Proser1

Proser1
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jevi	HomoloGene: 13463 GeneCards: [1]
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 3 (čovjek)
Kraj	53,389,176 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• molekularna funkcija;
Ćelijska komponenta	• ćelijska komponenta;
Biološki proces	• GO:0022610 biološki proces;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	212127
	n/a
	ENSMUSG00000049504
	n/a
	Q5PRE5
	n/a
	NM_173382
	n/a
	NP_775558
	n/a
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

PROSER1 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom PROSER1 sa hromosoma 13.^[2]

Nomenklatura

PROSER1 ima nekoliko alijasa: C13orf23, KIAA2032 i protein bogat prolinom i serinom 1.^[3] ^[4]

Gen

Lokasija gena PROSER1 na hromosomu 13.

Lokacija

PROSER1 nalazi se na negativnom (obrnutom) lancu hromosoma 13 na poziciji 13q13.3. Proteže se od 39,009.865 baznih parova od ptera do 39,038.095 bp od ptera, sa veličinom od 28.231 baze ^[5] U neprerfađenom primarnom traskriptu PROSER1 ima ukupno 13 egzona iRNK od 5,185 bp. Ima dvije izoforme, obje u rfasponu od 5.000 bp.^[6]

Gensko susjedstvo

Geni STOML3 i NHLRC3 susedni su sa PROSER1 na hromosomu 13.^[7]

Tkivna distribucija

Dijagram nivoa ekspresije PROSER1 u različitim dijelovima ljudskog tijela.

Mapiranje ekspresije ekspresije PROSER1 pokazuje da ima posebno visoku ekspresiju u limfnom, embrionskom tkivu, timusu i maternici. Ima umjerenu ekspresiju u sjemenicima, larinksu, nervima, krvi i mjestima masnog tkiva.^[8] Prema Atlasu ljudskih proteina, PROSER1 ima opću citoplazmatsku ekspresiju i eksprimiran je u svim kategorijama tkivne RNK.^[9]

Homologija

Paralozi

PROSER1 nema paraloge.^[10]

Ortolozi

PROSER1 je visoko konzerviran među sisarima. Manje je konzerviran, iako je pronađen kod riba, ptica i nekih beskičmenjaka. Ne eksprimira se u bakterijama, biljkama ili gljivama.^[11] Prikaz ortologa u donjoj tabeli je prema NCBI-u.

Rod i vrsta	Uobičajeno ime	Datiranje of divergencije (od H. sapiens) u milionima godina	Prostupni broj	Dužina proteinske sekvence (broj aminokiselina)	Identitet sekvence	Sličnost sekvence
Homo sapiens	Čovjek	–	NP_079414.3	944	–	–
Gorilla gorilla	Gorila	8,9	XP_004054459	994	99%	99%
Colobus angolensis palliatus	Angolski kolobus	29,1	XP_011798372	947	97%	97%
Nannospalax galili	Spalaks	90.9 MYA	XP_008847583	916 aa	80%	85%
Cricetulus griseus	Kineski hrčak	90.9 MYA	XP_007626898	912 aa	79%	84%
Panthera tigris altaica	Sibirski tigar	975	XP_007097793	665	85%	89%
Acinonyx jubatus	Gepard	97,5	XP_014926409	770	79%	83%
Tursiops truncatus	Obični boconosi delfin	975	XP_004332367	1064	77%	83%
Ornithorhynchus anatinus	Kljunar	179,2	XP_007666895	888	69%	74%
Chelonia mydas	Zelena morska kornjača	320,5	XP_007070970	936	75%	83%
Pygoscelis adeliae	Adeli pingvin	320,5	XP_009318201	938	75%	83%
Calidris (philomachus) pugnax	Grgeč	320,5	XP_014821534	899	74%	83%
Chrysemys picta bellii	Obojena kornjača	320,5	XP_008175998	825	73%	82%
Aquila chrysaetos canadensis	Zlatni orao	320,5	XP_011579121	916	73%	81%
Alligator sinensis	Kineski aligator	320,5	XP_014376376	940	72%	81%
Gekko japonicus	Japanski gekon	320,5	XP_015281837	1053	65%	75%
Python bivittatus	Mjanmarski piton	320,5	XP_007438154	924	65%	75%
Anolis carolinensis	Karolinska anola	320,5	XP_008124125	920	64%	75%
Xenopus tropicalis	Zapadna kanžasta žaba	355,7	XP_012813331	944	51%	63%
Lepisosteus oculatus	Pjegava riba gar	429,6	XP_015197497	885	47%	58%
Callorhinchus milii	Australijska duh-ajkula	482,9	XP_007889503	965	64%	75%

Protein

Opća svojstva

Prevedeni PROSER1 protein ima 944 aminokiseline. Njegova predviđena molekulska težina je 95,7 kdal.^[12] PROSER1 ima izoelektričnu tački od 9^[13], a nalazi se u jedru.^[14]

Kompozicija

Sekvenca je bogata prolinom i serinom i nije posebno niska u bilo kojoj drugoj aminokiselini.

Domeni

PROSER1 sadrži jedan domen nepoznate funkcije, DUF 4476, dio pfam14771. DUF se proteže od 26 do 26 121 aminokiseline.^[2] Molekulska težina DUF 4476 je 11,1 kdal.

Detalji lokacije DUF 4476 na PROSER1.

Sekundarna struktura

aPROSER1 se sastoji prvenstveno od alfa-heliks, beta-listova i zavojnica. Protein je u velikoj mjeri umotan. DUF se sastoji uglavnom od alfa-heliksa i zavojnica. Ima nešto manje beta-listova u odnosu na protein u cjelini.^[15]

Reference

^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "GeneCards". Human Gene Database.
^ "BioCompare". BioCompare.
^ "Ensembl". Ensembl.
^ "GeneCards". Human Gene Database.
^ "NCBI Gene". NCBI.
^ "NCBI Gene". NCBI.
^ "Uniprot". Uniprot.
^ "Tissue Atlas". The Human Protein Atlas.
^ "Ensembl". Ensembl.
^ "Ensembl". Ensembl.
^ "Uniprot". Uniprot.
^ "Expasy". Expasy.
^ "PSORT II Prediction". PSORT II.
^ "SDSC Biology Workbench". SDSC.

[1] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[2] "GeneCards". Human Gene Database.

[3] "BioCompare". BioCompare.

[4] "Ensembl". Ensembl.

[5] "GeneCards". Human Gene Database.

[6] "NCBI Gene". NCBI.

[7] "NCBI Gene". NCBI.

[8] "Uniprot". Uniprot.

[9] "Tissue Atlas". The Human Protein Atlas.

[10] "Ensembl". Ensembl.

[11] "Ensembl". Ensembl.

[12] "Uniprot". Uniprot.

[13] "Expasy". Expasy.

[14] "PSORT II Prediction". PSORT II.

[15] "SDSC Biology Workbench". SDSC.

[2]

[1]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]