PDPR

Regulacijska podjedinica piruvat-dehidrogenazne fosfataze je protein koji je kod ljudi kodiran genom PDPR.

PDPR
Identifikatori
Aliasi	PDPR
Vanjski ID-jevi	OMIM: 617835 MGI: 2442188 HomoloGene: 9948 GeneCards: PDPR
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 16 (čovjek) Bend 16q22.1 Početak 70,114,332 bp Kraj 70,162,537 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 8 (miš) Bend 8|8 E1 Početak 111,821,262 bp Kraj 111,863,706 bp
Ontologija gena Molekularna funkcija • [pyruvate dehydrogenase (lipoamide) phosphatase activity] • oxidoreductase activity Ćelijska komponenta • mitohondrija • mitochondrial matrix • citoplazma Biološki proces • regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate • GO:0016576 protein dephosphorylation Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	55066	319518
Ensembl	ENSG00000090857	ENSMUSG00000033624
UniProt	Q8NCN5	Q7TSQ8
RefSeq (mRNK)	NM_017990 NM_001322117 NM_001322118 NM_001322119	NM_198308
RefSeq (bjelančevina)	NP_001309046 NP_001309047 NP_001309048 NP_060460	NP_938050
Lokacija (UCSC)	Chr 16: 70.11 – 70.16 Mb	Chr 8: 111.82 – 111.86 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Struktura

Kompletna cDNK PDPR, koja sadrži 2885 baznih parova, ima otvoreni okvir čitanja od 2634 nukleotida, koji kodiraju navodnu predsekvencu od 31 aminokiselinska ostatka i zreli protein od 847. Karakteristike nativnog PDPR uključuju sposobnost smanjenja osetljivosti katalitske podjedinice na Mg2 + i poništavanje ovog inhibitornog efekta poliaminom sperminom. Pretragom baza podataka o proteinima BLAST otkriveno je da je PDPr u daljnjoj vezi sa mitohondrijskim flavoproteinom dimetilglicin-dehidrogenaza, koji funkcionira u razgradnji holina.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 879 aminokiselina, a molekulska težina 99.364 Da..

10		20		30		40		50
MMFYRLLSIV		GRQRASPGWQ		NWSSARNSTS		AAEARSMALP		TQAQVVICGG
GITGTSVAYH		LSKMGWKDIV		LLEQGRLAAG		STRFCAGILS		TARHLTIEQK
MADYSNKLYY		QLEQETGIQT		GYTRTGSIFL		AQTQDRLISL		KRINAGLNVI
GIPSEIISPK		KVAELHHLLN		VHDLVGAMHV		PEDAVVSSAD		VALALASAAS
QNGVQIYDRT		SVLHVMVKKG		QVTGVETDKG		QIECQYFVNC		AGQWAYELGL
SNEEPVSIPL		HACEHFYLLT		RPLETPLQSS		TPTIVDADGR		IYIRNWQGGI
LSGGFEKNPK		PIFTEGKNQL		EIQNLQEDWD		HFEPLLSSLL		RRMPELETLE
IMKLVNCPET		FTPDMRCIMG		ESPAVQGYFV		LAGMNSAGLS		FGGGAGKYLA
EWMVHGYPSE		NVWELDLKRF		GALQSSRTFL		RHRVMEVMPL		MYDLKVPRWD
FQTGRQLRTS		PLYDRLDAQG		ARWMEKHGFE		RPKYFVPPDK		DLLALEQSKT
FYKPDWFDIV		ESEVKCCKEA		VCVIDMSSFT		KFEITSTGDQ		ALEVLQYLFS
NDLDVPVGHI		VHTGMLNEGG		GYENDCSIAR		LNKRSFFMIS		PTDQQVHCWA
WLKKHMPKDS		NLLLEDVTWK		YTALNLIGPR		AVDVLSELSY		APMTPDHFPS
LFCKEMSVGY		ANGIRVMSMT		HTGEPGFMLY		IPIEYALHVY		NEVMSVGQKY
GIRNAGYYAL		RSLRIEKFFA		FWGQDINNLT		TPLECGRESR		VKLEKGMDFI
GRDALLQQKQ		NGVYKRLTMF		ILDDHDSDLD		LWPWWGEPIY		RNGQYVGKTT
SSAYSYSLER		HVCLGFVHNF		SEDTGEEQVV		TADFINRGEY		EIDIAGYRFQ
AKAKLYPVAS		LFTQKRRKDD		MELSDLHGK

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Funkcija

Mitohondrijski kompleks piruvat-dehidrogenaze (PDC) katalizira oksidativnu dekarboksilaciju piruvata, povezujući glikolizu sa ciklusom trikarbonske kiseline i sintezom masnih kiselina (FA). Poznavanje mehanizama koji regulišu aktivnost PDC-a je važno, jer je inaktivacija PDC-a presudna za očuvanje glukoze kada je ima malo, dok je potrebna dovoljna aktivnost PDC-a, kako bi se omogućila proizvodnja ATP[]-a i FA iz glukoze. Mehanizmi koji kontroliraju PDC aktivnost sisara uključuju njegovu fosforilaciju (inaktivaciju) enzimima porodicve piruvat-dehidrogenazne kinaze (PDKs 1-4) i njenu defosforilaciju (aktivaciju, reaktivaciju) fosfatazom piruvat dehidrogenaza(PDP 1 i 2).

Klinički značaj

Kako je PDPR uključen u regulaciju centralnog metaboličkog puta, njegovo je učešće u patofiziološkim osnovama bolesti vjerovatno, ali o tome do sada nije objavljeno istraživanje.

Dopunska literatura

• Sugden MC, Holness MJ (maj 2003). "Recent advances in mechanisms regulating glucose oxidation at the level of the pyruvate dehydrogenase complex by PDKs". American Journal of Physiology. Endocrinology and Metabolism. 284 (5): E855-62. doi:10.1152/ajpendo.00526.2002. PMID 12676647.
• Chen X, Li X, Wang P, Liu Y, Zhang Z, Zhao G, Xu H, Zhu J, Qin X, Chen S, Hu L, Kong X (august 2010). "Novel association strategy with copy number variation for identifying new risk Loci of human diseases". PLOS ONE. 5 (8): e12185. Bibcode:2010PLoSO...512185C. doi:10.1371/journal.pone.0012185. PMC 2924882. PMID 20808825.
• Ohara O, Nagase T, Mitsui G, Kohga H, Kikuno R, Hiraoka S, Takahashi Y, Kitajima S, Saga Y, Koseki H (april 2002). "Characterization of size-fractionated cDNA libraries generated by the in vitro recombination-assisted method". DNA Research. 9 (2): 47–57. doi:10.1093/dnares/9.2.47. PMID 12056414.
• Lawson JE, Park SH, Mattison AR, Yan J, Reed LJ (decembar 1997). "Cloning, expression, and properties of the regulatory subunit of bovine pyruvate dehydrogenase phosphatase". The Journal of Biological Chemistry. 272 (50): 31625–9. doi:10.1074/jbc.272.50.31625. PMID 9395502.