Otvori glavni meni
Translation Latin Alphabet-cs.svg Ovaj članak nije preveden ili je djelimično preveden.
Ako smatrate da ste ga sposobni prevesti, kliknite na "Uredi" i prevedite ga vodeći računa o enciklopedijskom stilu pisanja i pravopisu bosanskog jezika.
Preferences-system.svg Ovom članku potrebna je jezička standardizacija, preuređivanje ili reorganizacija.
Pogledajte kako poboljšati članak, kliknite na link uredi i doradite članak vodeći računa o standardima Wikipedije.
Palindrom strukture DNK
A: Palindrom,
B: Petlja,
C: Drška

Palindromska sekvenca ili palindromski niz je segment nukleinske kiseline na dvostrukom lancu DNK ili RNK u kojima se nalazi 5' ka 3' unaprijed na poklapanju koje odgovara čitanju unazad od 5 'do 3' n komplementarnog lanca, sa kojim čini dvostruku spiralu. Ova definicija palindroma tako ovisi o komplementarnim lanacima kao međusobnim palindromima.[1][2][3][4][5]

Značenje palindrom u genetičkom kontekstu je nešto drugačije od definicije koja se koriste za riječi i rečenice. Dvostruku spiralalu nukleotida formiraju dvije uparene niti nukleotida, koje su suprotno usmjerene u prvcu 5'-3 ', a nukleotidi se uparuju uvijek na isti način: adenin (A) sa timinom (T) u DNK, a uracil (U) u RNK; citozin (C) sa guaninom (G); za jednostruke nukleotidne sekvence se može reći da su palindromi ako su reverzno komplementarne. Naprimjer, DNK sekvenca ACCTAGGT je palindromna zato što je njen nukleotidni niz komplementaran nizu TGGATCCA u reverznum redoslijedu nukleotida u komplementu date originalne sekvence.

Palindromna sekvenca nukleotida može formirati petlju. Palindromni motivi DNK mogu se naći u većini genoma ili skupova genetičke instrukcije Palindromna motivi su građeni po nalogu rasporeda nukleotidnih sekvenci koje određuju strukturu kompleksnih hemijskig spojeva (proteina) koji, što je rezultat kopiranja (transkripcija (genetika)|transkripcije]] i prevođenja (translacije genetičke poruke. Oni su posebno istraženi u bakterijaakterijskim hromosomima i na tzv. bakterijskim mozaičnim elementima (BIME) koji su u njima rasuti. Nedavno je, tokom istraživanja u okviru projekta sekvenciranja ljudskog genoma, otkriveno da su mnoge baze hromosoma Y palindromski raspoređene. Palindrom struktura omogućava ovom hromosomu samoreparaciju, svijanjem u sredini, ako jedna strana oštećena.[6]

Palindromi se također često i frekventno javljaju i u molekulama proteina, što sugerira da prisustvo palindroma u peptidima može viti povezano sa prevalencijom nisko-kompleksnih sekvenci. Njihovo preovladavanje može također biti u vezi sa sklonošću alfa-heliksnoj formaciji ovih sekvenci ili u formaciji protein/protein compleksa.[7]

PrimjeriUredi

Mjesta restrikcijskih enzimaUredi

Palindromna sekvence imaju važnu ulogu u molekularnoj biologiji. Kako je DNK sekvenca je dvostruka zavojnica, bazni parovi se čitaju, ne samo na osnovu jednog lanca, kako bi se utvrdio palindrom. Mnoge restrikcijske endonukleaza (restrikcijski enzimi) prepoznaju specifične palindromne sekvence i sijrku ih. Restrikcijski enzim EcoR1 prepoznaje slijedeće palindromske sekvence:

5'-GAATTC-3'
3'-CTTAAG-5'

Gornji lanac očitava 5'-GAATTC-3', dok donji čita 3'-CTTAAG-5'. Ako je DNK obrnuta, sekvence su potpuno iste (5'GAATTC-3 'i 3'-CTTAAG-5'). Slijedi više restrikcijskih enzima i palindromnih sekvenci koje prepoznaju:

If the DNA strand is flipped over, the sequences are exactly the same ( 5'GAATTC-3' and 3'-CTTAAG-5'). Here are more restriction enzymes and the palindromic sequences which they recognize:

Enzim Izvor Sekvenca prepoznavanja Restrikcijsko mjesto
EcoR1 Escherichia coli
5'GAATTC
3'CTTAAG
5'---G     AATTC---3'
3'---CTTAA     G---5'
BamH1 Bacillus amyloliquefaciens
5'GGATCC
3'CCTAGG
5'---G     GATCC---3'
3'---CCTAG     G---5'
Taq1 Thermus aquaticus
5'TCGA
3'AGCT
5'---T   CGA---3'
3'---AGC   T---5'
Alu1* Arthrobacter luteus
5'AGCT
3'TCGA
5'---AG  CT---3'
3'---TC  GA---5'
* = blunt ends

Metilacijska mjestaUredi

Palindromske sekvence također mogu imati metilacijska mjesta. To su mjesta na kojima se metil grupa može se postaviti na palindromnu sekvencu. Metilacija čini otporni gen neaktivnim; to se zove insercijska inaktivacija ili insercijska mutageneza. Naprimjer, u pBR322 metilacije na genu otpornosti na tetraciklin tvori plazmid koji je odgovoran za tetraciklin; nakon metilacije na genu otpornost na tetraciklin ako je plazmid izložen antibiotiku tetraciklinu, ne preživi.[8][9]

Palindromski nukleotidi u receptorima T ćelijaUredi

Raznolikost gena receptora T limfocita (TCR) nastaje umetanjem nukleotida u preuređenju njihove kodirajuće klicne linije V, D i J segmenata. Nukleotidna umetanja u VD i DJ spojeve su slučajna, ali neki mali podskupovi ovih umetaka su izuzetni, jedan do tri bazna para obrnuto ponavljaju sekvencu geminativne DNK. Ove kratke komplementarne palindromna sekvence nukleotida se označavaju kao P nukleotidi.[10]

ReferenceUredi

  1. ^ Hartl D., Jones E. (2005): Genetics: Analysis of genes and genomes, 6th Edition, Jones & Bartlett, New York, ISBN 0-7637-1511-5
  2. ^ Lawrence E. (1999): Henderson's Dictionary of biological terms. Longman Group Ltd., London, ISBN 0-582-22708-9.
  3. ^ King R. C., Stransfield W. D. (1998): Dictionary of genetics. Oxford niversity Press, New York, Oxford, ISBN 0-19-50944-1-7; ISBN 0-19-509442-5.
  4. ^ Collado-Vides J., Magasanik B., Smith T. F., Eds (1996): Integrative approaches to molecular biology. The MIT Press, Cambridge (Mass), London, ISBN 0-262-03239-2.
  5. ^ Hadžiselimović R., Pojskić N. (2005): Uvod u humanu imunogenetiku. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-3-4.
  6. ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.
  7. ^ Pinotsis N., Wilmanns M. (2008): Protein assemblies with palindromic structure motifs. Cell. Mol. Life Sci., 65 (19): 2953–2956.
  8. ^ Hunter G. K. (2000): Vital Forces. The discovery of the molecular basis of life. Academic Press, London 2000, ISBN 0-12-361811-8.
  9. ^ Nelson D. L., Cox M. M. (2013): Lehninger principles of biochemistry. W. H. Freeman and Co., ISBN 978-1-4641-0962-1.
  10. ^ Srivastava S. K., Robins H. S. (2012): Palindromic nucleotide analysis in human CD8 T cell receptor rearrangement. PLoS ONE, 7: 12.

Vanjski linkoviUredi