NIPBL
Bradavicoliki protein-B (NIPBL), znan i kao SCC2 ili delangin jest protein koji je kod ljudi kodiran genom NIPBL sa hromosoma 5.[5] NIPBL je potreban za povezivanje kohezina s DNK i glavna je podjedinica kompleksa za punjenje kohezina.[6] Heterozigotne mutacije u NIPBL čine oko 60% slučajeva sindroma Cornelije de Lange.[7]
Aminokiselinska sekvenca uredi
Dužina polipeptidnog lanca je 2.804 aminokiseline, а molekulska težina 316.051 Da.[8].
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MNGDMPHVPI | TTLAGIASLT | DLLNQLPLPS | PLPATTTKSL | LFNARIAEEV | ||||
NCLLACRDDN | LVSQLVHSLN | QVSTDHIELK | DNLGSDDPEG | DIPVLLQAVL | ||||
ARSPNVFREK | SMQNRYVQSG | MMMSQYKLSQ | NSMHSSPASS | NYQQTTISHS | ||||
PSSRFVPPQT | SSGNRFMPQQ | NSPVPSPYAP | QSPAGYMPYS | HPSSYTTHPQ | ||||
MQQASVSSPI | VAGGLRNIHD | NKVSGPLSGN | SANHHADNPR | HGSSEDYLHM | ||||
VHRLSSDDGD | SSTMRNAASF | PLRSPQPVCS | PAGSEGTPKG | SRPPLILQSQ | ||||
SLPCSSPRDV | PPDILLDSPE | RKQKKQKKMK | LGKDEKEQSE | KAAMYDIISS | ||||
PSKDSTKLTL | RLSRVRSSDM | DQQEDMISGV | ENSNVSENDI | PFNVQYPGQT | ||||
SKTPITPQDI | NRPLNAAQCL | SQQEQTAFLP | ANQVPVLQQN | TSVAAKQPQT | ||||
SVVQNQQQIS | QQGPIYDEVE | LDALAEIERI | ERESAIERER | FSKEVQDKDK | ||||
PLKKRKQDSY | PQEAGGATGG | NRPASQETGS | TGNGSRPALM | VSIDLHQAGR | ||||
VDSQASITQD | SDSIKKPEEI | KQCNDAPVSV | LQEDIVGSLK | STPENHPETP | ||||
KKKSDPELSK | SEMKQSESRL | AESKPNENRL | VETKSSENKL | ETKVETQTEE | ||||
LKQNESRTTE | CKQNESTIVE | PKQNENRLSD | TKPNDNKQNN | GRSETTKSRP | ||||
ETPKQKGESR | PETPKQKSDG | HPETPKQKGD | GRPETPKQKG | ESRPETPKQK | ||||
NEGRPETPKH | RHDNRRDSGK | PSTEKKPEVS | KHKQDTKSDS | PRLKSERAEA | ||||
LKQRPDGRSV | SESLRRDHDN | KQKSDDRGES | ERHRGDQSRV | RRPETLRSSS | ||||
RNEHGIKSDS | SKTDKLERKH | RHESGDSRER | PSSGEQKSRP | DSPRVKQGDS | ||||
NKSRSDKLGF | KSPTSKDDKR | TEGNKSKVDT | NKAHPDNKAE | FPSYLLGGRS | ||||
GALKNFVIPK | IKRDKDGNVT | QETKKMEMKG | EPKDKVEKIG | LVEDLNKGAK | ||||
PVVVLQKLSL | DDVQKLIKDR | EDKSRSSLKP | IKNKPSKSNK | GSIDQSVLKE | ||||
LPPELLAEIE | STMPLCERVK | MNKRKRSTVN | EKPKYAEISS | DEDNDSDEAF | ||||
ESSRKRHKKD | DDKAWEYEER | DRRSSGDHRR | SGHSHEGRRS | SGGGRYRNRS | ||||
PSDSDMEDYS | PPPSLSEVAR | KMKKKEKQKK | RKAYEPKLTP | EEMMDSSTFK | ||||
RFTASIENIL | DNLEDMDFTA | FGDDDEIPQE | LLLGKHQLNE | LGSESAKIKA | ||||
MGIMDKLSTD | KTVKVLNILE | KNIQDGSKLS | TLLNHNNDTE | EEERLWRDLI | ||||
MERVTKSADA | CLTTINIMTS | PNMPKAVYIE | DVIERVIQYT | KFHLQNTLYP | ||||
QYDPVYRLDP | HGGGLLSSKA | KRAKCSTHKQ | RVIVMLYNKV | CDIVSSLSEL | ||||
LEIQLLTDTT | ILQVSSMGIT | PFFVENVSEL | QLCAIKLVTA | VFSRYEKHRQ | ||||
LILEEIFTSL | ARLPTSKRSL | RNFRLNSSDM | DGEPMYIQMV | TALVLQLIQC | ||||
VVHLPSSEKD | SNAEEDSNKK | IDQDVVITNS | YETAMRTAQN | FLSIFLKKCG | ||||
SKQGEEDYRP | LFENFVQDLL | STVNKPEWPA | AELLLSLLGR | LLVHQFSNKS | ||||
TEMALRVASL | DYLGTVAARL | RKDAVTSKMD | QGSIERILKQ | VSGGEDEIQQ | ||||
LQKALLDYLD | ENTETDPSLV | FSRKFYIAQW | FRDTTLETEK | AMKSQKDEES | ||||
SEGTHHAKEI | ETTGQIMHRA | ENRKKFLRSI | IKTTPSQFST | LKMNSDTVDY | ||||
DDACLIVRYL | ASMRPFAQSF | DIYLTQILRV | LGENAIAVRT | KAMKCLSEVV | ||||
AVDPSILARL | DMQRGVHGRL | MDNSTSVREA | AVELLGRFVL | CRPQLAEQYY | ||||
DMLIERILDT | GISVRKRVIK | ILRDICIEQP | TFPKITEMCV | KMIRRVNDEE | ||||
GIKKLVNETF | QKLWFTPTPH | NDKEAMTRKI | LNITDVVAAC | RDTGYDWFEQ | ||||
LLQNLLKSEE | DSSYKPVKKA | CTQLVDNLVE | HILKYEESLA | DSDNKGVNSG | ||||
RLVACITTLF | LFSKIRPQLM | VKHAMTMQPY | LTTKCSTQND | FMVICNVAKI | ||||
LELVVPLMEH | PSETFLATIE | EDLMKLIIKY | GMTVVQHCVS | CLGAVVNKVT | ||||
QNFKFVWACF | NRYYGAISKL | KSQHQEDPNN | TSLLTNKPAL | LRSLFTVGAL | ||||
CRHFDFDLED | FKGNSKVNIK | DKVLELLMYF | TKHSDEEVQT | KAIIGLGFAF | ||||
IQHPSLMFEQ | EVKNLYNNIL | SDKNSSVNLK | IQVLKNLQTY | LQEEDTRMQQ | ||||
ADRDWKKVAK | QEDLKEMGDV | SSGMSSSIMQ | LYLKQVLEAF | FHTQSSVRHF | ||||
ALNVIALTLN | QGLIHPVQCV | PYLIAMGTDP | EPAMRNKADQ | QLVEIDKKYA | ||||
GFIHMKAVAG | MKMSYQVQQA | INTCLKDPVR | GFRQDESSSA | LCSHLYSMIR | ||||
GNRQHRRAFL | ISLLNLFDDT | AKTDVTMLLY | IADNLACFPY | QTQEEPLFIM | ||||
HHIDITLSVS | GSNLLQSFKE | SMVKDKRKER | KSSPSKENES | SDSEEEVSRP | ||||
RKSRKRVDSD | SDSDSEDDIN | SVMKCLPENS | APLIEFANVS | QGILLLLMLK | ||||
QHLKNLCGFS | DSKIQKYSPS | ESAKVYDKAI | NRKTGVHFHP | KQTLDFLRSD | ||||
MANSKITEEV | KRSIVKQYLD | FKLLMEHLDP | DEEEEEGEVS | ASTNARNKAI | ||||
TSLLGGGSPK | NNTAAETEDD | ESDGEDRGGG | TSGSLRRSKR | NSDSTELAAQ | ||||
MNESVDVMDV | IAICCPKYKD | RPQIARVVQK | TSSGFSVQWM | AGSYSGSWTE | ||||
AKRRDGRKLV | PWVDTIKESD | IIYKKIALTS | ANKLTNKVVQ | TLRSLYAAKD | ||||
GTSS |
Struktura i interakcije uredi
NIPBL je veliki kukasti protein koji sadrži HEAT-ponavljanje.[9] Formira kompleks sa MAU2 (SCC4 u pupajućem kvascu), poznat kao kompleks kohezinskog utovara.[10] Kako ovo ime sugerira, NiPBL i MAU2 potrebni su za početno udruženje kohezina sa DNK.
Smatra se da kohezin posreduje interakcije poboljšavač-promotor i generira topološki udružujuće domene (TADS) kao i posredovanje kohezije i reguliranje arhitekture DNK. Kompleks kohezina potreban je za popravak DNK homolognom rekombinacijom. S obzirom da je NIPBL potreban za udruživanje kohezina s DNK, smatra se da je i NiPBL potreban za sve ove procese. Dosljedno, inaktivacija NiPBL-a rezultira u topološkom udruživanju gubitaka i kohezije.[11]
NIPBL se dinamički veže na hromatin, glavnim putem udruživanja sa kohezinom.[12] Kretanje NiPBL-a unutar hromatina u skladu je sa mehanizmom koji uključuje skakanje između hromosomkog koheziranja prstenova. Pokazana je i kohezina nezavisna regulacijia ekspresija odgovornog gena.[13][14]
Klinički značaj uredi
Mutacije u ovom genu rezultiraju sindromom Cornelije de Lange (CDLS), poremećaj koji karakterizira dismorfne karakteristike lica, kašnjenje rasta, smanjenje dužine udova i mentalna invalidnost[5] kao što su ove mutacije. Obično su heterozigotni CD-ovi pogođeni smanjenjem NiPBL-a nije potpuni gubitak. Eksperimenti na ćelijama pacijenata i miševa pokazuju da je smanjenje za manje od polovine.[15] Nije poznato zašto se javlja smanjenje ekspresije NIPBL u CDL-ovima.
Reference uredi
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000164190 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000022141 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "Entrez Gene: Nipped-B homolog (Drosophila)".
- ^ Ciosk R, Shirayama M, Shevchenko A, Tanaka T, Toth A, Shevchenko A, Nasmyth K (2000). "Cohesin's binding to chromosomes depends on a separate complex consisting of Scc2 and Scc4 proteins". Molecular Cell. 5 (2): 243–54. doi:10.1016/S1097-2765(00)80420-7. PMID 10882066.
- ^ Rohatgi S, Clark D, Kline AD, Jackson LG, Pie J, Siu V, Ramos FJ, Krantz ID, Deardorff MA (juli 2010). "Facial diagnosis of mild and variant CdLS: Insights from a dysmorphologist survey". American Journal of Medical Genetics. Part A. 152A (7): 1641–53. doi:10.1002/ajmg.a.33441. PMC 4133091. PMID 20583156.
- ^ "UniProt, Q6KC79" (jezik: engleski). Pristupljeno 17. 10. 2021.
- ^ Kikuchi S, Borek DM, Otwinowski Z, Tomchick DR, Yu H (novembar 2016). "Crystal structure of the cohesin loader Scc2 and insight into cohesinopathy". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (44): 12444–12449. doi:10.1073/pnas.1611333113. PMC 5098657. PMID 27791135.
- ^ Nasmyth K (oktobar 2011). "Cohesin: a catenase with separate entry and exit gates?". Nature Cell Biology. 13 (10): 1170–7. doi:10.1038/ncb2349. PMID 21968990. S2CID 25382204.
- ^ Ciosk R, Shirayama M, Shevchenko A, Tanaka T, Toth A, Shevchenko A, Nasmyth K (februar 2000). "Cohesin's binding to chromosomes depends on a separate complex consisting of Scc2 and Scc4 proteins". Molecular Cell. 5 (2): 243–54. doi:10.1016/s1097-2765(00)80420-7. PMID 10882066.
- ^ Rhodes J, Mazza D, Nasmyth K, Uphoff S (2017). "Scc2/Nipbl hops between chromosomal cohesin rings after loading". eLife. 6. doi:10.7554/eLife.30000. PMC 5621834. PMID 28914604.
- ^ Zuin J, Franke V, van Ijcken WF, van der Sloot A, Krantz ID, van der Reijden MI, Nakato R, Lenhard B, Wendt KS (februar 2014). "A cohesin-independent role for NIPBL at promoters provides insights in CdLS". PLOS Genetics. 10 (2): e1004153. doi:10.1371/journal.pgen.1004153. PMC 3923681. PMID 24550742.
- ^ van den Berg DL, Azzarelli R, Oishi K, Martynoga B, Urbán N, Dekkers DH, Demmers JA, Guillemot F (januar 2017). "Nipbl Interacts with Zfp609 and the Integrator Complex to Regulate Cortical Neuron Migration". Neuron. 93 (2): 348–361. doi:10.1016/j.neuron.2016.11.047. PMC 5263256. PMID 28041881.
- ^ Kawauchi S, Calof AL, Santos R, Lopez-Burks ME, Young CM, Hoang MP, Chua A, Lao T, Lechner MS, Daniel JA, Nussenzweig A, Kitzes L, Yokomori K, Hallgrimsson B, Lander AD (septembar 2009). "Multiple organ system defects and transcriptional dysregulation in the Nipbl(+/-) mouse, a model of Cornelia de Lange Syndrome". PLOS Genetics. 5 (9): e1000650. doi:10.1371/journal.pgen.1000650. PMC 2730539. PMID 19763162.
Ovaj članak uključuje tekst iz Nacionalne medicinske biblioteke Sjedinjenih Država, koji je u javnom vlasništvu.