of conformational changes on the specificity of molecular recognition | journal = PLOS ONE | volume = 2 | issue = 5 | pages = e468 | year = 2007 | pmid = 17520027 | pmc = 1868595 | doi = 10.1371/journal.pone.0000468 | url = http://www.weizmann.ac.il/complex/tlusty/papers/PLoSONE2007.pdf |editor1-last = Scalas | editor1-first = Enrico |name-list-format=vanc}}</ref>
Na osnovu najpodobnije podloge, enzima mogu mijenjati oblik, da bi se vezali u formiranju kompleksa enzim-supstrat.
===Model "brave i ključa"===
| |||