TTC39A
Tetratrikopeptidno ponavljanje 39A jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TTC39A sa hromosoma 1.[5] TTC39A je također poznat kao DEME-6 (diferencijalno eksprimiran u MCF7 sa estradiolskim proteinom 6), KIAA0452 i c1orf34.[5] Funkcija TTC39A još nije dobro shvaćena. Glavna karakteristika unutar tetratrikopeptidnog ponavljanja 39A je domen nepoznate funkcije 3808 (DUF3808), koji obuhvata gotovo cijeli protein.[6] KIAA0452 se također može posmatrati kao izoforma TTC39A zbog razlika u sekvenci genoma, ali se preklapaju u DUF domenu.[7]
TTC39A | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | TTC39A | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | MGI: 2444350 HomoloGene: 17739 GeneCards: TTC39A | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 1: 51.29 – 51.35 Mb | Chr 4: 109.26 – 109.3 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Aminokiselinska sekvenca uredi
Dužina polipeptidnog lanca je 613 aminokiselina, a molekulska težina 69.778 Da.[8].
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MGQKGHKDSL | YPCGGTPESS | LHEALDQCMT | ALDLFLTNQF | SEALSYLKPR | ||||
TKESMYHSLT | YATILEMQAM | MTFDPQDILL | AGNMMKEAQM | LCQRHRRKSS | ||||
VTDSFSSLVN | RPTLGQFTEE | EIHAEVCYAE | CLLQRAALTF | LQGSSHGGAV | ||||
RPRALHDPSH | ACSCPPGPGR | QHLFLLQDEN | MVSFIKGGIK | VRNSYQTYKE | ||||
LDSLVQSSQY | CKGENHPHFE | GGVKLGVGAF | NLTLSMLPTR | ILRLLEFVGF | ||||
SGNKDYGLLQ | LEEGASGHSF | RSVLCVMLLL | CYHTFLTFVL | GTGNVNIEEA | ||||
EKLLKPYLNR | YPKGAIFLFF | AGRIEVIKGN | IDAAIRRFEE | CCEAQQHWKQ | ||||
FHHMCYWELM | WCFTYKGQWK | MSYFYADLLS | KENCWSKATY | IYMKAAYLSM | ||||
FGKEDHKPFG | DDEVELFRAV | PGLKLKIAGK | SLPTEKFAIR | KSRRYFSSNP | ||||
ISLPVPALEM | MYIWNGYAVI | GKQPKLTDGI | LEIITKAEEM | LEKGPENEYS | ||||
VDDECLVKLL | KGLCLKYLGR | VQEAEENFRS | ISANEKKIKY | DHYLIPNALL | ||||
ELALLLMEQD | RNEEAIKLLE | SAKQNYKNYS | MESRTHFRIQ | AATLQAKSSL | ||||
ENSSRSMVSS | VSL |
Gen uredi
Gen za TTC39A nalazi na se hromosomu 1, na poziciji 1p32.3.[5] Genomski DNK je dugačak 57.859 baza, sastoji se od 19 egzoni i nalazi se na minus lancu.[9] Njegova iRNK ima dužinu od 2.759 baza.[9] TTC39A je okružen genima za RNF11 i EPS15. Nijedan od ovih gena nema poznatu interakciju ili sličnu funkciju kao TTC39A.[6] Nema poznatih medicinskih poremećaja koji su posljeduica delecija TTC39A.[6]
Na ovom hromosomu, sekvenca 1p32.3 također se nalazi gen za KIAA0452. Genomska DNK duga je 34.096 baza, a sastoji se od 11 egzona na minus lancu.[10] Dužina iRNK također je 6.256 baza.[11]
Transkripcijski faktori uredi
Ispod su neki od transkripcionih faktora koji postoje za predviđenu sekvencu promotora.[12]
Detalji o porodici | Start | Kraj | Lanac |
---|---|---|---|
Protein mijeloidnog cinkovog prsta MZF1 | 286 | 296 | + |
Faktori domena viljuškine glave FOXK2 | 54 | 70 | – |
X-vezani protein cinkovih prstiju ZFX i ZFY | 118 | 128 | – |
E2F transkripcijski faktor 4, p107/p130-vezujući protein | 475 | 491 | – |
SPI-1 protoonkogen; hematopoetski transkripcijski faktor PU.1 | 205 | 225 | + |
Hematopoetski eksprimirani homeoboks, proteinski homeodomen bogat prolinom | 108 | 126 | + |
Ispod su neki od faktora transkripcije, sa sličnošću 1, koji postoje za predviđenu sekvencu promotora.[12][13]
Detaljnije informacije o porodici | Start | Kraj | Lanac |
---|---|---|---|
AP1 aktivirajući protein 1 | 22 | 34 | + |
Mijeloidni protein MZF1 cinkovog prsta | 577 | 587 | + |
Mijeloidni transformirajući protein EVI1
(Ektotropno mjesto integracije virusa, kodirani faktor, amino-terminalnog domena cinkovog prsta) |
16 | 32 | + |
C2H2 transkripcijski faktor cinkovog prsta 2 | 539 | 561 | – |
Alternativno prerađene varijante FOXP1 glave replikacijske viljuške (aktivirane u ESC-ima) | 410 | 426 | – |
Gen 1 pleomorfnog adenoma | 209 | 231 | + |
Protein uredi
Najduža sekvenca proteina sastoji se od 613 aminokiselina.[14] Unutar TTC39A postoji domen nepoznate funkcije, DUF 3808.[14] DUF 3808 općenito podrazumijeva poziciju protenina vanjske mitohondrijske membrane, a konzerviran je od gljiva do ljudi.[14] DUF 3808 također sadrži tetratrikopeptid, TPR_16 i predviđeni transmembranski domen.[14][15] Predviđeno je da struktura TTC39A ima 12 alfa-heliksa i jedan beta-list.[16]
KIAA0452 ima proteinsku sekvencu sa 453 aminokiseline.[17] Predviđeno je da struktura KIAA0452 ima 11 alfa-heliksa i devet beta-listova.[16] KIAA0452 overlaps TTC39A via a domain of unknown function, DUF 3808.[14] KIAA0452 ima predviđenu molekulsku težinu od 49,4 kDa[18] i izoelektričnu tačku od 6,766000.[19]
Ekspresija uredi
Postoji 17 varijanti prerade za TTC39A.[20] TTC39A je visoko izražen protein u ljudskom tijelu.[20] Najviši nivoi ekspresije nalaze se u mliječnim žlijezdama i sjemenicima.[14] Najniži nivoi ekspresije nalaze se u imunskom sistemu.[14][21]
TTC39A inducira TFAP2C u ćelijama karcinoma dojke koje reaguju na hormone [22] i TTC39A je eksprimiran u ćelijskim linijama karcinoma pozitivnih na estrogeni receptor.[23]
Posttranslacijske modifikacije uredi
Postoji nekoliko predviđenih mjesta fosforilacije, ali nijedno nije eksperimentalno potvrđeno.[24] A single sulfination site is predicted at position 175.[25]
KIAA0452 ima jedno mjesto N-acetacije na poziciji 274.[26]
Homologija uredi
TTC39A ima nekoliko ortologa koji su pronađeni u eukariota, Archaea i Bacteria.[9] Identificirana su također i dva paraloga, TTC39B i TTC39A[9] Funkcije TTC39B i TTC39C nisu poznate.[9]
Rod I vrsta | Uobičajeno ime | Prostupni broj | Dužina | Identitet proteina | Sličnost proteina |
---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Čovjek | NP_001073963.1 | 613aa | 100% | 100% |
Mus musculus | Miš | NP_001139420.1 | 578aa | 87,9% | 91,0% |
Macaca mulatta | Rezus-makak | XP_002801613.1 | 550aa | 92,0% | 93,0% |
Gallus gallus | Kokoš | XP_422466.3 | 575aa | 71,3% | 81,0% |
Taeniopygia guttata | Zebrasta zeba | XP_002193183 | 575aa | 73.0% | 82.0% |
Anolis carolinensis | Zelena anola | XP_003216860.1 | 570aa | 58,8% | 74,0% |
Danio rerio | Zebrica | XP_002663143.1 | 598aa | 60,8% | 76,0% |
Branchiostoma floridae | Kopljača | XP_002591442.1 | 544aa | 41,1% | 61,0% |
Physcomitrella patens | Mahovina | XP_001766901.1 | 601aa | 24.2% | 41.0% |
Leishmania braziliensis | Euglenozoa | XP_001566995.1 | 584aa | 21.8% | 40.0% |
Aster yellows | Fitoplazma | AAO61940.1 | 299aa | 15.1% | 42.0% |
KIAA 0452 ima nekoliko sličnih ortologa kao TTC39A od eukariota, arheja i bakterija, ali različite proteinske identitete i sličnosti.[10]
Rod I vrsta | Uobičajeno ime | Prostupni broj | Dužina | Identitet proteina | Sličnost proteina |
---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Čovjek | AB007921 | 453aa | 100% | 100% |
Homo sapiens | Čovjek | BC028374.2 | 629aa | 99% | 99% |
Mus musculus | Miš | AK172951.1 | 574aa | 85% | 87% |
Macaca mulatta | Rezus-mamak | XP_002801613 | 550aa | 88% | 88% |
Taeniopygia gutlata | Zebrasta zeba | XP_002193183.2 | 549aa | 72% | 79% |
Anolis carolinensis | Zelena anola | XP_003216860.1 | 570aa | 56% | 69% |
Danio rerio | Zebrica | XP_002663143 | 598aa | 60% | 71% |
Branchiostoma floridae | Kopljača | XP_002591442.1 | 544aa | 42% | 62% |
Physcomitrella patens | Mahovina | XP_001766901.1 | 601aa | 25% | 41% |
Leishmania braziliensis | Euglenoza | XP_001566995.1 | 584aa | 28% | 48% |
Aster yellows | Fitoplazma | AAO61940.1 | 299aa | 24% | 42% |
Svojjstva iRNK uredi
Promotor uredi
Predviđeni promotor za TTC39A gen se prostire na 713 bp od 51,796.048 do 51,796.760 bp.[12]
Predviđeni promotor za gen KIAA0452 obuhvata 600 bp od 51,796.517 do 51,797.117 bp.[12]
Interakcije uredi
Utvrđeno je da TTC39A stupa u interakciju sa BTNL2[27] i MAPK3.[28]
Reference uredi
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000085831 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028555 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b c HUGO Gene Nomenclature Committee. "TTC39A". Gene Symbol Report. Human Genome Organisation.[mrtav link]
- ^ a b c "National Center of Biotechnology Information".
- ^ "UCSC Genome Browser Aceview".
- ^ "UniProt, Q5SRH9" (jezik: eng.). Pristupljeno 1. 12. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
- ^ a b c d e "TTC39A Gene". GeneCards Human Gene Database. Weizmann Institute of Science.
- ^ a b "Gene/Protein Characteristic Table for KIAA0452".
- ^ "National Center of Biotechnology Information".
- ^ a b c d "Gene2Promoter". Genomatix.[mrtav link]
- ^ "GemsLauncher". Genomatrix. Arhivirano s originala, 1. 12. 2021. Pristupljeno 1. 12. 2021.
- ^ a b c d e f g "TTC39A tetratricopeptide repeat domain 39A [Homo sapiens]". NCBI Gene Report. National Center for Biotechnology Information.
- ^ "San Diego Biology Workbench". Predicted transmembrane domains. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 1. 12. 2021.
- ^ a b "San Diego Supercomputer Biology Workbench Pele".
- ^ "KIAA0452 protein [Homo sapiens]".
- ^ "San Diego Biology Workbench SAPs". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 1. 12. 2021.
- ^ "San Diego Biology Workbench PI". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 1. 12. 2021.
- ^ a b "Aceview".
- ^ "Large-scale analysis of the human transcriptome (HG-U133A".
- ^ Woodfield GW, Chen Y, Bair TB, Domann FE, Weigel RJ (oktobar 2010). "Identification of primary gene targets of TFAP2C in hormone responsive breast carcinoma cells". Genes Chromosomes Cancer. 49 (10): 948–62. doi:10.1002/gcc.20807. PMC 2928401. PMID 20629094.
- ^ Kuang WW, Thompson DA, Hoch RV, Weigel RJ (februar 1998). "Differential screening and suppression subtractive hybridization identified genes differentially expressed in an estrogen receptor-positive breast carcinoma cell line". Nucleic Acids Res. 26 (4): 1116–23. doi:10.1093/nar/26.4.1116. PMC 147366. PMID 9461476.
- ^ "Netphos".
- ^ "Expasy Sulfinator".
- ^ "Expasy NetAcet".
- ^ "TTC39A". STRING: functional protein association networks.[mrtav link]
- ^ von Kriegsheim A, Baiocchi D, Birtwistle M, Sumpton D, Bienvenut W, Morrice N, Yamada K, Lamond A, Kalna G, Orton R, Gilbert D, Kolch W (decembar 2009). "Cell fate decisions are specified by the dynamic ERK interactome". Nat. Cell Biol. 11 (12): 1458–64. doi:10.1038/ncb1994. PMC 3839079. PMID 19935650.