Wikipedia

FAM76A

FAM76A jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM76A sa hromosoma 1.[5] Značajne strukturne karakteristike FAM76A uključuju domen upredene zavojnicve od 83 aminokiseline, kao i četiri aminokiselinske poli-serinske kompozicione pristrasnosti.[6] FAM76A je konzerviran u većini hordata, ali nije pronađen kod drugih koljena Deuterostomia kao š, to su Echinodermata, Hemichordata ili Xenacoelomorpha – što sugerira da je u evolucijskoj lozi FAM76A nastao negdje nakon hordata. Nadalje, FAM76A nije pronađen u gljiva, biljaka, Archaea, ili Bacteria.[7] Predviđa se da će se FAM76A lokalizirati u jedru i može imati ulogu u regulaciji transkripcije.[8]

FAM76A
Identifikatori
AliasiFAM76A
Vanjski ID-jeviMGI: 2385211 HomoloGene: 27071 GeneCards: FAM76A
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za FAM76A
Genomska lokacija za FAM76A
Bend1p35.3Početak27,725,961 bp[1]
Kraj27,763,116 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 4 (miš)
Hrom.Hromosom 4 (miš)[2]
Hromosom 4 (miš)
Genomska lokacija za FAM76A
Genomska lokacija za FAM76A
Bend4|4 D2.3Početak132,626,524 bp[2]
Kraj132,649,869 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija• endopeptidase activity
• GO:0070140 SUMO-specific protease activity
Ćelijska komponenta• nukleoplazma
Biološki proces• protein desumoylation
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

199870

230789

Ensembl

ENSG00000009780

ENSMUSG00000028878

UniProt

Q8TAV0

Q922G2

RefSeq (mRNK)

NM_152660
NM_001143912
NM_001143913
NM_001143914
NM_001143915

NM_001163792
NM_145553

RefSeq (bjelančevina)

NP_001137384
NP_001137385
NP_001137386
NP_001137387
NP_689873

NP_001157264
NP_663528

Lokacija (UCSC)Chr 1: 27.73 – 27.76 MbChr 4: 132.63 – 132.65 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Amiokiselininska sekvenca uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 307 aminokiselina, a molekulska težina 35.049 Da.[9]

1020304050
MAALYACTKCHQRFPFEALSQGQQLCKECRIAHPVVKCTYCRTEYQQESK
TNTICKKCAQNVQLYGTPKPCQYCNIIAAFIGNKCQRCTNSEKKYGPPYS
CEQCKQQCAFDRKDDRKKVDGKLLCWLCTLSYKRVLQKTKEQRKHLSSSS
RAGHQEKEQYSRLSGGGHYNSQKTLSTSSIQNEIPKKKSKFESITTNGDS
FSPDLALDSPGTDHFVIIAQLKEEVATLKKMLHQKDQMILEKEKKITELK
ADFQYQESQMRAKMNQMEKTHKEVTEQLQAKNRELLKQAAALSKSKKSEK
SGAITSP

Gen uredi

Lokacija uredi

 
Lokus gena FAM76A se nalazi na (+) lancu kratkog kraka hromosoma 1 (1p35.3), sa genomskom sekvencom koja počinje na baznom paru 27,725.979 i završava se na bp 27,762.915. Kodirajuća regija sastavljena je od 3.462 bazna para i prevedena je u 341 aminokiselinu.

Gensko susjedstvo uredi

Geni koji okružuju FAM76A na telomernoj strani uključuju IFI6, CHMP1AP1 i RPEP3, dok geni koji flankiraju FAM76A na centromernoj strani uključuju STX12, PPP1R8 i L0C105376894.[5]

Uobičajeni aliasi uredi

U Caenorhabditis elegans, FAM76A se pominje kao K04F10.7.

iRNK uredi

Kod Homo sapiens, gen FAM76A proizvodi devet različitih iRNK, od kojih je sedam alternativno prerađeno, a dvije neprerađene. Od alternativno prerađeih iRNK, izoforma 1 je najduža varijanta gena i predmet je ovog članka.[5]

Protein uredi

Opća svojstva uredi

Molekulska težina FAM76A je 38,4 kDa, što omogućava ovom proteinu da difundira kroz jedarne pore.[10] Izoelektrična tačka je 9,28. FAM76A nema značajne pozitivne, negativne ili mješovite grupe naboja.Osim toga, FAM76A nema predviđene hidrofobne ili transmembranske segmente, što sugerira da se ovaj protein ne nalazi unutar ćelijske membrane.[11]

Kompozicija uredi

Sastav aminokiselina proteina FAM76A pokazao je učestalost aminokiselina unutar 1,5% od one normalnih ljudskih proteina za sve osim cisteina, valina i lizina. Cistein i lizin imaju veću učestalost u poređenju sa normalnim proteinom Homo sapiens, dok valin ima nižu učestalost u poređenju sa normalnim ljudskim proteinom. Iste razlike u frekvenciji aminokiselina vide se u ortolozima FAM76A, kao što su kog Gallus gallus (identitet sekvence H. sapiens 84%), Serinus canaria (identitet sekvence H. sapiens 77 %) i Crassostrea gigas (identitet sekvence H. sapiens 57%).

Domeni i motivi uredi

 
Slikovni prikaz domena FAM76A

Pretraga NCBI konzerviranih domena identificirala je nekarakterizirani konzervirani protein (YqiK) koji sadrži domen Band7/PHB/SPFH, čija je funkcija nepoznata i konzerviran je u različitim vrstama, od ljudi do bakterija.[12] U Homo sapiens, domen Band7/PHB/SPFH proteže se od 252-326 aminokiselina. Molekulska težina ovog domena je 8,9 kDa, a izoelektrična tačka 9,23. Domen Band7/PHB/SPFH nema frekventni sastav aminokiselina koji se razlikuje od normalnog proteina Homo sapiens.[11] Ovaj domen tek treba biti dodijeljen bilo kojoj natporodici domena.

Sekundarna struktura uredi

 
I-TASSER je predvidio tercijarnu strukturu za FAM76A. Ova struktura ima C-skor od –3,27 (mjereno na skali od –5 do 2, s višim vrijednostima koje izjednačavaju veću pouzdanost) i gustinu klastera od 0,35 (na skali od 0 do 1, s višim vrijednostima koje ukazuju na veću proteinsku pokrivenost predviđanjem). C-skor uzima u obzir i značaj strukture modela i kvalitet pokrivenosti predviđanja kod ostalih proteina.

Predviđa se da FAM76A ima samo alfa-helikse. Ukupno je predviđeno 17 alfa-heliksa, od kojih najduži sadrži domen Band7/PHB/SPFH.[13] Od ovoga, samo osa alfa-heliksa nalazi se unutar konzerviranih regiona FAM76A (vidi koncepnu translaciju).

Tercijarna/kvaternarna struktura uredi

FAM76A sadrži domen upredene zavojnice, unutar domena Band7/PHB/SPFH. Iz I-TASSER-a nisu predviđena značajna mjesta vezanja liganda ili aktivna mjesta.[14] Nema dokaza koji bi ukazivali na to da FAM76A stupa u interakciju s drugim proteinima kako bi formirao kvaternarnu strukturu.

Subćelijska lokalizacija uredi

Alat za predviđanje subćelijske lokalizacije proteina, PSORT II, predviđa da se FAM76A nalazi unutar jedra. Ovo predviđanje se opaža kod ortologa kao što su kod Gallus gallus i Callorhinchus milii.[15] Daljnji dokaz za lokalizaciju FAM76A u jedru pruža prisustvo signala jedarne lokalizacije.[8]

Ekspresija uredi

Prema NCBI Geo Profilu, kod ljudi FAM76A je eksprimiran u paratiroidnim žlijezdama, limfnim čvorovima, jednjaku i koštanoj srži. Faze razvoja u kojima se otkriva ekspresija FAM76A uključuju tijelo embriona, fetus i odrasle osobe.[16]

Moždani atlas uredi

Predviđanja Allenovog atlasa ljudskog mozga za ekspresiju FAM76A su prikazana ispod. Čini se da FAM76A ima veću ekspresiju unutar moždane kore i nižu ekspresiju u dijelovima reptilskskog mozga kao što je pontine tegmentum (pogledajte tabelu ekspresije za više detalja).[17]

  • Various brain views of FAM76A expression in Homo sapiens—green represents high expression, while red represents low expression
  •  
    Čeoni izgled
  •  
    Repni izgled
  •  
    Sagitalni pogled
Tabela ekpresije
Područje mozga Funkcija Razina ekspresije FAM76A
Čeoni režanj Planiranje, organiziranje, rješavanje problema, selektivna pažnja, ličnost i više kognitivne funkcije Visoka
Potiljačni režanj Procesuiranje vida Visoka
Sljepoočni režanj Procesuiranje sluha Visoka
Tjemeni režanj Osjet, percepcija i integracija senzornog inputa Visoka
Cerebellum Koordinacija voljnih pokreta Visoka
Hipokampusna formacija Pamćenje/prostorno kodiranje Niska
Pontine tegmentum Senzorne i motorne funkcije, kontrola faze sna i uzbuđenja Niska
Kuneatno jezgro produžene moždine Prijem finih dodirnih i proprioceptivnih informacija iz gornjeg dijela tijela Niska

Eksperimentalni podaci uredi

Izabrani podaci iz tri eksperimenta koji uključuju FAM76A prikazani su ispod. U jednom eksperimentu, prekomjerna ekspresija CLDN1 u ćelijama adenokarcinoma pluća smanjila je ekspresiju FAM76A.[18] U drugom eksperimentu, pokazalo se da ćelije raka prostate neosjetljive na androgene imaju smanjenu ekspresiju FAM76A u poređenju sa osjetljivim na androgene.[19] Treći eksperiment pokazao je da da ćelije oocita metafaze II imaju veću ekspresiju FAM76A u poređenju sa kontrolnim ćelijama.[20]

  • Selected NCBI Geo Data
  •  
    Nivoi FAM76A u ljudskoj ćelijskoj liniji adenokarcinoma pluća su upoređene između kultura koje su imale prekomjernu ekspresiju klaudina-1 (CLDN1) i kontrolnih ćelija
  •  
    Ekspresija FAM76A kod Homo sapiens osjetljivih na androgene i neosjetljive ćelijske linije raka prostate
  •  
    Ekspresija FAM76A ljudskih oocita metafaze II i kontrole (sastoje se ćelijske linije od mješavine skeletnih mišića, bubrega, pluća, debelog crijeva, jetre, slezene, dojke, mozga, srca i želuca)

Regulacija ekspresije uredi

Posttranslacijske modifikacije uredi

Predviđeno je da će FAM76A biti podvrgnut raznim posttranslacijskim modifikacijama. Posttranslacijske modifikacije pronađene u konzerciranim regijama uključuju sedam mjesta fosforilacije, dva mjesta sumoilacije i jwdaN signal jedarne lokalizacije.[21] Ove modifikacije ukazuju da je FAM76A lokaliziran na jedru. Pogledajte koncepnu translaciju za vizualni prikaz gore navedenih modifikacija.

  • Conceptual translation for FAM76A
  •  
  •  
  •  
    Ključ konceptne translacije

Promotor uredi

Genomatrixov ElDorado program predviđa promotor za FAM76A koji se zove GXP_71042 i ima 679 baznih parova. Nalazi se na hromosomu 1, počevši od bp 27,725.479 i završavajući na bp 27,726.157. GXP_71042 preklapa se sa početkom kodne sekvence FAM76A. Postoji nekoliko faktora transkripcije koji se vezuju za ovaj promoter. Mnogi transkripcijski faktori koji se vezuju za promotorsku regiju FAM76A imaju funkciju koja se bavi krvnim ćelijama, imunskim sistemom i bijelim krvnim zrncima (leukocitima) —što možda sugerira da je FAM76A uključen u imunskoj funkciji. Također se čini da najčešće porodice matriksa uključuju cinkove prste C2H2 i mijeloidne cinkove prste, što sugeriše da ove matrične porodice mogu biti u velikoj meri uključene u transkripciju FAM76A.

 
Mjesto vezanja FAM76A transkripcijskog faktora
 
Tabela mjesta vezanja transkripcijskih faktora

RNK-vezujući proteini uredi

Uobičajeni proteini koji se vezuju za RNK unutar 3' UTR FAM76A uključuju PABPC1, ELAVL1 i PUM2—svaki sa predviđenom frekvencijom vezivanja od 32, 18, odnosno 16 puta.[22]

Interaktivni proteini uredi

Utvrđeno je da FAM76A ima fizičku interakciju sa ELAVL1. Interakcija je otkrivena imunoprecipitacijom koju su izveli Abdelmohsena et al., 2009.[23] ELAVL1 uključen je u regulaciju ekspresije gena.

Homologija/evolucija uredi

Paralozi uredi

FAM76B je paralog FAM76A. Procjenjuje se da su se FAM76A i FAM76B međusobno divergirali prije oko 17,5 miliona godina.[5] Strukturne sličnosti koje su konzervirane između FAM76A/B uključuju domen upredene zavojnice kao i kompozicionu pristranost poliserina.[12] FAM76A and FAM76B both exhibit high expression in tissues such as lymph node, whole blood, testis, ovary, brain, kidney, liver, and lung.[24] FAM76B has about 62% sequence identity with FAM76A.[12]

Ortolozi uredi

Rod i vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) Identitet aminokiselinske sekvence (%)
Homo sapiens Čovjek 0 100
Macaca fascicularis Makak rakojed 29,1 95
Tarsius syrichta Filipinski avetnjak 67,6 85
Dipodomys ordii Ordov pacov-kengur 90,9 85
Nannospalax galili Slijepi krtičasti pacov 90,9 88
Gallus gallus Crvena kokoš 320,5 84
Nipponia nippon Krestasti ibis 320,5 83
Egretta garzetta Mala čaplja 320,5 75
Anolis carolinensis Karolinska anola 320,5 73
Oryzias latipes Japanska rižopoljska riba 429,6 59
Callorhinchus milii Australijska duh-ajkula 482,9 64
Crassostrea gigas Pacifička ostriga 847 57
Cryptosporidium parvum Iowa II N/A 1724,7 27
Cryptosporidium hominis N/A 1724,7 26

Ovdje je prikazana tabela odabranog broja ortologa za FAM76A Homo sapiens. Uključuje blisko, srednje i udaljeno srodne ortologe. Pokazalo se da sisari imaju veću sličnost, dok vodeni kičmenjaci kao što su Actinoperygii/Chondrichthyes imaju manju sličnost. Ortolozi proteina FAM76A "Homo sapiens" navedeni su gore u opadajućem redoslijedu datuma divergencije, a zatim prema identitetu sekvence.

Evolucija uredi

FAM76A ima umjerenu stopu mutacije u poređenju sa fibrinogenim (brzo mutirajući) i citohromom c (sporo mutiranje).[7][25] Ovo sugerira da je FAM76A bio barem donekle otporan na mutacije tokom evolucije.

 
Stopa mutacije FAM76A u odnosu na citokrom C i fibrinogen: Stopa mutacije, m, koja predstavlja ispravljeni postotak promjena aminokiselina između ljudskog proteina i njegovih ortologa, ucrtana je u zapisu (milioni godina od datum divergencije loze Homo sapiens i loze vrste u kojoj postoji ortolog. Ovdje se "m" izračunava iz uočenog broja aminokiselinskih promjena između dva organizma na sljedeći način: m/100=-ln( 1-n/100), gdje je m ukupan broj promjena aminokiselina koje su se dogodile u segmentu proteina od 100 aminokiselina, a n je uočeni broj promjena aminokiselina na 100 ostataka, u poređenju sa sekvencom ljudskog proteina

Klinički značaj uredi

Pridružene bolesti uredi

Ekspresija FAM76A je najveća kod tumora nadbubrežne žlijezde, tumora jednjaka i tumora mehkog/mišićnog tkiva.[5][26] Pokazalo se da povećanje/gubitak broja kopija FAM76A – zajedno sa susjednim genima – proizvodi štetne fenotipove. U jednom izveštaju o slučaju, pokazalo se da pacijent sa povećanjem broja kopija od 1p36.11-34.2 ima zastoje u razvoju.[27] Drugi pacijent, koji je imao povećanje broja kopija od 1p36.1-35, pokazao je slična kašnjenja.[28] U drugom izveštaju o slučaju, pacijent sa gubitkom broja kopija 1p35.3, tačnom lokacijom FAM76A, imao je makrocefaliju.[28]

Poravnavanje višestrukih sekvenci (MSA) uredi

MSA, prikazan ispod i generiran pomoću Biology Workbench-a CLUSTALW, raspoređuje ortologe po prvom slovu roda, a zatim po prva dva slova vrste.[11] Postoje tri domena koja su visoko konzervirana među ortolozima. Dva od ovih domena imaju nepoznatu funkciju, dok je treći domen upredena zavojnica. Konzerviranost ovih regija je praćena unazad do Cryptosporidium parvum Iowa II, koji se odvojio od Homo sapiens prije 1724,7 miliona godina. Konzervirana regija 1 sadrži uglavnom polarne aminokiseline; konzervirana regija 2 sadrži i polarne i nepolarne aminokiseline; a domen upredene zavojnice sadrži uglavnom polarne aminokiseline.

  • Distant Ortholog Multiple Sequence Alignment of FAM76A
  •  
  •  
  •  
    Ljubičasta = Slična hemijska struktura aminokiselina
    Plava = Iste aminokiseline
  •  

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000009780 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028878 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c d e "FAM76A family with sequence similarity 76 member A [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 2. 2016.
  6. ^ "FAM76A Uniprot Entry".
  7. ^ a b "NCBI BLAST".
  8. ^ a b "NLS Mapper". Arhivirano s originala, 22. 11. 2021.
  9. ^ "UniProt, Q8TAV0" (jezik: eng.). Pristupljeno 26. 11. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  10. ^ Mahajan R, Delphin C, Guan T, Gerace L, Melchior F (januar 1997). "A small ubiquitin-related polypeptide involved in targeting RanGAP1 to nuclear pore complex protein RanBP2". Cell (jezik: English). 88 (1): 97–107. doi:10.1016/S0092-8674(00)81862-0. PMID 9019411. S2CID 17819277.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  11. ^ a b c "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu. Pristupljeno 28. 2. 2016.
  12. ^ a b c "protein FAM76A isoform 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 2. 2016.
  13. ^ "Phyre2".[trajno mrtav link]
  14. ^ "I-TASSER Protein Structure & Function Predictions".
  15. ^ "PSORT II Prediction".
  16. ^ "NCBI Geo Profile".
  17. ^ "FAM76A Allen Brain Atlas".
  18. ^ Chao YC, Pan SH, Yang SC, Yu SL, Che TF, Lin CW, Tsai MS, Chang GC, Wu CH, Wu YY, Lee YC, Hong TM, Yang PC (januar 2009). "Claudin-1 is a metastasis suppressor and correlates with clinical outcome in lung adenocarcinoma". American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 179 (2): 123–33. doi:10.1164/rccm.200803-456OC. PMID 18787218.
  19. ^ Zhao H, Kim Y, Wang P, Lapointe J, Tibshirani R, Pollack JR, Brooks JD (maj 2005). "Genome-wide characterization of gene expression variations and DNA copy number changes in prostate cancer cell lines". The Prostate. 63 (2): 187–97. doi:10.1002/pros.20158. PMID 15486987. S2CID 31990854.
  20. ^ Kocabas AM, Crosby J, Ross PJ, Otu HH, Beyhan Z, Can H, Tam WL, Rosa GJ, Halgren RG, Lim B, Fernandez E, Cibelli JB (septembar 2006). "The transcriptome of human oocytes". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (38): 14027–32. Bibcode:2006PNAS..10314027K. doi:10.1073/pnas.0603227103. PMC 1599906. PMID 16968779.
  21. ^ "ExPasy Post-trasnlational Modifications".
  22. ^ "RBPDP: The database of RNA-binding protein specificities".
  23. ^ Abdelmohsen K, Srikantan S, Yang X, Lal A, Kim HH, Kuwano Y, Galban S, Becker KG, Kamara D, de Cabo R, Gorospe M (maj 2009). "Ubiquitin-mediated proteolysis of HuR by heat shock". The EMBO Journal. 28 (9): 1271–82. doi:10.1038/emboj.2009.67. PMC 2683047. PMID 19322201.
  24. ^ "NCBI AceView".
  25. ^ "Time Tree".
  26. ^ "FAM76A Gene Cards".
  27. ^ Miller DT, Adam MP, Aradhya S, Biesecker LG, Brothman AR, Carter NP, Church DM, Crolla JA, Eichler EE, Epstein CJ, Faucett WA, Feuk L, Friedman JM, Hamosh A, Jackson L, Kaminsky EB, Kok K, Krantz ID, Kuhn RM, Lee C, Ostell JM, Rosenberg C, Scherer SW, Spinner NB, Stavropoulos DJ, Tepperberg JH, Thorland EC, Vermeesch JR, Waggoner DJ, Watson MS, Martin CL, Ledbetter DH (maj 2010). "Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies". American Journal of Human Genetics. 86 (5): 749–64. doi:10.1016/j.ajhg.2010.04.006. PMC 2869000. PMID 20466091.
  28. ^ a b Kaminsky EB, Kaul V, Paschall J, Church DM, Bunke B, Kunig D, Moreno-De-Luca D, Moreno-De-Luca A, Mulle JG, Warren ST, Richard G, Compton JG, Fuller AE, Gliem TJ, Huang S, Collinson MN, Beal SJ, Ackley T, Pickering DL, Golden DM, Aston E, Whitby H, Shetty S, Rossi MR, Rudd MK, South ST, Brothman AR, Sanger WG, Iyer RK, Crolla JA, Thorland EC, Aradhya S, Ledbetter DH, Martin CL (septembar 2011). "An evidence-based approach to establish the functional and clinical significance of copy number variants in intellectual and developmental disabilities". Genetics in Medicine. 13 (9): 777–84. doi:10.1097/GIM.0b013e31822c79f9. PMC 3661946. PMID 21844811.

Dopunska literatura uredi

Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=FAM76A&oldid=3511787"