C1QL1
Komplementna komponenta 1,
q subkomponentnokiki 1 je sekretni protein koji je kod ljudi kodiran genom C1QL1, lociranom na poziciji 17q21.31.[5]
| C1QL1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | C1QL1 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 611586 MGI: 1344400 HomoloGene: 4867 GeneCards: C1QL1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 17: 44.96 – 44.97 Mb | Chr 11: 102.83 – 102.84 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Dužina polipeptidnog lanca je 258 aminokiselina, sa molekulskom težinom od 26.453.[6]
Široko je eksprimiran, ali njegova ekspresija je najviša u mozgu, a također može biti uključen u regulaciju motorne kontrole.[7] Pre-iRNK ovog proteina podliježe editiranju RNK.[8]
Aminokiselinska sekvenca
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLLVLVVLIP | VLVSSGGPEG | HYEMLGTCRM | VCDPYPARGP | GAGARTDGGD | ||||
| ALSEQSGAPP | PSTLVQGPQG | KPGRTGKPGP | PGPPGDPGPP | GPVGPPGEKG | ||||
| EPGKPGPPGL | PGAGGSGAIS | TATYTTVPRV | AFYAGLKNPH | EGYEVLKFDD | ||||
| VVTNLGNNYD | AASGKFTCNI | PGTYFFTYHV | LMRGGDGTSM | WADLCKNGQV | ||||
| RASAIAQDAD | QNYDYASNSV | ILHLDAGDEV | FIKLDGGKAH | GGNSNKYSTF | ||||
| SGFIIYSD |
Funkcija uredi
Njegova fiziološka funkcija je nepoznata. Član je proteinskog domene C1Q, koji imaju važnu signalnu ulogu u upalama i adaptivnoj imunosti.[9]
Editiranje RNK uredi
Tip uredi
Pre-iRNK ovog proteina podložna je A do I editiranja, koja katalizira porodica adenozin-deaminaza koja djeluje na RNK (ADAR) sa specifičnim prepoznavanjem adenozina u dvolančanim regijama pre-mRNK i deaminiraju ih u inozin. Inozini su, u ćelijskom mehanizmu translacije prepoznati kao gvanozini. Postoje tri člana porodice ADAR: ADAR 1-3, s tim da su ADAR 1 i ADAR 2 jedini enzimski aktivni članovi. Smatra se da ADAR 3 ima regulatornu ulogu u mozgu. ADAR 1 i ADAR 2 su široko eksprimirani u tkivima, dok je ADAR 3 ograničen na mozak. Dvolančana područja RNK nastaju uparivanjem baza između ostataka u regiji komplementarnoj regiji mesta editiranja. Ovo komplementarno područje obično se nalazi u susjednom intronu, ali se također može nalaziti u egzonskoj sekvenci. Regija koja se uparuje s regijom uređivanja poznata je pod nazivom editirana komplementarna sekvenca (ECS).
Editiranje RNK uredi
Kandidatska mjesta za uređivanje određena su eksperimentalnim poređenjem sekvenci cDNK i genomski kodirane DNK od iste osobe, kako bi se izbjegli jednolanonukleotidni polimorfizmi (SNP). Dvija od tri mjesta za uređivanje u mišjem genu pronađene su i u ljudskom transkriptu.[8] Međutim, u svim RNK otkriveno je samo Q / R mjesto, a T / A mjesto je otkriveno samo jednom. Oba mjesta nalaze se u okviru egzona.[8]
Mjesto Q/R
Ovo mjesto nalazi se u egzonu 1, na poziciji 66. Editiranje rezultira promjenom kodona iz glutaminskog u argininski.
Mjesto T/A
Ovo mjesto nalazi i u egzonu 1, na poziciji 63. Otkriveno je samo u jednom genomskom uzorku, što ukazuje da uređeni ostatak može biti SNP. Međutim, predviđa se da sekundarna struktura RNK oko mjesta uređivanja visoko konzervirana i kod miševa i kod ljudi. To ukazuje na to da se lokacija T/A i dalje može eksprimirati kao mjesto koja uređuje sekvencu od A do I RNK. Uređivanje na ovom mjestu rezultiralo bi promjenom aminokiselina iz treonina u alanin.
Predviđa se da se ECS može naći unutar egzona 1, na lokaciji 5 'do područja za uređivanje.[8]
Regulacija editiranja uredi
Ovo mjesto nalazi ae i u egzonu 1, na poziciji 63. Otkriveno je samo u jednom genomskom uzorku koji ukazuje da je editiranjee različito eksprimirano u cerebelumu i korteksu. Ova regulacija je nađena i kod miševa, sugerirajući konzerviranost regulacije editiranja o uređivanju. Nije otkriveno nijedno uređivanje u tkivu ljudskih pluća, srca, bubrega ili slezene.[8]
Evolucijska konzervacija uredi
Sekvenca egzona 1 je visoko konzerirana kod sisara i editiranje pre-iRNK ovog proteina vjerovatno će se dogoditi kod miševa, pacova, pasa i krava, kao i kod ljudi. Iako ECS nije konzerviran kod nesisara, u zebricama je predviđena alternativna ECS sa sličnom strukturom, ali na drugom mjestu. Ecs se nalazi nizvodno od mjesta za editiranje.[8]
Efekti na strukturu proteina uredi
Ova predviđena mjesta za editiranje rezultiraju prevođenjem arginina umjesto glutamina na Q/R mjestu i alanina umjesto treonina na mjestu T/A. Ove promjene kodona su nesinonimske.[8] Budući da se mjesta za uređivanje nalaze neposredno prije domena kolageracije poput trimeriziranja, uređivanje može uticati na oligomerizaciju proteina. Ova regija je također vjerovatni domen proteaza. Nije poznato da li bi promjene aminokiselina uzrokovane edditiranjem mogle uticati na ove domene.[8]
Reference uredi
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000131094 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000045532 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ C1QL1 Gene - GeneCards | C1QRF Protein | C1QRF Antibody
- ^ "UniProt, O75973". Pristupljeno 12. 9. 2017.
- ^ Bérubé NG, Swanson XH, Bertram MJ, et al. (januar 1999). "Cloning and characterization of CRF, a novel C1q-related factor, expressed in areas of the brain involved in motor function". Brain Res. Mol. Brain Res. 63 (2): 233–40. doi:10.1016/S0169-328X(98)00278-2. PMID 9878755.
- ^ a b c d e f g h Sie CP, Maas S (april 2009). "Conserved recoding RNA editing of vertebrate C1q-related factor C1QL1". FEBS Lett. 583 (7): 1171–4. doi:10.1016/j.febslet.2009.02.044. PMID 19275900. S2CID 33286445.
- ^ Ghai R, Waters P, Roumenina LT, et al. (2007). "C1q and its growing family". Immunobiology. 212 (4–5): 253–66. doi:10.1016/j.imbio.2006.11.001. PMID 17544811.
Dopunska literatura uredi
- Sie CP, Maas S (2009). "Conserved recoding RNA editing of vertebrate C1q-related factor C1QL1". FEBS Lett. 583 (7): 1171–4. doi:10.1016/j.febslet.2009.02.044. PMID 19275900. S2CID 33286445.
- Davila S, Froeling FE, Tan A, et al. (2010). "New genetic associations detected in a host response study to hepatitis B vaccine". Genes Immun. 11 (3): 232–8. doi:10.1038/gene.2010.1. PMID 20237496.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Bérubé NG, Swanson XH, Bertram MJ, et al. (1999). "Cloning and characterization of CRF, a novel C1q-related factor, expressed in areas of the brain involved in motor function". Brain Res. Mol. Brain Res. 63 (2): 233–40. doi:10.1016/S0169-328X(98)00278-2. PMID 9878755.
Vanjski linkovi uredi
- DARNED (DAtabase of RNa EDiting in humans) Arhivirano 21. 7. 2011. na Wayback Machine
- Lokacija ljudskog genoma C1QL1 i stranica sa detaljima o genu C1QL1 u UCSC Genome Browseru.