Selenoprotein W je protein koji je kod ljudi kodiran genom SEPW1.[5][6]

SEPW1
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

2NPB

Identifikatori
AliasiSELENOW
Vanjski ID-jeviOMIM: 603235 MGI: 1100878 HomoloGene: 2263 GeneCards: SELENOW
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 19 (čovjek)
Hrom.Hromosom 19 (čovjek)[1]
Hromosom 19 (čovjek)
Genomska lokacija za SEPW1
Genomska lokacija za SEPW1
Bend19q13.33Početak47,778,677 bp[1]
Kraj47,784,686 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 7 (miš)
Hrom.Hromosom 7 (miš)[2]
Hromosom 7 (miš)
Genomska lokacija za SEPW1
Genomska lokacija za SEPW1
Bend7|7 A2Početak15,651,133 bp[2]
Kraj15,656,327 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija antioxidant activity
Ćelijska komponenta citoplazma
citosol
Biološki proces cellular oxidant detoxification
response to selenium ion
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_003009

NM_009156

RefSeq (bjelančevina)

NP_003000

NP_033182

Lokacija (UCSC)Chr 19: 47.78 – 47.78 MbChr 7: 15.65 – 15.66 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Kloniranje i ekspresija uredi

Gu et al. (1997) koristili su cDNK pacovskog selenoproteina W kao sondu za kloniranje svojih analoga iz biblioteka cDNK nekoliko drugih vrsta. Klonirali su ljudsku cDNK iz biblioteke ljudskih skeletnih mišića. Ona kodira polipeptid od 87 aminokiselina koji sadrži visoko konzervirani element SECIS. Koristeći Northern blot analizu, Dikiy et al. (2007) otkrili su ekspresiju Selwa u svim ispitivanim tkivima miša, s najvećom ekspresijom u mozgu, skeletnim mišićima i sjemenicima.[7][8]

Aminokiselinska sekvenca uredi

Simboli
1020304050
MALAVRVVYCGAGYKSKYLQLKKKLEDEFPGRLDICGEGTPQATGFFEV
MVAGKLIHSKKKGDGYVDTESKFLKLVAAIKAALAQG

Funkcija uredi

Ovaj gen kodira selenoprotein, koji na svom aktivnom mjestu sadrži ostatak selenocisteina (Sec). Selenocistein je kodiran UGA kodonom, koji obično signalizira prekid translacije. 3 'UTR selenoproteinski geni imaju zajedničku strukturu matične petlje, sekvencu sekundarnog umetanja (SECIS), koja je neophodna za prepoznavanje UGA kao Sec kodona, a ne kao zaustavni signal. Ovaj protein pokazuje najveću ekspresiju u skeletnim mišićima i srcu i može biti uključen u reakcije redukcije oksidacije. Retroprocesirani pseudogen, SEPW1P, identificiran je i mapiran na hromosomu 1p35-34.[6]

Dikiy et al. (2007) saopćili su da jedan cistein ili selenocistein u motivima CxxC ili CxxU RDX proteina, kao što je SEPW, stvara prolaznu intermolekulsku disulfidnu vezu sa ciljnim proteinima tokom redoks reakcija. Mutirali su motiv CxxU miša Sepw, kako bi stabilizirali intermedijar i identificirali ciljane proteine. Analize povlačenja proteina pokazale su da su mutirani oblici Sepw-a vezali peroksiredoksin-1 (PRDX1) i nekoliko 14-3-3 proteina (npr. YWHAH; 113508) u citosolu mozga i srca. Imunoprecipitacija transfektiranih fibroblasta miša i eksperimenti s povlačenjem proteina otkrili su da Selw i 14-3-3 mogu međusobno djelovati na neredoksirani način, kao i putem međumolekulskih disulfidnih veza.[9]

Reference uredi

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000178980 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000041571 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Gu QP, Beilstein MA, Vendeland SC, Lugade A, Ream W, Whanger PD (juli 1997). "Conserved features of selenocysteine insertion sequence (SECIS) elements in selenoprotein W cDNAs from five species". Gene. 193 (2): 187–96. doi:10.1016/S0378-1119(97)00113-3. PMID 9256076.
  6. ^ a b "Entrez Gene: SEPW1 selenoprotein W, 1".
  7. ^ Dikiy, A., Novoselov, S. V., Fomenko, D. E., Sengupta, A., Carlson, B. A., Cerny, R. L., Ginalski, K., Grishin, N. V., Hatfield, D. L., Gladyshev, V. N. SelT, SelW, SelH, and Rdx12: genomics and molecular insights into the functions of selenoproteins of a novel thioredoxin-like family. Biochemistry 46: 6871-6882, 2007. [PubMed]: 17503775
  8. ^ Gu, Q.-P., Beilstein, M. A., Vendeland, S. C., Lugade, A., Ream, W., Whanger, P. D. Conserved features of selenocysteine insertion sequence (SECIS) elements in selenoprotein W cDNAs from five species. Gene 193: 187-196, 1997. [PubMed]: 9256076
  9. ^ Smith, J. S., Tachibana, I., Pohl, U., Lee, H. K., Thanarajasingam, U., Portier, B. P., Ueki, K., Ramaswamy, S., Billings, S. J., Mohrenweiser, H. W., Louis, D. N., Jenkins, R. B. A transcript map of the chromosome 19q-arm glioma tumor suppressor region. Genomics 64: 44-50, 2000. [PubMed]: 10708517

Dopunska literatura uredi

Vanjski linkovi uredi